网络药理学分析
识别葛花治疗脓毒症的潜在活性成分和靶点
利用TCMSP、Genecards、DisGeNET、OMIM、STRING等数据库和Cytoscape软件构建PPI网络和成分-靶点-疾病网络,并进行GO和KEGG富集分析。
Network Pharmacology, Experimental Validation Explored Kakkalide to Ameliorate Endothelial Cell Dysfunction and Inflammatory Response.
包含网络药理学分析、CLP小鼠模型、HUVEC细胞实验、分子对接和Western blot验证等多个独立证据层级,且明确包含功能验证和机制验证。
CLP诱导的脓毒症小鼠模型 人脐静脉内皮细胞(HUVEC)
Kakkalide给药剂量:10或20 mg/kg(小鼠),5 μM(HUVEC) 小鼠分组:Sham、Kakkalide、CLP、CLP+10 mg/kg Kakkalide、CLP+20 mg/kg Kakkalide,每组10只 LPS刺激浓度和时间:1 mg/mL LPS刺激HUVEC 12小时 CLP模型建立:盲肠结扎约1 cm,5号无菌针头穿刺 检测指标:血清IL-1β、IL-6、TNF-α、BUN、Cr、VE-cadherin水平,肺组织湿干比、MDA水平
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别葛花治疗脓毒症的潜在活性成分和靶点
利用TCMSP、Genecards、DisGeNET、OMIM、STRING等数据库和Cytoscape软件构建PPI网络和成分-靶点-疾病网络,并进行GO和KEGG富集分析。
评估Kakkalide对脓毒症小鼠的存活率、炎症反应和组织损伤的影响
C57BL/6J小鼠分为Sham、Kakkalide、CLP、CLP+10 mg/kg Kakkalide和CLP+20 mg/kg Kakkalide组。通过CLP诱导脓毒症,术后1小时腹腔注射Kakkalide,观察12小时后评估生存率、血清炎症因子、肾功能指标、肺水肿和氧化应激水平,并通过H&E染色观察肺和肾组织病理变化。
验证Kakkalide对LPS诱导的内皮细胞损伤的保护作用及机制
培养HUVEC,用LPS刺激建立体外损伤模型,并用5 μM Kakkalide处理。检测细胞增殖、炎症因子分泌、凋亡、活性氧水平、迁移、黏附以及紧密连接蛋白表达。
确认Kakkalide与关键靶点的结合及对信号通路的影响
使用AutoDock Vina进行分子对接,预测Kakkalide与TNF、ERK、AKT、JNK、IL-1的结合能。通过Western blot验证Kakkalide对AKT、p65(NF-κB)和ERK磷酸化水平的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Thermo Fisher | -- |
| 胎牛血清 | Zeta life | -- | |
| 脂多糖 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 药物处理 | Kakkalide | Shanghai Tauto Bio-Technology Co., Ltd | -- |
| ELISA | ELISA试剂盒 | Elabscience | -- |
| MDA检测 | MDA比色法试剂盒 | -- | E-BC-K025-M |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 快速封闭液 | Epizyme Biotech | -- | |
| VE-钙黏蛋白抗体 | Abcam | ab33168 | |
| NF-κB抗体 | Santa Cruz | sc-514451 | |
| p-NF-κB抗体 | Santa Cruz | sc-166748 | |
| AKT抗体 | Proteintech | 10176-2-AP | |
| p-AKT抗体 | Proteintech | 28731-1-AP | |
| ERK抗体 | Proteintech | sc-166748 | |
| p-ERK抗体 | Proteintech | 80031-1-RR | |
| β-肌动蛋白抗体 | Abcam | ab33168 | |
| RT-qPCR | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| HiScript III逆转录预混液 | Vazyme | -- | |
| ChamQ通用SYBR qPCR预混液 | Vazyme | -- | |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-FITC和PI凋亡试剂盒 | Elabscience | E-CK-A211 |
| NovoCyte流式细胞仪 | Agilent | -- | |
| 免疫荧光 | ZO-1抗体 | Santa Cruz | sc-33725 |
| claudin-5抗体 | Santa Cruz | sc-374221 | |
| β-连环蛋白抗体 | Santa Cruz | sc-53483 | |
| VE-钙黏蛋白抗体 | Abcam | ab33168 | |
| ROS检测 | DCFDA/H2DCFDA细胞ROS检测试剂盒 | Abcam | -- |
| DCFH-DA荧光探针 | LABLEAD | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| CLP小鼠模型 | 小鼠品系、性别、年龄、体重;分组及每组动物数;CLP手术细节(结扎位置、穿刺针规格);Kakkalide给药剂量和时间;观察时间点 阅读提示:参见Materials and Methods中的Sepsis Animal Model |
| HUVEC培养及LPS刺激 | HUVEC来源和培养条件;LPS浓度和处理时间;Kakkalide处理浓度 阅读提示:参见Materials and Methods中的HUVEC Cell Culture |
| 炎症因子检测 | ELISA试剂盒品牌和货号;检测的炎症因子种类;样本类型(血清或培养基) 阅读提示:参见Materials and Methods中的ELISA for Inflammation Cytokines |
| Western blot | 抗体品牌、货号和稀释比例;蛋白提取方法;电泳和转膜条件 阅读提示:参见Materials and Methods中的WB for VE-Cadherin Expression |
| 分子对接 | 对接软件及版本;配体和受体结构来源;结合能阈值 阅读提示:参见Materials and Methods中的Molecular Docking |