临床GCF代谢组学分析
探究正畸牙移动过程中龈沟液代谢物的变化,特别是琥珀酸及TCA循环途径的改变。
收集13名正畸患者四个时间点(T0、T1、T2、T3)的GCF样本,通过GC-MS进行代谢谱分析,PCA和PLS-DA分析代谢差异,结合VIP和p值筛选差异代谢物,并进行通路富集分析。
Compressive force-induced succinate production via metabolic reprogramming in periodontal ligament cells promotes orthodontic tooth movement.
包含GCF代谢组学、PDLCs细胞实验、BMDMs破骨细胞实验及SUCNR1敲除小鼠体内模型,涵盖代谢、功能及机制验证。
牙周膜细胞(PDLCs) 骨髓来源巨噬细胞(BMDMs) SUCNR1敲除小鼠OTM模型
GCF样本采集时间点(T0、T1、T2、T3) 压缩力施加:2.0 g/cm² 琥珀酸处理浓度:1 mM或5 mM SUCNR1拮抗剂4c浓度:10 µM RANKL诱导破骨细胞分化:30 ng/ml M-CSF和50 ng/ml RANKL
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究正畸牙移动过程中龈沟液代谢物的变化,特别是琥珀酸及TCA循环途径的改变。
收集13名正畸患者四个时间点(T0、T1、T2、T3)的GCF样本,通过GC-MS进行代谢谱分析,PCA和PLS-DA分析代谢差异,结合VIP和p值筛选差异代谢物,并进行通路富集分析。
验证压缩力是否诱导PDLCs中琥珀酸积累及其代谢机制。
对人PDLCs施加2.0 g/cm²的持续压缩力,检测细胞内外琥珀酸浓度、SDH活性及糖酵解相关酶的表达。
探讨琥珀酸对PDLCs迁移和巨噬细胞迁移的影响。
采用划痕实验和Transwell实验检测琥珀酸对PDLCs和BMDMs迁移的影响;qPCR检测PDLCs中炎症因子MCP-1、IL-1β、IL-6的表达。
验证琥珀酸是否通过SUCNR1促进BMDMs破骨细胞分化。
用SUCNR1拮抗剂4c处理BMDMs,或使用SUCNR1-/-小鼠的BMDMs,在RANKL诱导下检测破骨细胞相关基因和蛋白表达,并进行TRAP染色。
验证SUCNR1缺乏对正畸牙移动和破骨细胞形成的影响。
在WT和SUCNR1-/-小鼠上建立OTM模型,施加20g拉伸力,7天后通过micro-CT测量牙移动距离,并通过TRAP染色检测压力侧破骨细胞数量。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| GCF代谢组学 | Trace 1310-TSQ 8000 Evo | Thermo Fisher | -- |
| TG-5MS毛细管柱 | Thermo Fisher | -- | |
| 细胞培养 | SteadyPure通用RNA提取试剂盒 | Accurate Biotechnology | AG21024 |
| RT-qPCR | EVO M-MLV逆转录预混液 | Accurate Biotechnology | AG11706 |
| SYBR®预混液 | Accurate Biotechnology | AG11718 | |
| 细胞培养 | 琥珀酸二钠六水合物 | Sigma-Aldrich | S9637 |
| 药物处理 | SUCNR1拮抗剂4c | Wuhe BioTech | -- |
| 代谢检测 | 琥珀酸检测试剂盒 | Megazyme | K-SUCC |
| SDH活性检测试剂盒 | Elabscience Biotechnology | E-BC-K649-M | |
| Transwell迁移实验 | 结晶紫 | Beyotime | C0121 |
| TRAP染色 | TRAP染色试剂盒 | Sariobio | G1492 |
| 苏木素 | Servicebio | G10005 | |
| Western blot | SDS-PAGE凝胶 | Genscript | M00938 |
| 牛血清白蛋白 | Sigma | -- | |
| PKM1抗体 | CST | D30G6 | |
| PKM2抗体 | CST | D78A4 | |
| LDHA抗体 | ProteinTech | 19987-1-AP | |
| HK2抗体 | Abcam | ab209847 | |
| SUCNR1抗体 | Affinity Biosciences | AF5316 | |
| MMP9抗体 | ABclonal | A0289 | |
| TRAP抗体 | Abcam | EPR15556 | |
| β-actin抗体 | ServiceBio | GB15003-100 | |
| 二抗 | ServiceBio | GB23303 | |
| ECL发光液 | NCM Biotech | P10060 | |
| Tanon 6200发光成像工作站 | Tanon | -- | |
| 动物实验 | 镍钛弹簧 | American Orthodontic | -- |
| 显微CT成像系统 | Bruker | Skyscan 1076 | |
| GCF采集 | 龈沟液采集纸条 | 文中未明确说明 | -- |
| 正畸治疗 | 四翼托槽 | American Orthodontics | -- |
| 超弹镍钛弓丝 | IMD | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| GCF代谢组学 | 样本量:13名患者;GCF采集位点;采集时间点:T0、T1、T2、T3。 阅读提示:Materials and methods: GCF collection and metabolite profiling by GC-MS; Fig. 1a |
| PDLCs压缩力模型 | 压缩力强度:2.0 g/cm²;施加时间:24h;细胞培养条件。 阅读提示:Materials and methods: Application of compressive force |
| BMDMs破骨分化 | M-CSF浓度:30 ng/ml;RANKL浓度:50 ng/ml;处理时间:3-7天;琥珀酸浓度:5 mM;4c浓度:10 µM。 阅读提示:Materials and methods: Cell culture; Fig. 4 |
| 体内OTM模型 | 小鼠品系:C57BL/6和SUCNR1-/-;年龄:6-8周;性别:雄性;每组n=8;施加力:20g Ni-Ti弹簧;持续时间:7天。 阅读提示:Materials and methods: OTM model establishment; Fig. 5 |