灵芝酸A对GLUT1/3的双重抑制潜力:靶向人肺癌葡萄糖代谢的计算与体外研究

Dual inhibitory potential of ganoderic acid A on GLUT1/3: computational and in vitro insights into targeting glucose metabolism in human lung cancer.

作者信息Mona Alrasheed Bashir, Mohnad Abdalla, Chang-Sheng Shao, Han Wang, Precious Bondzie-Quaye, Waleed Abdelbagi Almahi, Mohammed Sharif Swallah, Qing Huang
PMID39247503
期刊RSC Adv
发布时间2024-09-06
DOI10.1039/d4ra04454a

实验完整度

包含计算模拟(分子对接、MD模拟)、体外细胞实验(CCK-8、葡萄糖消耗、CETSA、qPCR、Western blot)等多个独立证据层级,并进行了功能与机制验证。

主要模型

A549人肺癌细胞系 H1299人肺癌细胞系 GLUT1/3蛋白模型(AlphaFold2预测结构与晶体结构)

重点核对

GAA浓度5 μM处理A549和H1299细胞24小时用于葡萄糖消耗和基因表达实验、6小时用于CETSA实验 分子对接使用AutoDock Vina 1.1.2和1.2.5,网格盒尺寸20×20×20 Å MD模拟使用OPLS3力场,310 K,1.013 bar,模拟时间100 ns或200 ns 细胞活力实验使用GAA浓度0.5, 2.5, 5, 10, 20 μM处理24小时

摘要

人葡萄糖转运蛋白(GLUT)促进己糖进入细胞。在癌症中,增殖增加需要更高的GLUT表达,特别是GLUT1和GLUT3。因此,抑制GLUT通过饿死这些细胞的燃料有望成为抗癌疗法。灵芝酸A(GAA)是灵芝中发现的一种三萜,具有抗癌和抗糖尿病特性。最近的研究表明,GAA降低癌细胞的葡萄糖摄取,这表明GAA可能通过抑制葡萄糖摄取来影响GLUT1/GLUT3。因此,本研究旨在检查GAA是否可以靶向GLUT1/GLUT3并在改变其内面和外面构象中发挥抑制作用。为此,采用AlphaFold2分别建模GLUT3和GLUT1的内面和外面构象。利用分子对接、分子动力学模拟、细胞活力、细胞热位移分析(CETSA)、葡萄糖摄取、qPCR和western blotting。与内面(细胞松弛素B)和外面(根皮素)GLUT1/3抑制剂相比,计算结果显示GAA能够结合并稳定GLUT1/3的两种构象状态,并偏好结合内面构象。低剂量、无细胞毒性的GAA在热力学上稳定了两种转运蛋白,并抑制了人肺癌细胞的葡萄糖摄取,类似于细胞松弛素B和根皮素。总之,本研究揭示了GAA的新功能,表明其通过靶向葡萄糖代谢在癌症治疗中的潜在用途。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
灵芝酸A能否靶向GLUT1和GLUT3并抑制其在人肺癌细胞中的葡萄糖摄取功能?
核心机制
GAA通过结合并稳定GLUT1和GLUT3的内面及外面构象,可能直接阻碍葡萄糖进入活性位点或稳定内面构象从而阻止葡萄糖转运,最终抑制葡萄糖摄取。
主要证据
计算模拟显示GAA与GLUT1/3结合并稳定其构象,体外实验证实5 μM GAA在A549和H1299细胞中提高GLUT1/3的热稳定性并抑制葡萄糖摄取,效果与已知抑制剂相当。
研究意义
作者提出GAA可能作为通过抑制GLUT1/3来重编程肺癌葡萄糖代谢的抗癌治疗剂,但需进一步研究其对正常细胞如神经元和胎盘的影响。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

建模与结构验证

获得GLUT1外面和GLUT3内面构象的可靠蛋白结构模型,用于后续对接和模拟。

使用AlphaFold2基于晶体结构模板建模GLUT1exo和GLUT3endo,并通过SAVES v6.0进行Ramachandran图和ERRAT验证。

2

分子对接分析

评估GAA与GLUT1/3不同构象的结合亲和力及相互作用模式。

将GAA、细胞松弛素B和根皮素分别对接到GLUT1/3的内面和外面构象的pocket 1,并使用AutoDock Vina和SwissDock预测结合模式。

3

分子动力学模拟

评估GAA与GLUT1/3复合物的稳定性、构象变化及相互作用。

对选定复合物进行100 ns或200 ns的MD模拟,分析RMSD、RMSF、蛋白-配体相互作用、PCA和MM-GBSA结合自由能。

4

细胞活力检测

评估GAA对肺癌细胞活力的影响,并确定非细胞毒性剂量。

用不同浓度GAA处理A549和H1299细胞24小时,通过CCK-8法检测细胞活力。

5

葡萄糖消耗实验

验证GAA是否抑制肺癌细胞的葡萄糖摄取。

用5 μM GAA、10 μM细胞松弛素B、100 μM根皮素处理细胞24小时,收集培养基并测量葡萄糖浓度。

6

CETSA验证靶标结合

在细胞环境中验证GAA与GLUT1/3的直接结合。

用5 μM GAA或DMSO处理细胞6小时,加热至不同温度,通过western blot检测GLUT1/3的稳定性。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

蛋白结构预测与验证
细胞活力检测
葡萄糖摄取检测
靶标结合验证
基因表达检测
蛋白表达检测

产品清单

实验环节名称品牌货号
DMEM培养基HyClone--
高糖DMEM培养基ServicebioG4511-500ML
无糖DMEM培养基ServicebioG4528-500ML
胰蛋白酶-EDTACORNING25-053-Cl
二甲基亚砜MP Biomedicals196055
CCK-8试剂盒Dojindo--
胎牛血清ExCell Bio--
细胞松弛素BMedChemExpressHY-16928
根皮素MedChemExpressHY-N0142
葡萄糖检测试剂盒-WSTDojindo Molecular Technologies, Inc.G264
灵芝酸ALinyi Azeroth Bioscience Co., Ltd.--
Hifair™ V一步法RT-gDNA消化预混液Yeasen11142-A/B/C
SYBR Green预混液Yeasen11184ES03
RIPA裂解液Beyotime--
蛋白酶抑制剂混合物片剂Roche11697498001
蛋白定量试剂盒AbbkineKTD3001
脱脂奶粉SolarbioD8340
SDS-PAGEShanghai Life-iLab Bio-TechnologyLFB23021
硝酸纤维素滤膜PharmaciaWP4HY00010
Western blot抗体稀释液ElabscienceE-IR-R121
GLUT1抗体Proteintech21829-1-AP
GLUT3抗体SelleckchemA5515
ECL试剂盒EpizymeSQ202
HRP标记亲和纯化山羊抗兔IgG (H+L)Boster Biological TechnologyBST16I03AI8B56

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞活力检测
细胞系 (A549, H1299) 培养条件、细胞接种密度、GAA浓度和处理时间
阅读提示:Methods 2.6, Figure 12A, B
葡萄糖消耗实验
GAA浓度、抑制剂浓度、处理时间、培养基葡萄糖浓度
阅读提示:Methods 2.7, Figure 12C, D
CETSA
GAA浓度、处理时间、温度梯度、蛋白检测方法
阅读提示:Methods 2.8, Figure 12E, F
qPCR
GAA浓度、处理时间、引物序列、内参基因
阅读提示:Methods 2.9, Table S3
Western blot
抗体信息、蛋白上样量、封闭条件
阅读提示:Methods 2.10, Figure 12E, F
分子对接
蛋白结构来源、口袋选择、网格尺寸、对接软件及参数
阅读提示:Methods 2.2-2.4, Table S1
MD模拟
力场、温度、压力、模拟时间、溶剂模型
阅读提示:Methods 2.5