生物信息学分析
预测ROF治疗AIH的潜在靶点和信号通路
通过数据库(TCMSP、Swiss target prediction、PharmMapper、GeneCards等)收集ROF和AIH靶点,取交集后构建PPI网络,进行KEGG和MCODE分析,识别核心靶点如JAK2、JAK3。
Rhoifolin Attenuates Concanavalin A-Induced Autoimmune Hepatitis in Mice via JAKs/STATs Mediated Immune and Apoptotic Processes.
包含体内小鼠模型、体外CD4+ T细胞分化和原代肝细胞凋亡实验,结合分子对接、动态模拟、免疫组化、流式细胞术等多层级验证,有机制研究。
C57BL/6J小鼠Con A诱导的自身免疫性肝炎模型 原代CD4+ T细胞 原代小鼠肝细胞
Con A诱导剂量:20 mg/kg静脉注射 ROF预处理剂量和时间:20 mg/kg和40 mg/kg口服,连续7天 体外ROF处理浓度:20 μM 阳性对照:Tofacitinib (1 μM) 检测时间点:Con A注射后8小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测ROF治疗AIH的潜在靶点和信号通路
通过数据库(TCMSP、Swiss target prediction、PharmMapper、GeneCards等)收集ROF和AIH靶点,取交集后构建PPI网络,进行KEGG和MCODE分析,识别核心靶点如JAK2、JAK3。
评估ROF与JAK2、JAK3、STAT1、STAT3的结合亲和力和稳定性
使用AutoDock Vina进行分子对接,计算结合能;使用GROMACS进行100 ns分子动力学模拟,分析氢键、RMSD、RMSF、Rg和SASA。
验证ROF对Con A诱导肝炎的保护作用
小鼠分为正常组、Con A模型组、ROF低剂量组(20 mg/kg)、ROF高剂量组(40 mg/kg)和阳性药BIF组(200 mg/kg)。连续口服给药7天后注射Con A(20 mg/kg),8小时后处死取血和肝脏,检测血清生化指标、氧化应激指标、肝组织病理变化。
评估ROF对免疫细胞浸润和炎症因子释放的影响
通过IHC检测肝脏中Ly-6G和CD4阳性细胞,IF检测脾脏CD4细胞;ELISA检测血清TNF-α、IFN-γ、IL-2;RT-PCR检测肝组织TNF-α、IFN-γ、IL-2、IL-6、IL-17 mRNA表达。
检测肝内CD4+ T细胞中IFN-γ+和IL-17+细胞比例
分离肝内MNCs,经刺激后染色CD3、CD4、IFN-γ、IL-17,进行流式分析。
检测凋亡相关蛋白和JAKs/STATs磷酸化水平
对肝组织、CD4+ T细胞或原代肝细胞进行Western blot,检测Cleaved-Caspase-3、Cleaved-Caspase-9、Bax、Bcl-2、p-JAK2、p-JAK3、p-STAT1、p-STAT3等。
验证ROF对Th1/Th17细胞分化的影响
从脾脏分离CD4+ T细胞,在Th1或Th17极化条件下培养,加入ROF(20 μM)和/或TOF(1 μM),3天后检测IFN-γ和IL-17分泌及T-bet、RORγt mRNA表达。
验证ROF对Con A诱导的原代肝细胞凋亡的保护作用及机制
分离原代小鼠肝细胞,用ROF(20 μM)预处理6小时后用Con A(10 μg/mL)刺激24小时,检测细胞活力(CCK-8)和凋亡(Annexin V/PI染色),Western blot检测IL-6、p-JAK2、p-STAT1、p-STAT3、BNIP3等表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | Rhoifolin (ROF) | Sigma-Aldrich | PHL83302 |
| 阳性对照药物 | 托法替尼 (TOF) | Sigma-Aldrich | PZ0017 |
| 模型诱导 | 刀豆蛋白A (Con A) | Topscience | T4004 |
| 免疫组化染色 | 抗CD4抗体 | Abcam | ab183685 |
| 抗IL6抗体 | Abcam | ab290735 | |
| 流式细胞术 | FITC标记的抗小鼠CD3抗体 | BD Biosciences | 553061 |
| BV510标记的抗小鼠CD4抗体 | BD Biosciences | 563106 | |
| BB700标记的抗小鼠CD4抗体 | BD Biosciences | 566407 | |
| BV421标记的抗小鼠IFN-γ抗体 | BD Biosciences | 563376 | |
| 白细胞活化混合物(含BD GolgiPlug) | BD Biosciences | 550583 | |
| 固定/破膜试剂盒 | BD Biosciences | 554714 | |
| PE标记的IL-17A抗体 | eBioscience | 12-7177-81 | |
| 免疫组化染色 | 抗小鼠Ly-6G抗体 | Proteintech | -- |
| Western blot | 抗Bax抗体 | Abmart | T40051 |
| 抗Bcl-2抗体 | Abmart | T40056 | |
| 剪切型Caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9664 | |
| 剪切型Caspase-9抗体 | Cell Signaling Technology | 9509 | |
| JAK2抗体 | Cell Signaling Technology | 3230 | |
| JAK3抗体 | Cell Signaling Technology | 8863 | |
| BNIP3抗体 | Cell Signaling Technology | 3769 | |
| STAT1抗体 | AFFINITY | AF6300 | |
| 磷酸化STAT1抗体 | AFFINITY | AF3300 | |
| STAT3抗体 | AFFINITY | AF6294 | |
| 磷酸化STAT3抗体 | AFFINITY | AF3293 | |
| 磷酸化JAK2抗体 | AFFINITY | AF3024 | |
| 磷酸化JAK3抗体 | AFFINITY | AF8160 | |
| 细胞分离 | Percoll分离液 | Biosharp | BS909 |
| 免疫组化染色 | DAB显色试剂盒 | Solarbio | DA1010 |
| 免疫荧光染色 | Alexa Fluor 488标记的山羊抗兔IgG(H+L) | Beyotime Biotechnology | A0423 |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Solarbio | 10491 |
| 胎牛血清 (FBS) | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素溶液 | -- | -- | |
| β-巯基乙醇 | -- | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8溶液 | Boster | AR1160 |
| SpectraMax Id5酶标仪 | Molecular Devices | -- | |
| T细胞分化 | 抗CD3抗体 | BioXcell | BE0002 |
| 抗CD28抗体 | BioXcell | BE0328 | |
| 抗IL-4抗体 | BioLegend | 504102 | |
| 重组IL-12蛋白 | PEPROTECH | 210-12 | |
| 重组IL-2蛋白 | PEPROTECH | 212-12 | |
| 抗IFN-γ抗体 | BioLegend | 505801 | |
| 重组TGF-β1蛋白 | BioLegend | 763102 | |
| 重组IL-6蛋白 | PEPROTECH | 216-16 | |
| 重组IL-1β蛋白 | PEPROTECH | 211-11B | |
| ELISA | 小鼠TNF-α ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M3063 |
| 小鼠IFN-γ ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0048 | |
| 小鼠IL-2 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0042 | |
| 小鼠IL-17 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0047 | |
| RNA提取 | RNA提取试剂盒 | FOREGENE | -- |
| RT-PCR | FastKing gDNA去除RT超 mix | TIANGEN | -- |
| 实时荧光定量PCR Easy-SYBR Green I | FOREGENE | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | BOSTER | AR0102 |
| 磷酸酶抑制剂 | BOSTER | AR1195 | |
| 蛋白酶抑制剂 | BOSTER | AR1182 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | BOSTER | AR1189 | |
| β-actin抗体 | BOSTER | BA2305 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG(H+L) | BOSTER | BA1055 | |
| 组织学扫描 | Pannoramic 250 Flash数字切片扫描仪 | 3DHISTECH | -- |
| 血液生化分析 | BS-240-VET全自动生化分析仪 | Mindray | -- |
| 流式细胞术 | FACSCalibur流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| Western blot | ChemiDoc XRS+凝胶成像系统 | Bio-Rad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型建立 | 小鼠品系、性别、年龄、体重;Con A剂量、给药途径;ROF剂量和给药方案 阅读提示:见Materials and Methods 2.4节 |
| 血清生化指标检测 | 检测时间点;ALT、AST、ALP、LDH检测方法 阅读提示:见Materials and Methods 2.5节 |
| 氧化应激指标检测 | 肝脏组织处理方法;MDA、SOD、GSH检测试剂盒的使用 阅读提示:见Materials and Methods 2.5节 |
| 组织学检查 | 肝组织固定、包埋、切片厚度;H&E染色;病变评分标准 阅读提示:见Materials and Methods 2.6节 |
| IHC/IF分析 | 抗原修复条件;一抗稀释比;二抗孵育时间;DAB显色;图像采集和定量 阅读提示:见Materials and Methods 2.7节 |
| 流式细胞术 | 肝内MNCs分离步骤;细胞刺激和染色条件;流式抗体和仪器设置 阅读提示:见Materials and Methods 2.8节 |
| CD4+ T细胞分离和培养 | 磁珠分离试剂盒;细胞纯度验证;培养条件 阅读提示:见Materials and Methods 2.9节 |
| 原代肝细胞分离 | 两步灌流法;胶原酶浓度和灌注时间;细胞活率检测 阅读提示:见Materials and Methods 2.9节 |
| 细胞活力检测 | ROF浓度范围;Con A浓度;CCK-8孵育时间;检测波长 阅读提示:见Materials and Methods 2.10节 |
| T细胞分化实验 | 极化因子浓度;ROF和TOF处理浓度和时间;Th1/Th17标志物检测 阅读提示:见Materials and Methods 2.11节 |
| ELISA检测 | 血清样本处理;细胞上清收集;试剂盒操作步骤 阅读提示:见Materials and Methods 2.12节 |
| 凋亡检测 | Annexin V/PI染色步骤;流式细胞术设置 阅读提示:见Materials and Methods 2.13节 |
| RT-PCR | RNA提取试剂盒;逆转录试剂;PCR循环参数;引物序列 阅读提示:见Materials and Methods 2.14节和Table 1 |
| Western blot | 蛋白提取方法;抗体稀释比;显色和图像分析 阅读提示:见Materials and Methods 2.15节 |
| 统计分析 | 统计方法选择;显著性水平;数据表示 阅读提示:见Materials and Methods 2.16节 |