蛋白质组学鉴定Kbhb修饰变化
鉴定AD相关蛋白质Kbhb修饰的改变
使用2月龄和8月龄APP/PS1小鼠及WT对照脑组织,进行4D无标记Kbhb定量蛋白质组学分析,比较不同阶段的Kbhb修饰差异。
Ketogenic β-hydroxybutyrate regulates β-hydroxybutyrylation of TCA cycle-associated enzymes and attenuates disease-associated pathologies in Alzheimer's mice.
包含体内外模型、蛋白质组学、位点突变、酶活性检测及体内饮食干预等多层次验证,并具有机制研究。
APP/PS1小鼠 HT22细胞 293T细胞
APP/PS1小鼠的月龄(2月龄、6月龄、8月龄)及性别(雄性) HT22细胞Na-β-OHB处理浓度(10 mM)和时间(24小时) 生酮饮食处理时间(3个月)及饮食类型(对照饮食XTKDCON、生酮饮食XTKD01) CS K393R和SUCLG1 K81R突变体的构建及验证
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定AD相关蛋白质Kbhb修饰的改变
使用2月龄和8月龄APP/PS1小鼠及WT对照脑组织,进行4D无标记Kbhb定量蛋白质组学分析,比较不同阶段的Kbhb修饰差异。
验证β-OHB处理是否影响TCA循环相关酶的Kbhb修饰和活性
HT22细胞用10 mM Na-β-OHB处理24小时,检测Kbhb水平、TCA循环代谢物、MDH和α-KGDH活性、CS活性及ATP水平。
确定CS和SUCLG1上特定位点的Kbhb修饰是否影响其酶活性
在HT22细胞中过表达WT或突变体(CS K52R, CS K393R; SUCLG1 K81R),经Na-β-OHB处理后检测Kbhb修饰、CS活性、琥珀酸和ATP水平。
验证生酮饮食是否通过增加β-OHB和Kbhb修饰减轻AD病理
6月龄APP/PS1小鼠喂食生酮饮食或对照饮食3个月,检测β-OHB、Kbhb、CS和SUCLG1活性、ATP、Aβ斑块和小胶质细胞增生。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | HyClone | SH30243.01 |
| 胎牛血清 | ABW | WS500T | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | 15140-122 | |
| 药物处理 | β-羟基丁酸钠 | Sigma-Aldrich | 298360 |
| 免疫印迹 | Pierce™ IP裂解缓冲液 | Thermo Scientific | 87787 |
| 蛋白酶抑制剂 | Roche | 04693132001 | |
| SDS-PAGE凝胶(10%) | NCM | PN203 | |
| NcmECL Ultra化学发光底物 | NCM | P10300A | |
| Azure C300成像系统 | Azure | -- | |
| 免疫沉淀 | 免疫球蛋白G | Proteintech | 30000-0-AP |
| Protein A/G磁珠 | Bimake | B23201 | |
| 抗Flag磁珠 | Thermo Scientific | A36797 | |
| 抗体 | 抗Kbhb兔多克隆抗体 | PTM Biolabs Inc. | PTM-1201 |
| 抗CS抗体 | Proteintech | 67784-1-Ig | |
| 抗SUCLG1抗体 | Proteintech | 14923-1-AP | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Proteintech | 66031-1-Ig | |
| 抗Flag抗体 | Proteintech | 66008-4-Ig | |
| 抗小鼠二抗 | Invitrogen | G-21040 | |
| 抗兔二抗 | Invitrogen | G-21234 | |
| 慢病毒包装 | Hieff Trans™脂质体转染试剂 | Yeasen | 40802ES08 |
| 慢病毒感染 | 0.45 μm无菌过滤器 | Millipore | SLHVR33RB |
| 聚凝胺 | Sigma-Aldrich | H9268 | |
| 生酮饮食 | 对照饮食 | Xietong Pharmaceutical Bio-engineering | XTKDCON |
| 生酮饮食 | Xietong Pharmaceutical Bio-engineering | XTKD01 | |
| β-OHB检测 | β-羟基丁酸检测试剂盒 | Abcam | ab83390 |
| ATP检测 | ATP检测试剂盒 | Beyotime | S0026 |
| α-KGDH活性检测 | α-酮戊二酸脱氢酶活性检测试剂盒 | Abcam | ab185440 |
| MDH活性检测 | NAD-苹果酸脱氢酶活性检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K561-M |
| CS活性检测 | 柠檬酸合酶活性检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K178-M |
| 免疫荧光染色 | 抗Aβ抗体 | Servicebio | GB111197 |
| 抗Iba1抗体 | Wako | 019-19741 | |
| 抗Iba1抗体(SYSY) | SYSY | 234308 | |
| 抗GFAP抗体 | CST | #3670 | |
| 抗NeuN抗体 | Merk | #3278580 | |
| 抗Axl抗体 | Proteintech | 13196-1-AP | |
| 抗Clec7a抗体 | SinoBiological | 50233-R010 | |
| 抗CD68抗体 | BIO-RAD | MCA1957GA | |
| 荧光标记二抗(GB21303) | Servicebio | GB21303 | |
| 荧光标记二抗(GB25301) | Servicebio | GB25301 | |
| 荧光标记二抗(33412ES60) | Yeasen | 33412ES60 | |
| 含DAPI的抗淬灭封片剂 | Vector | H-1200 | |
| 冰冻切片机(CM3050S) | Leica | CM3050S | |
| 激光共聚焦显微镜 | Nikon | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 蛋白质组学分析 | 小鼠月龄(2月龄和8月龄)和基因型(APP/PS1 vs WT),每组小鼠数量,蛋白提取、酶解、肽段分级、Kbhb富集和LC-MS/MS参数 阅读提示:Methods 2.3 和相应图例 |
| 细胞培养和处理 | HT22细胞培养条件,Na-β-OHB浓度(10 mM)和处理时间(24小时) 阅读提示:Methods 2.2 和 2.4 |
| 位点突变实验 | 慢病毒载体构建(CS K52R, CS K393R, SUCLG1 K81R),感染条件,Na-β-OHB处理,检测Kbhb和活性 阅读提示:Methods 2.10 和 Results 3.3 |
| 生酮饮食动物实验 | 小鼠品系(APP/PS1)、性别(雄性)、初始月龄(6月龄)、饮食类型(对照XTKDCON和生酮XTKD01)、处理时间(3个月) 阅读提示:Methods 2.11 |
| 组织学分析 | 免疫荧光染色的抗体浓度、孵育条件、图像采集参数 阅读提示:Methods 2.13 和相应图例 |