建立 iPSC 模型
从患者和健康供体获取 iPSC,并通过 CRISPR/Cas9 引入相同突变以生成同基因对照。
从 MTS 患者和健康男性供体的 PBMC 中重编程获得 iPSC;使用 CRISPR/Cas9 在 CTRL-iPSCs 中引入 c.225-229del 突变;通过 Sanger 测序、Western blot 和多能性标记验证。
CHCHD2 rescues the mitochondrial dysfunction in iPSC-derived neurons from patient with Mohr-Tranebjaerg syndrome.
涉及患者 iPSC 模型、CRISPR/Cas9 同基因对照、神经元分化、线粒体功能分析、RNA-seq 和过表达挽救实验等多个验证层级。
MTS 患者 iPSC 衍生的神经元 CRISPR/Cas9 编辑的等基因 MUT-iPSC 衍生的神经元 CTRL-iPSC 衍生的神经元
TIMM8A 突变:c.225-229del, p.Q75fs95* 神经元分化时间:53 天 氧化应激处理:100 µM TBHP 处理 24 小时 CHCHD2 过表达:慢病毒载体(pKD-Flag-IRES2-Puro) 统计分析:one-way 或 two-way ANOVA,Tukey 事后检验;两组间采用双尾非配对 t 检验
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从患者和健康供体获取 iPSC,并通过 CRISPR/Cas9 引入相同突变以生成同基因对照。
从 MTS 患者和健康男性供体的 PBMC 中重编程获得 iPSC;使用 CRISPR/Cas9 在 CTRL-iPSCs 中引入 c.225-229del 突变;通过 Sanger 测序、Western blot 和多能性标记验证。
将 iPSC 分化为神经元以评估 TIMM8A 突变对神经发育的影响。
采用单层分化方案,通过双 SMAD 抑制,依次获得神经上皮细胞、NPC 和成熟神经元(53 天);通过免疫染色和 Western blot 检测 NPC 和神经元标记物,并进行形态学分析。
检测 TIMM8A 突变对神经元线粒体功能的影响。
分离线粒体,通过 Western blot 检测复合物 IV 亚基 COX4;使用试剂盒测定复合物 IV 活性、ATP 水平和 ROS 水平;通过 TEM 分析线粒体形态。
评估 TIMM8A 突变在氧化应激条件下对神经元凋亡的敏感性。
用 100 μM TBHP 处理神经元 24 小时,通过 Western blot 检测胞质中 cytochrome c 和 cleaved caspase-3 水平。
识别 MTS 神经元中受影响的基因和通路,特别是与线粒体和神经发育相关的 DEGs。
对第 53 天的神经元进行 RNA-seq,筛选差异表达基因,进行 GO 和 KEGG 通路富集分析,并验证候选基因(如 CHCHD2)的蛋白水平。
验证 CHCHD2 过表达是否能挽救 MTS 神经元的线粒体功能障碍和神经发育缺陷。
通过慢病毒感染构建稳定表达 CHCHD2-Flag 的 iPSC,分化后检测 ATP、ROS、线粒体形态、COX4 水平以及 TBHP 处理后的凋亡指标,并评估神经突生长。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Matrigel 基质胶 | Corning | 356234 |
| mTeSR Plus 培养基 | STEMCELL Technologies | 100-0276 | |
| 细胞重编程 | CytoTune-iPS 2.0 Sendai 重编程试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | A16517 |
| 细胞培养 | Accutase 细胞分离液 | STEMCELL Technologies | 07920 |
| 基因编辑 | pX330-2A-Puro 质粒 | -- | -- |
| 人干细胞核转染试剂盒 | Lonza | VPH-5022 | |
| 细胞培养 | Y-27632 | Selleck Chemicals | S1049 |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | Beyotime | ST551 |
| 神经元分化 | DMEM/F12 培养基 | Gibco | 11320033 |
| Neurobasal 培养基 | Gibco | 21103049 | |
| N2 补充剂 | Gibco | 17502048 | |
| B27 补充剂 | Gibco | 17504044 | |
| GlutaMAX 补充剂 | Gibco | 35050061 | |
| 非必需氨基酸补充剂 | Gibco | 11140050 | |
| 人胰岛素 | Sigma-Aldrich | I9278 | |
| SB431542 | Selleck Chemicals | S1067 | |
| dorsomorphin | Selleck Chemicals | S7306 | |
| 碱性成纤维细胞生长因子 | PeproTech | 100-18B | |
| 胶质细胞源性神经营养因子 | PeproTech | 450-10 | |
| 脑源性神经营养因子 | PeproTech | 450-02 | |
| 细胞培养 | 多聚赖氨酸 | -- | -- |
| 层粘连蛋白 | -- | -- | |
| 线粒体分离 | 线粒体分离试剂盒 | Abcam | ab110170 |
| RNA 提取 | TRIzol 试剂 | Sigma-Aldrich | T3934 |
| RT-qPCR | HiScript III RT SuperMix 用于 qPCR | Vazyme | R323-01 |
| ChamQ 通用 SYBR qPCR 预混液 | Vazyme | Q711-02 | |
| QuantStudio 3 仪器 | Thermo Fisher | -- | |
| 免疫荧光染色 | 含 DAPI 的抗荧光淬灭封片剂 | Solarbio | S2110 |
| 抗 NANOG 抗体 | Cell Signaling Technology | 3580 | |
| 抗 OCT4 抗体 | Santa Cruz | sc-5279 | |
| 抗 SOX2 抗体 | R&D Systems | MAB2018 | |
| 抗 SSEA4 抗体 | Abcam | ab16287 | |
| 抗 PAX6 抗体 | Biolegend | PRB-278P | |
| 抗 SOX1 抗体 | R&D Systems | AF3369-SP | |
| 抗 Nestin 抗体 | Millipore | ABD69 | |
| 抗 TUJ1 抗体 | GeneTex | GTX130245 | |
| 抗 MAP2 抗体 | Cell Signaling Technology | 4542 | |
| Western blot | 抗 SOX2 抗体 | Cell Signaling Technology | 2748 |
| 抗 PAX6 抗体 | Biolegend | PRB-278P | |
| 抗 Nestin 抗体 | Millipore | ABD69 | |
| 抗 TIMM8A 抗体 | Proteintech | 11179-1-AP | |
| 抗 HSP60 抗体 | Proteintech | 15282-1-AP | |
| 抗 TOMM40 抗体 | Proteintech | 18409-1-AP | |
| 抗 TIMM23 抗体 | Proteintech | 11123-1-AP | |
| 抗 COX4 抗体 | Proteintech | 11242-1-AP | |
| 抗细胞色素 c 抗体 | Proteintech | 10993-1-AP | |
| 抗裂解的 caspase-3 抗体 | Cell Signaling Technology | 9661 | |
| 抗 BCL-2 抗体 | ABclonal | A19693 | |
| 抗 BAX 抗体 | Proteintech | 60267-1-Ig | |
| 抗 CHCHD2 抗体 | Proteintech | 19424-1-AP | |
| 抗 Flag 抗体 | Proteintech | 66008-4-Ig | |
| 抗 β-微管蛋白抗体 | Proteintech | 66240-1-Ig | |
| HRP 标记的山羊抗兔 IgG(H+L) 抗体 | Proteintech | SA00001-2 | |
| HRP 标记的山羊抗小鼠 IgG(H+L) 抗体 | Proteintech | SA00001-1 | |
| 自动化化学发光成像系统 | Tanon | -- | |
| ATP 检测 | CellTiter-Glo 发光细胞活力检测试剂盒 | Promega | G7570 |
| ROS 检测 | DCFDA/H2DCFDA 细胞 ROS 检测试剂盒 | Abcam | ab113851 |
| 复合物 IV 活性检测 | 细胞线粒体复合物 IV(细胞色素 C 氧化酶)活性检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K837-M |
| CHCHD2 过表达 | pKD-Flag-IRES2-Puro 转移质粒 | -- | -- |
| pMD2.G 包膜质粒 | -- | -- | |
| psPAX2 包装质粒 | -- | -- | |
| Lipofectamine 3000 转染试剂 | Invitrogen | L3000015 | |
| 透射电子显微镜 | 透射电子显微镜(HITACHI-H7500) | Hitachi | -- |
| 统计分析 | GraphPad Prism 9 软件 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| iPSC 建立 | PBMC 来源、重编程试剂盒、培养条件(mTeSR Plus 等)、传代比例 阅读提示:Materials and methods: Generation of iPSCs from PBMCs |
| CRISPR/Cas9 基因编辑 | sgRNA 序列、ssODN 序列、电穿孔参数(细胞数、质粒量)、筛选浓度(嘌呤霉素) 阅读提示:Materials and methods: CRISPR/Cas9-mediated generation of the TIMM8A mutation in CTRL-iPSCs |
| 神经元分化 | 分化时间、培养基成分(N2B27)、因子(SB431542, dorsomorphin, bFGF, GDNF, BDNF)、细胞密度 阅读提示:Materials and methods: Differentiation of iPSCs into neurons |
| 线粒体功能检测 | 线粒体分离试剂盒、复合物 IV 活性试剂盒、ATP/ROS 检测试剂盒及细胞密度 阅读提示:Materials and methods: Isolation of mitochondria, ATP measurement, ROS measurement, Activity analysis of mitochondrial complex IV |
| 凋亡敏感性评估 | TBHP 浓度和处理时间、Western blot 检测 Cyt c 和 cleaved caspase-3 阅读提示:Results: TIMM8A mutation causes mitochondrial dysfunction..., Figure 3H-I |
| CHCHD2 过表达 | 慢病毒包装质粒和比例、感染 MOI、嘌呤霉素筛选浓度 阅读提示:Materials and methods: Construction of stable cell lines overexpressing CHCHD2 |