患者样本m6A水平及关键酶表达检测
验证下肢动脉粥样硬化患者中m6A甲基化水平变化及鉴定关键调控酶
分离患者和健康对照的PBMC,采用Dot blot检测m6A水平,Western blot和ELISA检测相关甲基转移酶和去甲基化酶表达
ALKBH5 alleviates lower extremity arteriosclerosis by regulating ITGB1 demethylation and influencing macrophage polarization.
包含患者PBMC检测、细胞模型功能验证、小鼠体内模型验证及机制验证,证据层级多样。
RAW264.7巨噬细胞系 ApoE−/−小鼠下肢动脉粥样硬化模型 下肢动脉粥样硬化患者PBMC
ALKBH5表达:患者PBMC中表达最低,需验证干扰和过表达效率 LPS浓度:100 ng/mL,作用时间24 h 小鼠模型建立:ApoE−/−小鼠,球囊损伤+高脂喂养,建模8周 AAV注射:尾静脉注射5×10^9 pfu/mL,每只5 μl 油红O和HE染色:检测股动脉斑块面积和坏死核心
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证下肢动脉粥样硬化患者中m6A甲基化水平变化及鉴定关键调控酶
分离患者和健康对照的PBMC,采用Dot blot检测m6A水平,Western blot和ELISA检测相关甲基转移酶和去甲基化酶表达
明确ALKBH5对LPS诱导的巨噬细胞M1/M2极化的影响
LPS(100 ng/mL)刺激RAW264.7细胞建立炎症模型,过表达或敲低ALKBH5,检测M1/M2标志物和细胞因子水平
评估ALKBH5过表达或敲低对ApoE−/−小鼠动脉粥样硬化斑块和巨噬细胞极化的作用
通过球囊损伤和高脂喂养建立小鼠模型,尾静脉注射AAV病毒过表达或敲低ALKBH5,检测斑块面积、坏死核心、血脂水平和巨噬细胞极化标志物
预测并验证ALKBH5的靶基因及其对mRNA稳定性的影响
使用Starbase2.0预测ALKBH5的靶基因,发现ITGB1;检测患者血清中ITGB1水平及ALKBH5对ITGB1半衰期的影响
验证ITGB1对巨噬细胞极化和下肢动脉硬化的影响
在细胞和动物模型中过表达或敲低ITGB1,检测巨噬细胞极化、斑块面积和血脂水平
验证ALKBH5通过ITGB1影响巨噬细胞极化
在过表达ALKBH5的巨噬细胞中过表达ITGB1,检测M1/M2标志物和细胞因子水平的变化
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| PBMC分离 | RPMI1640培养基 | biosharp | BL303A |
| 淋巴细胞分离液 | GE | 17-1440-02 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Biosharp | BL301A |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000 | Invitrogen | 11668-027 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher | -- |
| RT-qPCR | SYBR Green | -- | -- |
| LightCycler 480II | Roche | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Biosharp | BL504A |
| BCA检测试剂盒 | Biosharp | BL521A | |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abcam | ab181602 | |
| 抗METTL3抗体 | Proteintech | 15073-1-AP | |
| 抗METTL14抗体 | Proteintech | 26158-1-AP | |
| 抗METTL16抗体 | Proteintech | 19924-1-AP | |
| 抗WTAP抗体 | Proteintech | 60188-1-Ig | |
| 抗FTO抗体 | Proteintech | 27226-1-AP | |
| 抗ALKBH5抗体 | Proteintech | 16837-1-AP | |
| 抗ITGB1抗体 | Proteintech | 26918-1-AP | |
| 抗m6A抗体 | Proteintech | 15073-1-AP | |
| 二抗(BL003A或BL001A) | Biosharp | BL003A or BL001A | |
| ChemiDocXRS+增强化学发光试剂盒 | BIO-RAD | -- | |
| 免疫荧光 | F4/80抗体 | Santa Cruz | sc-377009 |
| CD86抗体 | Proteintech | 13395-1-AP | |
| CD206抗体 | Proteintech | 18704-1-AP | |
| Cy3标记的山羊抗小鼠IgG | Servicebio | GB22303 | |
| FITC标记的山羊抗兔IgG | Servicebio | GB21301 | |
| Hoechst33258染色液 | -- | -- | |
| ELISA | METTL3 ELISA试剂盒 | COIBO BIO | CB16065-Hu |
| METTL14 ELISA试剂盒 | COIBO BIO | CB16066-Hu | |
| WTAP ELISA试剂盒 | FineTEST | EH1759 | |
| ALKBH5 ELISA试剂盒 | Ke han sheng | KHS-214444 | |
| TNF-α ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M3063 | |
| IL-6 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0044c | |
| IL-1β ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0037c | |
| IL-10 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0046c | |
| TGF-β ELISA试剂盒 | DuoSet elisa | DY1679 | |
| SpectraMax i3 | Molecular Devices | -- | |
| 动物实验 | AAV病毒 | -- | -- |
| Wako Chemicals试剂盒 | Wako Chemicals | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本采集与PBMC分离 | 患者诊断标准、样本量(各6例)、伦理审批号、离心条件(800g 20min) 阅读提示:Methods 2.1 |
| 细胞实验 | RAW264.7细胞代数、LPS浓度(100 ng/mL)、处理时间(24 h)、转染试剂和shRNA序列 阅读提示:Methods 2.2, 2.4, 2.5, 2.6; Figure legends 2 and 5 |
| 动物模型建立与处理 | ApoE−/−小鼠周龄和性别、球囊损伤步骤、高脂喂养时长(8周)、AAV病毒注射剂量(5×10^9 pfu/mL, 5 μl) 阅读提示:Methods 2.7; Figure legends 3 and 6 |
| 组织学染色 | 石蜡切片厚度(5 μm)、油红O和HE染色步骤 阅读提示:Methods 2.8, 2.9 |
| ELISA检测 | 试剂盒品牌和货号、检测波长(OD450) 阅读提示:Methods 2.10 |