检测CKIP-1在OSCC组织和细胞系中的表达
明确CKIP-1在OSCC中的表达水平。
利用TCGA和GEO数据库分析HNSCC和OSCC中CKIP-1的表达,并通过免疫组化和Western blotting检测116例OSCC组织样本(48例配对癌旁)和32例正常口腔黏膜组织及OSCC细胞系(SCC25、CAL27、HSC2、SCC9)中CKIP-1的表达。
CKIP-1 silencing suppresses OSCC via mitochondrial homeostasis-associated TFAM/cGAS-STING signalling axis.
包含体外细胞系功能实验(增殖、迁移、凋亡)、体内CDX模型、转录组测序及机制回复实验(TMP处理)等多层级证据。
口腔鳞状细胞癌细胞系SCC25和CAL27 BALB/c裸鼠皮下异种移植瘤模型 OSCC患者肿瘤组织样本
CKIP-1在OSCC组织和细胞系中的高表达 siRNA和shRNA介导的CKIP-1敲低效率 TMP处理浓度(10μM)和时间(24h或72h) 体内实验中BALB/c裸鼠的周龄和样本量(5周龄,n=5/组)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
明确CKIP-1在OSCC中的表达水平。
利用TCGA和GEO数据库分析HNSCC和OSCC中CKIP-1的表达,并通过免疫组化和Western blotting检测116例OSCC组织样本(48例配对癌旁)和32例正常口腔黏膜组织及OSCC细胞系(SCC25、CAL27、HSC2、SCC9)中CKIP-1的表达。
探究CKIP-1表达改变对OSCC细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响。
通过siRNA和质粒过表达构建CKIP-1敲低和过表达细胞系,采用集落形成、EdU、CCK-8、划痕、Transwell迁移和侵袭实验评估增殖、迁移和侵袭能力,通过流式细胞术、PI染色和TUNEL染色检测凋亡,Western blotting检测凋亡相关蛋白(Bax、Bcl2、cleaved-Caspase 3)和EMT标志物(E-cadherin、Vimentin)。
验证CKIP-1沉默在体内的抗肿瘤作用。
将sh-NC和sh-CKIP-1的CAL27细胞皮下注射到BALB/c裸鼠,测量肿瘤体积和重量,并通过免疫荧光检测Ki67、E-cadherin、Vimentin和TUNEL染色评估增殖、EMT和凋亡,同时观察肝转移情况。
探索CKIP-1沉默抑制OSCC的潜在机制。
对CKIP-1沉默和对照CAL27细胞进行mRNA测序,进行GO和KEGG富集分析,发现差异表达基因富集于线粒体,并筛选出TFAM为关键下游分子。
验证CKIP-1沉默是否通过TFAM/cGAS-STING轴发挥作用。
检测CKIP-1沉默细胞中TFAM表达、ROS水平、线粒体膜电位以及cGAS-STING通路蛋白(cGAS、STING)的表达;使用TMP抑制TFAM降解,观察这些指标的逆转以及功能表型的恢复。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | OSCC细胞系(SCC25、CAL27)培养在含10% FBS和1%青霉素-链霉素的DMEM(高糖)或DMEM:F12中,HOIEC培养在KGM中。 阅读提示:参见Methods 2.2 Cell culture |
| 细胞转染 | siRNA转染浓度(50 nM),转染试剂GP-transfect-Mate;慢病毒构建稳定敲低使用5 ng/mL polybrene和2 μg/mL嘌呤霉素筛选7天。 阅读提示:参见Methods 2.7 Cell transfection |
| 增殖检测 | CCK-8实验中每孔接种2×10^3细胞,加入10 μL CCK-8试剂孵育1小时;EdU实验每孔接种1×10^4细胞,EdU孵育2小时。 阅读提示:参见Methods 2.10 EdU assay 和 2.11 CCK-8 assay |
| 迁移和侵袭检测 | 迁移和侵袭实验使用Transwell小室,侵袭实验需包被Matrigel,细胞接种后迁移/侵袭24小时。 阅读提示:参见Methods 2.14 Migration and invasion assay |
| 凋亡检测 | 流式细胞术检测凋亡时使用Annexin V-APC/PI或Annexin V-PE/7ADD试剂盒,细胞转染后48小时收集。 阅读提示:参见Methods 2.5 Flow cytometry |
| 体内实验 | 使用5周龄雌性BALB/c裸鼠,皮下接种2×10^6 CAL27细胞(每组5只),肿瘤体积每周测量,第28天处死。 阅读提示:参见Methods 2.19 Cell-derived xenograft tumour model |
| 机制验证 | TMP处理浓度(10 μM)和时间(24小时或72小时),用于抑制TFAM降解。 阅读提示:参见Methods 2.21 Chemical drugs 和 2.17/2.18 |