生物信息学分析TRIP13表达与临床相关性
评估TRIP13在ccRCC中的表达水平及其与临床病理特征和预后的关联。
利用TCGA-KIRC、GEO(GSE40435, GSE66270, GSE14762)和CPTAC数据库分析TRIP13表达;通过ROC曲线评估诊断价值;Kaplan-Meier分析生存预后;分析TRIP13与EMT标志物、免疫浸润和药物敏感性的相关性。
TRIP13-induced NUSAP1 upregulation promotes CcRCC progression through EMT and PI3K/AKT/mTOR pathway.
该研究包含多个独立证据层级:TCGA/GEO/CPTAC生物信息学分析、体外细胞功能实验(增殖、凋亡、迁移、侵袭)、机制研究(Co-IP、Western blot、拯救实验)以及体内裸鼠异种移植模型,明确进行了功能验证和机制验证。
786O细胞 OSRC2细胞 BALB/c裸鼠异种移植模型 临床肾透明细胞癌组织样本
TRIP13和NUSAP1的表达及敲低/过表达效率需通过RT-qPCR和Western blot验证 PI3K/AKT/mTOR通路磷酸化水平的检测(p-PI3K、p-AKT、p-mTOR) 异种移植实验中细胞注射数量(1×10^7 cells)及5周观察时间 免疫检查点相关基因(PDCD1、CTLA4等)的表达分析 EMT标志物(E-cadherin、N-cadherin、Vimentin)的表达变化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估TRIP13在ccRCC中的表达水平及其与临床病理特征和预后的关联。
利用TCGA-KIRC、GEO(GSE40435, GSE66270, GSE14762)和CPTAC数据库分析TRIP13表达;通过ROC曲线评估诊断价值;Kaplan-Meier分析生存预后;分析TRIP13与EMT标志物、免疫浸润和药物敏感性的相关性。
在临床ccRCC组织样本中验证TRIP13的mRNA和蛋白表达水平。
通过Western blot和qPCR检测10对匹配组织中的蛋白和21对组织中的mRNA表达,并使用免疫组化检测TRIP13及EMT标志物的表达。
研究TRIP13对ccRCC细胞增殖、凋亡、迁移和侵袭的影响。
在786O和OSRC2细胞中通过siRNA敲低或过表达TRIP13,进行CCK-8、集落形成、EdU、流式凋亡、伤口愈合和Transwell实验。
验证TRIP13是否通过NUSAP1激活PI3K/AKT/mTOR信号通路。
通过STRING数据库预测和免疫沉淀结合质谱鉴定相互作用蛋白;Co-IP验证TRIP13和NUSAP1相互作用;Western blot检测PI3K/AKT/mTOR磷酸化水平及EMT标志物变化。
验证TRIP13在体内对ccRCC肿瘤生长的作用。
将不同处理的786O细胞皮下注射到BALB/c裸鼠,5周后测量肿瘤体积和重量,并通过H&E和免疫组化检测相关蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| RNA提取和检测 | MolPure®细胞/组织总RNA提取试剂盒 | Yeasen | -- |
| Hifair® III第一链cDNA合成预混液 | Yeasen | -- | |
| qPCR | Hieff® qPCR SYBR Green预混液 | Yeasen | -- |
| CFX Connect™实时荧光定量PCR仪 | Bio-Rad | -- | |
| 蛋白提取和检测 | RIPA裂解液 | Solarbio | R0020 |
| ProtLytic蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Ncmbio | P002 | |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Solarbio | PC0022 |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | Apexbio | K2268 |
| BeyoClick™ EdU-555细胞增殖检测试剂盒 | Beyotime | C0075S | |
| 细胞染色 | 结晶紫 | Solarbio | G1062 |
| Transwell实验 | Transwell小室 | Corning | -- |
| 凋亡检测 | Annexin V-EGFP凋亡检测试剂盒 | Keygentec | KGA1101-10 |
| 免疫共沉淀 | 免疫共沉淀试剂盒 | elabscience | EA-IP-K007M |
| 显微镜 | 徕卡生物显微镜 | Leica | -- |
| 奥林巴斯IX51显微镜 | Olympus | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本获取与细胞培养 | 细胞株来源(ATCC),培养基配方(RPMI 1640 + 10% FBS),培养条件 阅读提示:Materials and methods - Human RCC tissues and cell lines |
| 表达检测 | qPCR内参基因(GAPDH),Western blot抗体信息(见补充表S2) 阅读提示:Materials and methods - RT-PCR, Western blotting (wb) |
| 基因操作 | siRNA序列(si-TRIP13#1/#2/#3),shRNA序列,过表达质粒(pCMV-TRIP13-Flag, pCMV-NUSAP1-Myc),转染试剂(Lipofectamine 3000) 阅读提示:Materials and methods - Plasmids, lentivirus construction and infection |
| 细胞功能实验 | 细胞接种密度,检测时间点(如CCK-8在0,24,48,72,96h),培养基中FBS浓度(如划痕实验1% FBS) 阅读提示:Materials and methods - CCK-8 assays, colony-formation assay and edu assays; Transwell assays and wound healing assay |
| 体内实验 | 动物品系(BALB/c裸鼠)、周龄(5周龄)、性别(雄性)、每组数量(4只)、细胞注射量(1×10^7 cells/200μL) 阅读提示:Materials and methods - Xenograft tumor model |