提取与鉴定人母乳外泌体
获得并确认HBM-Exos的完整性和特征
采用密度梯度离心法从人母乳中提取外泌体,通过透射电镜观察形态、NTA分析粒径、流式细胞术检测CD9和CD81标志蛋白。
Human Breast Milk-Derived Exosomal FP671120.4 Inhibits Macrophage M1 Polarization via Modulating the ELAVL1/Nrf2 Axis in Sepsis-Associated Liver Injury.
包括体外细胞模型、基因敲低/过表达、RIP、RNA decay等实验,但缺乏体内动物模型验证。
人Kupffer细胞系 LPS诱导的Kupffer细胞M1极化模型 HBM-Exos处理模型 Nrf2/FP671120.4/ELAVL1敲低或过表达模型
HBM-Exos提取与鉴定(TEM、NTA、流式检测CD9/CD81) LPS浓度1 μg/mL处理Kupffer细胞16小时模拟SALI HBM-Exos处理浓度10 μg/mL(剂量依赖性实验确认) 基因敲低(sh-Nrf2、sh-FP671120.4、sh-ELAVL1)和过表达(oe-Nrf2)验证 RIP验证FP671120.4与ELAVL1、ELAVL1与Nrf2相互作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得并确认HBM-Exos的完整性和特征
采用密度梯度离心法从人母乳中提取外泌体,通过透射电镜观察形态、NTA分析粒径、流式细胞术检测CD9和CD81标志蛋白。
模拟SALI中巨噬细胞M1极化状态
使用LPS(1 μg/mL)刺激人Kupffer细胞16小时,观察细胞形态、活力及炎症因子表达。
验证HBM-Exos对LPS诱导的M1极化的抑制作用及剂量依赖性
以不同浓度HBM-Exos(5、10、15 μg/mL)处理LPS刺激的Kupffer细胞,检测M1/M2标志物表达、炎症因子水平及Nrf2/HO-1通路蛋白表达。
验证HBM-Exos抑制M1极化是否依赖于Nrf2/HO-1通路
使用sh-Nrf2慢病毒感染Kupffer细胞敲低Nrf2,在LPS和HBM-Exos处理后检测M1极化标志物、炎症因子及Nrf2/HO-1蛋白表达。
鉴定HBM-Exos中可能参与调控M1极化的关键lncRNA
对HBM-Exos进行lncRNA测序,筛选差异表达lncRNA,通过RT-qPCR验证高表达lncRNA,确定FP671120.4为关键lncRNA。
验证FP671120.4是否通过影响Nrf2 mRNA稳定性调控其表达
在LPS和HBM-Exos处理的Kupffer细胞中敲低FP671120.4,检测Nrf2 mRNA和蛋白水平以及RNA decay。
确认FP671120.4通过ELAVL1增强Nrf2 mRNA稳定性
通过RIP分析验证内源性相互作用,敲低ELAVL1检测Nrf2水平和mRNA稳定性,沉默FP671120.4后检测ELAVL1-Nrf2相互作用。
验证FP671120.4通过Nrf2/HO-1通路抑制M1极化
在LPS刺激下,对Kupffer细胞进行FP671120.4敲低和Nrf2过表达联合处理,检测M1极化指标和Nrf2/HO-1通路蛋白。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 外泌体提取与鉴定 | 透射电子显微镜1200EX II | JEOL | -- |
| 纳米颗粒跟踪分析系统ZetaView | Particle Metrix | -- | |
| 外泌体鉴定 | CD9抗体 | BD Biosciences | 555371 |
| CD81抗体 | BD Biosciences | 551108 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 脂多糖 | -- | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Solarbio Biotech | CA1210 |
| Spark酶标仪 | Tecan | -- | |
| 炎症因子检测 | ELISA试剂盒 | Elabscience Biotech | -- |
| 基因敲低与过表达 | 慢病毒载体质粒HBLV-U6-MCS-PGK-Puromycin | Hanbio Biotech | -- |
| 聚凝胺 | -- | -- | |
| 流式分析 | CD86抗体 | BioLegend | 305411 |
| F4/80抗体 | BioLegend | 123107 | |
| CytoFLEX Nano流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| RT-qPCR | MolPure TRIeasy Plus总RNA提取试剂盒 | Yeasen Biotech | 19211ES60 |
| 外泌体RNA提取试剂盒 | Absin Biotech | abs60263 | |
| 一步法RT-qPCR试剂盒(SYBR Green) | Tiangen Biotech | FP313 | |
| 罗氏LightCycler 96系统 | Roche | -- | |
| Western blot | 核蛋白和胞浆蛋白提取试剂盒 | Yeasen Biotech | 20126ES60 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime Biotech | P0012 | |
| PVDF膜 | Absin Biotech | -- | |
| 抗Nrf2抗体 | Abcam | ab62352 | |
| 抗p-Nrf2抗体 | Abcam | ab76026 | |
| 抗HO-1抗体 | Abcam | ab189491 | |
| West Pico ECL底物 | Solarbio Biotech | PE0020 | |
| ImageQuant LAS 4000系统 | GE Healthcare | -- | |
| 组蛋白H3抗体 | Abcam | ab1791 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Abcam | ab8226 | |
| lncRNA测序 | DNase I | Thermo Fisher Scientific | D2215 |
| RNALib单细胞WTA试剂盒 | Lifeint | A5001 | |
| QuantiFluor dsDNA系统 | Promega | E2670 | |
| Lifeint Transpose DNA文库制备试剂盒(Illumina) | Lifeint | A5006 | |
| Illumina NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- | |
| 外泌体稳定性检测 | CD63抗体 | Abcam | ab134045 |
| TSG101抗体 | Abcam | ab125011 | |
| RIP分析 | RNA结合蛋白免疫沉淀试剂盒 | Sangon Biotech | B605109 |
| 蛋白A/G磁珠 | -- | -- | |
| 抗ELAVL1抗体 | Abcam | ab200342 | |
| 抗IgG抗体 | Abcam | ab172730 | |
| 蛋白酶K | Sangon Biotech | A414170 | |
| 统计分析 | SPSS软件 | SPSS Inc. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| HBM-Exos提取与鉴定 | 离心速度和时间、蔗糖垫浓度、TEM/NTA参数、流式抗体信息 阅读提示:Materials and Methods 2.1, Figure 1 |
| 细胞模型建立 | Kupffer细胞来源、培养基成分、LPS浓度和时间 阅读提示:Materials and Methods 2.2, Figure 1 |
| HBM-Exos处理 | HBM-Exos浓度(10 μg/mL)、处理时间与LPS共同刺激 阅读提示:Materials and Methods 2.2, Figure 2 |
| 基因敲低与过表达 | 慢病毒载体、感染复数、polybrene浓度、敲低/过表达效率验证 阅读提示:Materials and Methods 2.5, Figures 3, 7 |
| 功能检测 | 流式抗体浓度、RT-qPCR引物序列、Western blot抗体稀释比例、ELISA试剂盒 阅读提示:Materials and Methods 2.6-2.8, Figure 2 |
| 机制验证 | RIP实验条件、RNA decay的放线菌素D浓度和时间点 阅读提示:Materials and Methods 2.14-2.15, Figures 5, 6 |