验证NPM1突变白血病细胞中ROS水平升高
比较NPM1突变与野生型细胞中的细胞内和线粒体ROS水平
使用DHE和MitoSOX Red染色,通过流式细胞术检测OCI-AML2(过表达NPM1-mA或wt)和OCI-AML3(天然NPM1-mA)及NPM1敲降细胞的ROS水平
NRF2 maintains redox balance via ME1 and NRF2 inhibitor synergizes with venetoclax in NPM1-mutated acute myeloid leukemia.
包含体外细胞模型、患者样本、CDX小鼠模型,以及功能验证和机制验证,如FTO调控NRF2、ChIP验证ME1为直接靶点。
OCI-AML3细胞系(携带NPM1突变A型) OCI-AML2细胞系(NPM1野生型) NPM1突变AML患者原代白血病原始细胞 NOD/SCID小鼠CDX模型(OCI-AML3细胞)
NRF2抑制剂ML385浓度(0, 10, 20 µM)及处理时间(72小时) 维奈克拉与ML385联合处理的剂量-反应矩阵及HSA协同评分(OCI-AML3和原代原始细胞) CDX小鼠模型中ML385(30 mg/kg)和维奈克拉(50 mg/kg)的给药剂量及频率 NPM1突变状态(NPM1-mA)及NRF2表达水平作为分层依据
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较NPM1突变与野生型细胞中的细胞内和线粒体ROS水平
使用DHE和MitoSOX Red染色,通过流式细胞术检测OCI-AML2(过表达NPM1-mA或wt)和OCI-AML3(天然NPM1-mA)及NPM1敲降细胞的ROS水平
检测NPM1突变AML中NRF2的表达水平、亚细胞定位及其与预后的关系
利用公共数据库(GSE68466、TCGA、Beat AML)分析NRF2表达和生存;qRT-PCR、Western blot和免疫荧光检测患者原代细胞和细胞系中的NRF2表达和定位;通过敲降或过表达NPM1-mA观察NRF2变化
验证FTO是否通过m6A去甲基化调控NRF2表达
预测m6A位点;敲降或过表达FTO检测NRF2表达;使用FTO抑制剂MA和FB23-2;进行RIP、MeRIP和mRNA稳定性实验;进行挽救实验验证NPM1-mA/FTO/NRF2轴
确定NRF2的下游靶基因,并验证NRF2/ME1轴在维持氧化还原平衡和细胞存活中的作用
筛选潜在靶基因;ChIP验证NRF2结合ME1启动子;敲降ME1检测NADPH/NADP+、ROS、增殖和凋亡;敲降NRF2检测ME1表达和活性
验证NRF2抑制是否破坏氧化还原稳态并诱导白血病细胞死亡
敲降NRF2或使用ML385处理,检测NADPH/NADP+、ROS、细胞活力、凋亡、ME1表达和活性
测试ML385与维奈克拉等药物联合是否具有协同杀伤AML细胞的作用
进行剂量-反应实验,计算HSA协同分数;CCK-8检测细胞活力;流式检测凋亡和细胞周期;Western blot检测凋亡蛋白
评估ML385单药或与维奈克拉联合在CDX小鼠模型中的疗效
NOD/SCID小鼠尾静脉注射OCI-AML3细胞,分为对照组、ML385组、VEN组和联合组,治疗4周后检测骨髓中hCD45+细胞、脾/肝重量、组织病理、生存期
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11875093 |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | 10099141C | |
| 青链霉素溶液 | Beyotime | C0222 | |
| 药物处理 | MG-132 | Topscience | T2154 |
| 甲氯芬那酸 | Selleck | S4295 | |
| FB23-2 | Selleck | S8837 | |
| ML385 | MCE | HY-100523 | |
| 维奈克拉 | MCE | HY-15531 | |
| 慢病毒转染 | HitransG P转染增强剂 | Genechem | REVG005 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Takara | -- |
| qRT-PCR | PrimeScript RT预混液 | Takara | RR036A |
| SYBR Green预混液 | Takara | RR820A | |
| CFX Connect实时PCR检测系统 | Bio-Rad | -- | |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013C |
| 蛋白酶抑制剂 | Bimake | B14001 | |
| 核浆蛋白提取试剂盒 | Beyotime | P0027 | |
| BCA蛋白检测试剂盒 | Beyotime | P0010S | |
| 5× SDS-PAGE上样缓冲液 | Beyotime | P0015 | |
| PVDF膜 | Bio-Rad | 1620177 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Biosharp | BL003A | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Biosharp | BL001A | |
| 抗NRF2抗体 | Proteintech | 16396-1-AP | |
| 抗ME1抗体 | Proteintech | 16619-1-AP | |
| 抗FTO抗体 | Proteintech | 27226-1-AP | |
| 抗NPM1-mA抗体 | Invitrogen | PA1-46356 | |
| 抗NPM1抗体 | Invitrogen | MA3-25200-A488 | |
| 抗组蛋白H3抗体 | HUABIO | M1309-1 | |
| 抗BCL2抗体 | Selleckchem | A5010 | |
| 抗CASP3抗体 | Selleckchem | A5185 | |
| 抗BAX抗体 | Bimake | A51310200020010 | |
| 抗剪切CASP3抗体 | Cell Signaling Technology | 9664T | |
| 抗β-actin抗体 | ZSGB-BIO | TA-09 | |
| RNA测序 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | 15596026 |
| ROS检测 | 二氢乙啶 | Beyotime | S0063 |
| MitoSOX Red | Beyotime | S0061S | |
| 流式分析 | FACSCalibur流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| 临床样本分离 | Ficoll单个核细胞分离液 | Hao Yang Biological Manufacture Co. | TBD2013CHU05 |
| 免疫荧光 | 10%胎羊血清 | BOSTER | AR0009 |
| Coralite 594偶联的山羊抗兔二抗 | Proteintech | SA00013-4 | |
| DAPI | Beyotime | 1005 | |
| 荧光显微镜 | Nikon | -- | |
| RIP实验 | RNA免疫沉淀试剂盒 | GENESEED | P0101 |
| 抗FTO兔多克隆抗体 | Proteintech | 27226-1-AP | |
| 抗m6A兔多克隆抗体 | Abcam | ab286164 | |
| 对照IgG | Cell Signaling Technology | 2729S | |
| NADPH/NADP+检测 | NADP+/NADPH检测试剂盒(WST-8) | Beyotime | S0179 |
| ME1活性检测 | NADP苹果酸酶活性检测试剂盒 | Solarbio | BC1125 |
| ChIP实验 | BeyoChIP酶促ChIP检测试剂盒 | Beyotime | P2083S |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668500 |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Solarbio | CA1210 |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-APC/DAPI凋亡试剂盒 | Elabscience | E-CK-A258 |
| Annexin V-FITC/PI凋亡试剂盒 | Elabscience | E-CK-A211 | |
| 细胞周期检测 | 细胞周期检测试剂盒 | Elabscience | E-CK-A351 |
| 数据分析 | GraphPad Prism软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | 细胞系(OCI-AML2、OCI-AML3、THP-1、HL-60)、培养基(RPMI-1640)、FBS浓度、青霉素-链霉素浓度;药物处理浓度和时间(MG-132、MA、FB23-2、ML385、venetoclax) 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and treatment |
| 慢病毒转染与稳定细胞系建立 | shRNA序列、转染增强剂、嘌呤霉素筛选时间(7天) 阅读提示:Materials and methods: Establishment of stable cell lines, Table 1 |
| ROS检测 | 探针(DHE、MitoSOX Red)浓度、孵育时间(30分钟)、检测细胞数(1×10^6) 阅读提示:Materials and methods: Measurement of ROS levels |
| 蛋白质印迹 | 抗体稀释比例、抗体来源(品牌和货号)、内参(β-actin) 阅读提示:Materials and methods: Western blotting |
| qRT-PCR | PCR引物序列(表2)、循环条件、内参基因(β-actin) 阅读提示:Materials and methods: RNA isolation and qRT-PCR, Table 2 |
| ChIP实验 | 细胞数量、甲醛交联时间、抗体(anti-NRF2、IgG)、ME1-ARE引物(表2) 阅读提示:Materials and methods: Chromatin immunoprecipitation assays, Table 2 |
| 体内实验 | 小鼠品系和性别(7周龄雌性NOD/SCID)、细胞注射数量(2×10^6)、给药剂量(ML385 30 mg/kg、VEN 50 mg/kg)、给药方式(腹腔注射、隔日一次)、治疗周期(4周) 阅读提示:Materials and methods: Animal experiments |
| 数据分析与统计 | 统计检验方法(t检验、ANOVA、log-rank)、显著性阈值(p<0.05)、重复次数(三次独立实验) 阅读提示:Materials and methods: Statistical analysis |