单细胞数据整合与细胞注释
识别GCA和衰老相关的细胞类型,特别是CD4+记忆T细胞。
整合GSE157007和GSE198891单细胞数据,进行质量控制、归一化、批次效应校正(Harmony),聚类并注释细胞类型,提取T细胞亚群并注释。
Causal genes identification of giant cell arteritis in CD4+ Memory t cells: an integration of multi-omics and expression quantitative trait locus analysis.
包含多组学生物信息学分析(单细胞、eQTL-MR、pQTL-MR、代谢物-MR)、体外细胞实验(过表达/敲低)及功能验证(凋亡、炎症因子),证据层级独立且含功能验证。
CD4+记忆T细胞(GCA患者和老年样本) Jurkat细胞系(PMA诱导)
CD4+记忆T细胞的分群标志(CD44, LTB, IL32, CCR6) DDIT4和ARHGAP15的eQTL-MR分析(暴露和结局数据来源) DDIT4过表达/敲低质粒(pIRES2-EGFP-DDIT4和pKDL-DDIT4) PMA诱导浓度(5 μM)及处理时间(48小时) DDIT4对Jurkat细胞凋亡的影响(Annexin V-FITC/PI染色)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别GCA和衰老相关的细胞类型,特别是CD4+记忆T细胞。
整合GSE157007和GSE198891单细胞数据,进行质量控制、归一化、批次效应校正(Harmony),聚类并注释细胞类型,提取T细胞亚群并注释。
鉴定CD4+记忆T细胞与其他T细胞的差异表达基因,并分析其功能富集。
使用FindMarkers识别CD4+记忆T细胞与其他T细胞亚群及所有其他细胞的DEGs,取交集后进行GO功能富集分析。
确定CD4+记忆T细胞中差异表达基因对GCA风险的因果效应。
利用eQTL数据(ieu数据库)和GCA GWAS数据(finn-b-M13_GIANTCELL和finn-b-GIANT_CELL_TEMP_ARTERITIS),采用双样本MR分析,评估基因表达对GCA风险的因果作用,并进行敏感性分析(异质性、多效性)。
比较DDIT4+/-和ARHGAP15+/- CD4+记忆T细胞在功能、通讯、代谢和药物敏感性方面的差异。
根据DDIT4或ARHGAP15的表达将CD4+记忆T细胞分为阳性/阴性组,进行DEG分析、功能富集、SCENIC转录因子分析、Cellchat和CytoTalk细胞通讯分析、scMetabolism代谢分析、scFEA通量分析及scRANK药物反应预测。
验证DDIT4对T细胞功能的影响及其在GCA中的潜在机制。
使用Jurkat细胞系,通过过表达(pIRES2-EGFP-DDIT4)和敲低(pKDL-DDIT4)DDIT4,检测细胞活力(CCK-8)、凋亡(Annexin V-FITC/PI)、细胞分化(CD45表达)、炎症因子表达(RT-qPCR、Western blot)及信号通路蛋白(NF-κB, MAPK)等。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛生长血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素-两性霉素B溶液 | Beyotime | C0224 | |
| 药物处理 | 佛波醇-12-十四酸酯-13-乙酸酯 | Beyotime | S1819 |
| qRT-PCR | RNA提取试剂盒 | Vazyme | R711-2 |
| HiScript III RT SuperMix qPCR预混液(+gDNA去除) | Vazyme | R211-01 | |
| GAPDH引物 | Beyotime | QH00009S | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013C |
| PMSF溶液 | Beyotime | ST507 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Vazyme | E112 | |
| 上样缓冲液(DTT) | HANGZHOU FUDE BIOLOGICAL TECHNOLOGY | FD002 | |
| PVDF膜 | Merck | IPVH00010 | |
| DDIT4抗体 | Huabio | HA722161 | |
| MCL1抗体 | Huabio | ET1606-14 | |
| IL-6抗体 | Huabio | R1203-2 | |
| IFN-γ抗体 | Sanying | 15365-1-AP | |
| GAPDH抗体 | Elabscience | E-AB-40337 | |
| TNF-α抗体 | Huabio | R1203-1 | |
| CD45抗体 | -- | ab27287 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Elabscience | E-AB-40338 | |
| CCK-8检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Beyotime | -- |
| 流式细胞术 | CD45-FITC抗体 | ThermoFisher | MHCD0429 |
| Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Yeasen Bio | 40302ES | |
| LDH检测 | 细胞毒性检测试剂盒 | Beyotime | C0016 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞RNA-seq分析 | 质量控制阈值,批次校正方法,聚类注释标准 阅读提示:Methods: Single-cell data process and cell annotation |
| MR分析 | 工具变量选择阈值,LD参数,结局GWAS数据集 阅读提示:Methods: eQTL MR analysis |
| 体外细胞实验 | Jurkat细胞培养条件,PMA诱导浓度和时间,质粒构建方法 阅读提示:Methods: Cell transduction and incubation, qRT-PCR, Western blot, CCK-8, Flow cytometry, LDH assay |