体内动物模型建立
验证索拉非尼在体内是否诱导心脏功能障碍和心肌损伤。
C57BL/6小鼠腹腔注射索拉非尼(30 mg/kg/天,14天)或溶剂对照,通过超声心动图评估心功能,苏木精-伊红染色观察心肌组织学变化。
Mechanisms of sorafenib-induced cardiotoxicity: ER stress induces upregulation of ATF3, leading to downregulation of NDUFS1 expression and mitochondrial dysfunction.
包含体内小鼠模型、体外H9C2细胞实验、转录组学、蛋白质组学及机制验证(ChIP-qPCR、siRNA敲低)等多个独立证据层级,并进行了功能与机制验证。
C57BL/6小鼠 H9C2大鼠心肌细胞系 人原代心肌细胞(GSE146096数据集)
索拉非尼给药剂量:30 mg/kg/天,腹腔注射,持续14天 体外处理浓度:5 μM索拉非尼,处理48小时,对照组为0.1 nM DMSO PERK抑制剂GSK2606414浓度:1 μM,与索拉非尼共处理 动物分组:对照组与治疗组,每组n=3 ATF3敲低:siRNA转染,序列见补充表S3
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证索拉非尼在体内是否诱导心脏功能障碍和心肌损伤。
C57BL/6小鼠腹腔注射索拉非尼(30 mg/kg/天,14天)或溶剂对照,通过超声心动图评估心功能,苏木精-伊红染色观察心肌组织学变化。
评估索拉非尼对心肌细胞活力与凋亡的影响。
H9C2细胞用5μM索拉非尼处理48小时,通过calcein AM/PI双重染色、CCK-8检测细胞活力,Western blot检测cleaved caspase-9,Annexin V/PI染色评估凋亡。
验证索拉非尼是否激活PERK-eIF2α-ATF4通路,以及抑制该通路是否能减轻心肌细胞损伤。
Western blot和免疫荧光检测PERK、eIF2α磷酸化及GRP78、ATF4表达;用PERK抑制剂GSK2606414共处理,观察对细胞活力和凋亡的影响。
鉴定索拉非尼处理后的差异表达基因,尤其是内质网应激相关基因。
分析GSE146096数据集(人原代心肌细胞,索拉非尼处理)的转录组数据,筛选DEGs,进行GO、KEGG和GSEA富集分析;在H9C2细胞中通过RT-qPCR和Western blot验证ATF3 mRNA和蛋白表达上调。
确定ATF3下游靶蛋白,并验证ATF3对NDUFS1的调控作用。
对索拉非尼处理的细胞进行蛋白质组学分析,鉴定差异表达蛋白,重点关注NDUFS1;通过JASPAR预测结合位点,并用ChIP-qPCR验证ATF3与NDUFS1启动子结合。
评估ATF3敲低对索拉非尼诱导的线粒体功能障碍和氧化应激的影响。
在H9C2细胞中敲低ATF3,检测线粒体复合物I活性、ATP水平、线粒体膜电位(JC-1)、线粒体ROS(MitoSOX)和细胞内ROS(DCFH-DA)及超氧阴离子(DHE)。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 索拉非尼 | MedChemExpress LLC | HY-10201 |
| 细胞培养 | 达尔伯克改良伊格尔培养基 | GIBCO | -- |
| 胎牛血清 | GIBCO | -- | |
| 药物处理 | GSK2606414 | MedChemExpress | -- |
| 细胞活力检测 | Calcein AM/PI双染色试剂盒 | Elabscience | E-CK-A354 |
| 细胞计数试剂盒-8 | Biosharp | BS350A | |
| Western blot | RIPA裂解液(含蛋白酶抑制剂) | Beyotime | P0013B |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012 | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| Cleaved caspase-9 p35 (D315)抗体 | Immunoway | YC0014 | |
| P-PERK抗体 | Wanleibio | WL05295 | |
| PERK抗体 | Wanleibio | WL03378 | |
| EIF2S1 (P-eIF2α)抗体 | Abcam | ab32157 | |
| eIF2α抗体 | Wanleibio | WL01909 | |
| GRP78/BiP抗体 | Wanleibio | WL03157 | |
| ATF-4抗体 | Wanleibio | WL02330 | |
| GAPDH抗体 | Abcam | ab181602 | |
| ATF-3抗体 | Immunoway | YT0387 | |
| cleaved caspase-3抗体 | Wanleibio | WL01992 | |
| HRP标记二抗 | Immunoway | YT3017 | |
| ECL发光检测系统 | Tanon | 5100 | |
| 流式分析 | Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒 | Seven Biotech | SC123 |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| Transcriptor第一链cDNA合成试剂盒 | Roche | -- | |
| SYBR Green I预混液 | Roche | -- | |
| CFX96 Touch实时荧光定量PCR检测系统 | Bio-Rad | -- | |
| 线粒体-内质网接触检测 | MitoTracker Green线粒体绿色荧光探针 | Beyotime Institute of Biotechnology | -- |
| ER-Tracker Red内质网红色荧光探针 | Beyotime Institute of Biotechnology | -- | |
| ChIP-qPCR | ChIP试剂盒 | BersinBio | Bes5001 |
| ATF3抗体 | Abcam | ab207434 | |
| siRNA转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 线粒体复合物I活性检测 | 线粒体复合物I活性检测试剂盒 | Solarbio | -- |
| ATP检测 | 增强型ATP检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology | S0027 |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1试剂盒 | Beyotime | C2006 |
| 线粒体ROS检测 | MitoSOX Red线粒体超氧化物指示剂 | MCE | 1003197-00-9 |
| 细胞内ROS检测 | DCFH-DA荧光探针 | Beyotime | S0033S |
| 超氧阴离子检测 | 二氢乙锭 | Beyotime Institute of Biotechnology | -- |
| 细胞培养 | H9C2大鼠心肌细胞系 | ATCC | CRL-1446 |
| 动物实验 | GE Vivid E9 ML6-15-D线阵探头 | GE | -- |
| 组织学染色 | Leica DMi8光学显微镜 | Leica | -- |
| 荧光成像 | 奥林巴斯显微镜 | Olympus | -- |
| 线粒体-内质网接触检测 | 卡尔蔡司共聚焦显微镜 | Carl Zeiss | -- |
| 细胞成像 | DMi8自动细胞成像系统 | Leica | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 索拉非尼剂量、给药途径、给药持续时间、溶剂组成、动物品系、性别、周龄、每组样本量、饲养环境 阅读提示:见Methods 2.1 Animals and animal models |
| 体外细胞实验 | 细胞系、培养条件(DMEM、10% FBS、5% CO2)、血清饥饿处理(0.5% FBS 12小时)、索拉非尼浓度(5μM)、处理时间(48小时)、对照组(0.1 nM DMSO)、PERK抑制剂浓度(1μM) 阅读提示:见Methods 2.4 Culture and cell line maintenance;2.5 Calcein AM/PI dual staining;2.6 Cell viability assay |
| 分子表达检测 | Western blot抗体及稀释比例、上样量、电泳条件、转膜条件;RT-qPCR引物序列、内参基因(GAPDH)、分析方法(2^-ΔΔCt) 阅读提示:见Methods 2.7 Western blotting;2.11 RealTime-qPCR |
| 转录组分析 | 数据集GSE146096的具体分组(A、B、D、E)及样本量、差异表达阈值、统计方法(DESeq2) 阅读提示:见Methods 2.22 Data acquisition;2.23 Bioinformatics analysis |
| ATF3功能验证 | siRNA序列、转染试剂(Lipofectamine 3000)、ATF3敲低效率、ChIP-qPCR条件和引物 阅读提示:见Methods 2.14 ChIP-qPCR;2.15 siRNA transfection |