人类脂肪组织PNOC表达与B细胞标志物的相关性分析
探究PNOC在人类内脏脂肪组织中的表达与B细胞标志物的关联
利用LOBB队列的1,480例内脏脂肪组织RNA-seq数据,分析PNOC与CD19、MS4A1、CD79A、CR2等B细胞标志物的相关性,以及与巨噬细胞标志物和代谢参数的相关性。
B cell-derived nociceptin/orphanin FQ contributes to impaired glucose tolerance and insulin resistance in obesity.
包含人类脂肪组织转录组相关性分析、B细胞特异性基因敲除小鼠模型、代谢表型测定、RNA-seq、组织学及体外N/OFQ功能实验等多个独立证据层级,并有明确的机制验证。
PnocΔCD19小鼠(B细胞特异性Pnoc敲除) THP-1巨噬细胞 人内脏脂肪组织样本(LOBB队列)
B细胞特异性Pnoc敲除小鼠的构建与验证 高脂饮食喂养时间及代谢表型测定时间点 N/OFQ处理浓度(1 ng/mL和10 ng/mL)及处理时间(24 h) NOP受体拮抗剂SB-612111的使用浓度(3 μM) RNA-seq差异表达基因筛选标准(log2FC>0.5,调整p<0.05)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究PNOC在人类内脏脂肪组织中的表达与B细胞标志物的关联
利用LOBB队列的1,480例内脏脂肪组织RNA-seq数据,分析PNOC与CD19、MS4A1、CD79A、CR2等B细胞标志物的相关性,以及与巨噬细胞标志物和代谢参数的相关性。
验证Pnoc在B细胞中的条件性敲除是否成功
利用Pnocfl/fl小鼠与Cd19-Cre转基因小鼠杂交获得PnocΔCD19小鼠,通过PCR和qPCR验证重组等位基因和Pnoc mRNA表达水平,并测量脾脏形态。
评估B细胞特异性Pnoc敲除对基础代谢和饮食诱导肥胖的影响
对PnocΔCD19和对照小鼠进行常规饮食或高脂饮食喂养,测定体重、脂肪量、食物摄入、活动量、能量消耗、血糖、胰岛素水平,并进行GTT和ITT。
评估肝脏和脂肪组织的形态学变化和巨噬细胞浸润
对HFD喂养的小鼠肝脏和附睾脂肪组织进行H&E染色、CD86免疫染色、MAC2和CD163免疫荧光染色,并量化脂肪细胞大小和巨噬细胞数量。
鉴定由B细胞Pnoc缺失引起的肝脏和脂肪组织中的基因表达变化
对HFD喂养的小鼠肝脏和eWAT进行RNA-seq,分析差异表达基因并进行GO和GSEA富集分析。
验证N/OFQ对巨噬细胞迁移和生物能量代谢的作用及其受体依赖性
使用PMA分化的THP-1巨噬细胞,以1或10 ng/mL重组N/OFQ处理24小时,进行transwell迁移实验和Seahorse代谢分析,并用NOP拮抗剂SB-612111共处理以验证受体介导。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | A1049101 |
| 胎牛血清 | Sigma | F7524 | |
| 青霉素/链霉素 | VWR | SIALP4333 | |
| 胰蛋白酶-EDTA (0.25%),含酚红 | Thermo Fisher Scientific | 25200056 | |
| 细胞分化 | 佛波醇12-十四酸酯13-乙酸酯 | Sigma | P8139 |
| 红细胞裂解 | 红细胞裂解液 | Invitrogen | 00-4333-57 |
| Seahorse分析 | Seahorse XF校准液 | Agilent | 00840-000 |
| D-(+)-葡萄糖溶液,45% | Sigma | G8769 | |
| L-谷氨酰胺溶液 (200 mM) | Sigma | G7513 | |
| Seahorse XF基础培养基 | Agilent | 102353-100 | |
| 细胞染色 | DAPI核酸染色液 | Sigma-Aldrich | D9542 |
| qPCR | Low ROX SYBR 2X MasterMix blue dTTP | Eurogentec | UF-LSMT-B0701 |
| Seahorse分析 | CellTak细胞黏附剂 | Corning | 354240 |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | ThermoFisher | 89901 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 (100X) | Cell Signaling Technology | 5871S | |
| 蛋白酶/磷酸酶抑制剂混合物 (100X) | Cell Signaling Technology | 5872S | |
| Western blot | Western blot膜,硝酸纤维素,0.2 μm | Merck | 10600053 |
| 蛋白质定量 | Pierce BCA蛋白测定试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23227 |
| Western blot检测 | Pierce ECL Western blot底物 | VWR | PIER32109 |
| ELISA | N/OFQ ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0862 |
| 超敏小鼠胰岛素ELISA试剂盒 | Crystal Chem | 90080 | |
| 小鼠瘦素ELISA试剂盒 | Crystal Chem | 90030 | |
| Seahorse分析 | Seahorse XF线粒体压力测试试剂盒 | Agilent | 103015-100 |
| 细胞分选 | Pan B细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-121-301 |
| RNA提取 | RNeasy脂质组织试剂盒 | Qiagen | 74804 |
| cDNA合成 | High-Capacity cDNA逆转录试剂盒 | Life Technologies | 4368814 |
| 免疫组化 | HRP/DAB检测免疫组化试剂盒 | Abcam | ab64264b |
| 肝脏甘油三酯测定 | 甘油三酯测定试剂盒 | Abcam | ab65336 |
| Seahorse分析 | Seahorse XFe96 FluxPak | Agilent | 102416-100 |
| RNA提取 | RNeasy小量试剂盒 | Qiagen | 5001329 |
| Transwell迁移实验 | Corning FluoroBlok 24孔板插入式小室 | VWR | 734-0371 |
| Millicell 24孔板 (8.0 μm孔径) | Merck | PSET010 | |
| 免疫荧光 | TrueBlack脂褐素自发荧光淬灭剂 | Biotium | 23007 |
| 蛋白质组学 | Olink Target 48小鼠试剂盒 | Olink | 93400 |
| 免疫组化 | MAC-2和Gal-3(半乳糖凝集素-3)单克隆抗体,未偶联,克隆m3/38 | Cedarlane | CL8942AP |
| CD86抗体 | Cell Signaling Technology | 19589 | |
| 免疫荧光 | CD163抗体 | Abcam | ab182422 |
| Perilipin抗体 | Abcam | ab61682 | |
| 驴抗大鼠IgG (H+L)交叉吸附二抗,DyLight™ 488 | Invitrogen | SA5-10026 | |
| 驴抗山羊IgG (H+L)交叉吸附二抗,Alexa Fluor™ 647 | Invitrogen | A21447 | |
| Cy3-AffiniPure驴抗兔IgG (H+L) | Jackson | 711-165-152 | |
| Western blot | Calnexin抗体 | Cell Signaling Technology | 2433S |
| OXPHOS人WB抗体混合物 | Abcam | ab110411 | |
| 抗兔IgG,HRP连接抗体 | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| 抗鼠IgG,HRP连接抗体 | Cell Signaling Technology | 7076 | |
| 药物处理 | SB-612111 | Merck | SML0571 |
| 重组N/OFQ | Bio-Techne, Tocris | 0910 | |
| 脂多糖 | Sigma | L2630 | |
| 封闭 | 牛血清白蛋白,无脂肪酸 | Sigma | A8806 |
| 胰岛素耐量试验 | 优泌林 100U/ml | Eli Lilly and Company | 02526396 |
| 细胞系 | THP-1细胞系 | ATCC | TIB-202 |
| 动物实验 | C57BL6/NTac小鼠 | Taconic | -- |
| B6.129P2(C)-Cd19tm1(cre)Cgn/J小鼠 | Charles River | -- | |
| 饮食 | 维持饲料 (NCD) | Ssniff Spezialdiäten | V1534-000 |
| 高脂饮食,60 kJ%脂肪 (HFD) | Ssniff Spezialdiäten | E15742-34 | |
| qPCR | Mm-Hprt探针 | Thermo Fisher Scientific | Mm03024075_m1 |
| Mm-Tbp探针 | Thermo Fisher Scientific | Mm01277042_m1 | |
| Mm-Pnoc (3–4)探针 | Thermo Fisher Scientific | Mm00803087_m1 | |
| Mm-Adgre1探针 | Thermo Fisher Scientific | Mm00802529_m1 | |
| Mm-Arg1探针 | Thermo Fisher Scientific | Mm00475988_m1 | |
| Mm-Nos2探针 | Thermo Fisher Scientific | Mm00440502_m1 | |
| 显微镜 | Keyence显微镜 (BZ-X800) | Keyence | BZ-X800 |
| 细胞计数 | CellDrop BF细胞计数仪 | DeNovix | -- |
| Seahorse分析 | Seahorse XFe96分析仪 | Agilent | -- |
| qPCR | QuantStudio 7 Flex实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- |
| RNA测序 | Bioanalyzer 2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- |
| Illumina NovaSeq X Plus测序仪 | Illumina | -- | |
| 蛋白印迹成像 | G BOX成像系统 | Syngene | -- |
| 组织学 | Roti-Mount封片剂 | Carl Roth | -- |
| 免疫荧光 | Retriever 2100抗原修复仪 | Prestige Medical | 210045 |
| LSM980激光共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| 体成分分析 | Bruker Minispec LF50时域核磁共振仪 | Bruker | -- |
| 血糖监测 | Contour Ascensia血糖仪 | Bayer HealthCare | -- |
| 代谢分析 | PhenoMaster代谢笼系统 | TSE Systems | -- |
| 肝脏甘油三酯测定 | Tecan Infinite M Plex酶标仪 | Tecan | 30190085 |
| ELISA | Flexstation 3酶标仪 | Molecular Devices | -- |
| B细胞分离 | gentleMACS组织解离器 | Miltenyi Biotec | -- |
| MACS分选器 | Miltenyi Biotec | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | PnocΔCD19小鼠的遗传背景(C57BL/6NTac)、Cre重组酶表达(Cd19-Cre)和对照选择(Pnocwt/wt::Cd19Cretg/wt) 阅读提示:STAR Methods中'PnocΔCD19 mice'和'Animal husbandry'部分 |
| 高脂饮食诱导 | 饮食类型(60% kcal脂肪, E15742-34)、开始周龄(8周龄)、喂养持续时间(16周)及体重和脂肪量监测 阅读提示:STAR Methods中'Experimental diets'和'Metabolic profiling'部分 |
| 代谢表型测定 | GTT和ITT的实验条件(禁食时间、葡萄糖/胰岛素剂量、测量时间点)、血糖和胰岛素测定方法 阅读提示:STAR Methods中'Glucose tolerance tests'和'Insulin tolerance tests' |
| 组织分析 | 肝脏和脂肪组织的组织学染色、免疫组化和免疫荧光条件(抗体浓度、抗原修复方法) 阅读提示:STAR Methods中'Histological analysis', 'Immunohistochemistry' |
| 体外N/OFQ实验 | THP-1分化条件(PMA浓度、时间)、N/OFQ浓度(1、10 ng/mL)和孵育时间(24h)、NOP拮抗剂SB-612111浓度(3 μM) 阅读提示:STAR Methods中'THP-1 cells', 'Transwell migration assay', 'Seahorse XF96 mito stress test' |
| RNA-seq分析 | 样本数、差异表达基因筛选标准(log2FC>0.5,调整p<0.05)、参考基因组和比对软件 阅读提示:STAR Methods中'RNA sequencing analysis' |