建模与结构验证
获得GLUT1外面和GLUT3内面构象的可靠蛋白结构模型,用于后续对接和模拟。
使用AlphaFold2基于晶体结构模板建模GLUT1exo和GLUT3endo,并通过SAVES v6.0进行Ramachandran图和ERRAT验证。
Dual inhibitory potential of ganoderic acid A on GLUT1/3: computational and in vitro insights into targeting glucose metabolism in human lung cancer.
包含计算模拟(分子对接、MD模拟)、体外细胞实验(CCK-8、葡萄糖消耗、CETSA、qPCR、Western blot)等多个独立证据层级,并进行了功能与机制验证。
A549人肺癌细胞系 H1299人肺癌细胞系 GLUT1/3蛋白模型(AlphaFold2预测结构与晶体结构)
GAA浓度5 μM处理A549和H1299细胞24小时用于葡萄糖消耗和基因表达实验、6小时用于CETSA实验 分子对接使用AutoDock Vina 1.1.2和1.2.5,网格盒尺寸20×20×20 Å MD模拟使用OPLS3力场,310 K,1.013 bar,模拟时间100 ns或200 ns 细胞活力实验使用GAA浓度0.5, 2.5, 5, 10, 20 μM处理24小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得GLUT1外面和GLUT3内面构象的可靠蛋白结构模型,用于后续对接和模拟。
使用AlphaFold2基于晶体结构模板建模GLUT1exo和GLUT3endo,并通过SAVES v6.0进行Ramachandran图和ERRAT验证。
评估GAA与GLUT1/3不同构象的结合亲和力及相互作用模式。
将GAA、细胞松弛素B和根皮素分别对接到GLUT1/3的内面和外面构象的pocket 1,并使用AutoDock Vina和SwissDock预测结合模式。
评估GAA与GLUT1/3复合物的稳定性、构象变化及相互作用。
对选定复合物进行100 ns或200 ns的MD模拟,分析RMSD、RMSF、蛋白-配体相互作用、PCA和MM-GBSA结合自由能。
评估GAA对肺癌细胞活力的影响,并确定非细胞毒性剂量。
用不同浓度GAA处理A549和H1299细胞24小时,通过CCK-8法检测细胞活力。
验证GAA是否抑制肺癌细胞的葡萄糖摄取。
用5 μM GAA、10 μM细胞松弛素B、100 μM根皮素处理细胞24小时,收集培养基并测量葡萄糖浓度。
在细胞环境中验证GAA与GLUT1/3的直接结合。
用5 μM GAA或DMSO处理细胞6小时,加热至不同温度,通过western blot检测GLUT1/3的稳定性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | HyClone | -- |
| 高糖DMEM培养基 | Servicebio | G4511-500ML | |
| 无糖DMEM培养基 | Servicebio | G4528-500ML | |
| 胰蛋白酶-EDTA | CORNING | 25-053-Cl | |
| 药物处理 | 二甲基亚砜 | MP Biomedicals | 196055 |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Dojindo | -- |
| 细胞培养 | 胎牛血清 | ExCell Bio | -- |
| 药物处理 | 细胞松弛素B | MedChemExpress | HY-16928 |
| 根皮素 | MedChemExpress | HY-N0142 | |
| 葡萄糖消耗检测 | 葡萄糖检测试剂盒-WST | Dojindo Molecular Technologies, Inc. | G264 |
| 药物处理 | 灵芝酸A | Linyi Azeroth Bioscience Co., Ltd. | -- |
| qPCR | Hifair™ V一步法RT-gDNA消化预混液 | Yeasen | 11142-A/B/C |
| SYBR Green预混液 | Yeasen | 11184ES03 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物片剂 | Roche | 11697498001 | |
| 蛋白定量试剂盒 | Abbkine | KTD3001 | |
| 脱脂奶粉 | Solarbio | D8340 | |
| SDS-PAGE | Shanghai Life-iLab Bio-Technology | LFB23021 | |
| 硝酸纤维素滤膜 | Pharmacia | WP4HY00010 | |
| Western blot抗体稀释液 | Elabscience | E-IR-R121 | |
| GLUT1抗体 | Proteintech | 21829-1-AP | |
| GLUT3抗体 | Selleckchem | A5515 | |
| ECL试剂盒 | Epizyme | SQ202 | |
| HRP标记亲和纯化山羊抗兔IgG (H+L) | Boster Biological Technology | BST16I03AI8B56 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞活力检测 | 细胞系 (A549, H1299) 培养条件、细胞接种密度、GAA浓度和处理时间 阅读提示:Methods 2.6, Figure 12A, B |
| 葡萄糖消耗实验 | GAA浓度、抑制剂浓度、处理时间、培养基葡萄糖浓度 阅读提示:Methods 2.7, Figure 12C, D |
| CETSA | GAA浓度、处理时间、温度梯度、蛋白检测方法 阅读提示:Methods 2.8, Figure 12E, F |
| qPCR | GAA浓度、处理时间、引物序列、内参基因 阅读提示:Methods 2.9, Table S3 |
| Western blot | 抗体信息、蛋白上样量、封闭条件 阅读提示:Methods 2.10, Figure 12E, F |
| 分子对接 | 蛋白结构来源、口袋选择、网格尺寸、对接软件及参数 阅读提示:Methods 2.2-2.4, Table S1 |
| MD模拟 | 力场、温度、压力、模拟时间、溶剂模型 阅读提示:Methods 2.5 |