表位预测与疫苗构建
鉴定LMP2A的免疫原性表位并设计重组疫苗候选分子。
使用IEDB等计算工具预测CTL和HTL表位,选择B细胞表位,拼接形成EERs,并构建B-hEDA-T3-Fc和B-hEDA-T5-Fc候选疫苗,表达纯化并通过SDS-PAGE和LC-MS验证。
Designing multifunctional recombinant vaccines: an engineering strategy based on innovative epitope prediction-guided splicing.
包含体外DC-T共培养、细胞系实验、预防和治疗性动物模型、组合治疗,并涉及功能验证和机制验证。
TC1/LMP2A细胞系 MC38/LMP2A细胞系 RAW264.7细胞系 C57BL/6J小鼠移植瘤模型
通过DC-T共培养,验证疫苗特异性T细胞活化(IFN-γ产生和CFSE稀释) 预防和治疗性肿瘤模型中,疫苗剂量(1 nmol/次)和时间点 疫苗与BMS-1(PD-1抑制剂)联合给药方案 ELISpot和细胞内细胞因子染色评估细胞免疫
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定LMP2A的免疫原性表位并设计重组疫苗候选分子。
使用IEDB等计算工具预测CTL和HTL表位,选择B细胞表位,拼接形成EERs,并构建B-hEDA-T3-Fc和B-hEDA-T5-Fc候选疫苗,表达纯化并通过SDS-PAGE和LC-MS验证。
评估疫苗是否以HLA等位基因依赖性方式激活T细胞。
从HLA匹配的健康供体分离PBMC,诱导DC成熟并负载疫苗,与自体T细胞共培养,检测IFN-γ产生和T细胞增殖。
评估疫苗在肿瘤接种前给予是否能抑制肿瘤生长。
C57BL/6J小鼠皮下接种疫苗三次,间隔两周,最后一次免疫后10天接种TC1/LMP2A或MC38/LMP2A细胞,监测肿瘤体积和体重。
确定T3 EER内的功能性CD8+ T细胞表位。
将T3 EER序列分为7个重叠肽,免疫小鼠后,用各肽刺激脾细胞进行IFN-γ ELISpot分析。
评估疫苗在肿瘤接种后给予的治疗效果,并比较拆分组分。
小鼠接种肿瘤细胞后1天开始免疫疫苗,共3次,间隔5天,监测肿瘤生长和生存期,并分析免疫细胞浸润。
评估疫苗与PD-1抑制剂联合是否能增强抗肿瘤效果。
在治疗性模型中,疫苗免疫后给予BMS-1,监测肿瘤体积、生存期,并分析T细胞应答。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 蛋白质表达与纯化 | 异丙基-β-D-硫代半乳糖苷 | -- | -- |
| 葡聚糖凝胶 | Smart-lifesciences | SA077025 | |
| 蛋白G | GenScript | L00209 | |
| 蛋白质分析 | Q Exactive HF-X | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | C11965500BT |
| RPMI-1640培养基 | Hyclone | SH30255.01 | |
| 慢病毒生产 | Lipofactamine 2000 | Thermo Fisher Scientific | 2854765 |
| 慢病毒感染 | 聚凝胺 | MERCK | TR-1003-G |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596-026 |
| 氯仿 | MERCK | 102445 | |
| 异丙醇 | Damao Chemical Reagent Factory | 2351 | |
| DEPC处理水 | Sangon Biotech | 7732-18-5 | |
| 逆转录PCR | 逆转录混合试剂 | Vazyme | R323-01 |
| 流式细胞术 | FACS缓冲液 | -- | -- |
| Attune NxT流式细胞仪 | Thermo Fisher Scientific | A29001 | |
| 免疫荧光 | 多聚赖氨酸 | Sigma-Aldrich | 27964-99-4 |
| Triton X-100 | Sangon Biotech | 9002-93-1 | |
| 抗RAB7 AF647抗体 | Abcam | ab198337 | |
| 抗Flag AF488抗体 | Proteintech | CL488-80010 | |
| Hoechst染色液 | Solarbio | C0031 | |
| Floureshield封片剂 | Sigma-Aldrich | F6182 | |
| 人DC分离 | Ficoll-Paque PLUS分离液 | Cytiva | 17144002 |
| DC成熟 | ImmunoCult树突状细胞培养试剂盒 | STEMCELL | 10985 |
| DC-T共培养 | X-VIVO 15无血清培养基 | Lonza | 02-060Q |
| 白细胞介素-2 | GenScript | Z00368 | |
| 布雷非德菌素A | Beyotime | S1536 | |
| 流式染色 | IC固定缓冲液 | Invitrogen | 00-8222 |
| 透化缓冲液 | Invitrogen | 00-8333 | |
| T细胞增殖 | CFSE细胞分裂示踪试剂盒 | Biolegend | 423801 |
| TLR4激活检测 | 人TNF-α ELISA试剂盒 | Thermofisher | KHC3011 |
| 动物免疫 | Alhydrogel佐剂2% | Invivogen | vac-alu-250 |
| 联合治疗 | BMS-1 | Selleck | S7911 |
| ELISpot | 红细胞裂解液 | Biolegend | 420302 |
| 小鼠IFN-γ ELISpot试剂盒 | DAKEWE | DKW22-2000-096 | |
| 细胞ELISA | HRP-山羊抗小鼠IgG | Trans | HS201-01 |
| TMB底物 | Elabscience | E-IR-R201 | |
| 免疫组化 | 抗CD3ε抗体 | abcam | ab5690 |
| HRP-山羊抗兔抗体 | Trans | HS101 | |
| 蛋白质表达与纯化 | 凝血酶 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 表位预测 | HLA等位基因列表及其覆盖率阈值(>10%) 阅读提示:Methods: Epitope prediction and splicing |
| 疫苗表达纯化 | 表达菌株Rosetta gami,IPTG浓度(0.1 mM)和诱导条件 阅读提示:Methods: Protein expression and purification |
| DC-T共培养 | 健康供体HLA分型,DC成熟剂,共培养比例和时长 阅读提示:Methods: Human DC isolation and maturation; Human DCs-T cell coculture |
| 预防性肿瘤模型 | 小鼠品系和性别,免疫时间表和剂量,肿瘤细胞接种量 阅读提示:Methods: Animal studies; Figure 3A |
| 治疗性肿瘤模型 | 肿瘤接种时间,疫苗免疫顺序和时间间隔,BMS-1剂量和给药方式 阅读提示:Methods: Animal studies; Figure 6A |