转录组测序与差异基因分析
识别与直肠癌肺转移相关的关键基因
对SYSUCC的8对直肠癌组织(有或无肺转移)进行转录组测序,并与GSE131418和TCGA-READ数据集联合分析,通过DEG和WGCNA筛选hub基因(包括VASN)。
Vasorin (VASN) overexpression promotes pulmonary metastasis and resistance to adjuvant chemotherapy in patients with locally advanced rectal cancer.
包含体外细胞功能实验、体内裸鼠模型、临床组织样本分析及转录组测序等多层级证据,并进行了机制验证。
结直肠癌细胞系SW837、LOVO、T84 BALB/c裸鼠皮下移植瘤模型 BALB/c裸鼠肺转移模型 SYSUCC直肠癌患者组织样本
VASN过表达和敲低稳定细胞系的构建与验证 5-FU药物敏感性实验及IC50测定 裸鼠皮下及肺转移模型的细胞接种量和时间 DAPT(NOTCH通路抑制剂)处理条件 VASN与NOTCH1蛋白的相互作用验证
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别与直肠癌肺转移相关的关键基因
对SYSUCC的8对直肠癌组织(有或无肺转移)进行转录组测序,并与GSE131418和TCGA-READ数据集联合分析,通过DEG和WGCNA筛选hub基因(包括VASN)。
验证VASN对CRC细胞增殖、迁移、侵袭和耐药的影响
在SW837、LOVO和T84细胞中过表达或敲低VASN,通过Transwell、伤口愈合、CCK-8、集落形成和5-FU药物敏感性实验评估细胞功能变化。
在体内验证VASN对肿瘤生长和肺转移的影响
将VASN过表达或敲低的CRC细胞皮下注射建立移植瘤模型,尾静脉注射建立肺转移模型,通过肿瘤体积、生物发光成像、HE和IHC评估。
阐明VASN激活NOTCH和MAPK通路的分子机制
通过co-IP验证VASN与NOTCH1的相互作用,IF验证共定位,WB检测通路蛋白变化,并利用DAPT(NOTCH抑制剂)进行拯救实验。
评估VASN表达与肺转移、预后及辅助化疗获益的关系
对SYSUCC队列的98例直肠癌患者(56例原发,42例肺转移)进行IHC检测VASN表达,分析其与临床特征、OS及辅助化疗疗效的相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Invitrogen | -- |
| RPMI-1640培养基 | Invitrogen | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| 质粒构建与转染 | pSin-EF2-puro载体 | -- | -- |
| p3xFlag-CMV-NOTCH1质粒 | G-CLONE | -- | |
| PLVX-IRES-GFP-puro载体 | RiboBio | -- | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L300015 | |
| PEI转染试剂 | MCE | HY-K2014 | |
| RNA提取与qPCR | TRIzol试剂 | Thermo Fisher | 15596018 |
| HiScript III逆转录预混液 | Vazyme | R323-01 | |
| SYBR Green荧光定量预混液 | Yeasen | 11201ES08 | |
| LightCycler 480系统 | Roche | -- | |
| 细胞活力与增殖 | 细胞计数试剂盒-8 | GLPBIO | GK10001 |
| 5-氟尿嘧啶 | -- | -- | |
| 迁移与侵袭 | Transwell小室(8 µm孔径) | Corning | 354480 |
| 基质胶 | BioCoat | 354262 | |
| 细胞培养 | 结晶紫 | -- | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Merck Millipore | 20-188 |
| 蛋白酶抑制剂 | Beyotime | P1046 | |
| 5x上样缓冲液 | FDbio | FD006 | |
| PVDF膜 | Merck Millipore | -- | |
| β-肌动蛋白抗体 | Proteintech | 20536-1-AP | |
| VASN抗体 | Abcam | ab156868 | |
| N-钙黏蛋白抗体 | MCE | HY-P80238 | |
| E-钙黏蛋白抗体 | MCE | HY-P80112 | |
| β-连环蛋白抗体 | MCE | HY-P80488 | |
| CDK1抗体 | Affinity Biosciences | CDK1/CDC2 | |
| 细胞周期蛋白B1抗体 | Affinity Biosciences | Cyclin | |
| NOTCH1抗体 | CST | 3608S | |
| NICD抗体 | CST | 4147T | |
| MAPK抗体 | CST | 9926T | |
| 磷酸化MAPK抗体 | CST | 9910T | |
| HRP偶联二抗 | Proteintech | SA00001-1/SA00001-2 | |
| 免疫共沉淀 | IP裂解液 | Beyotime | P0013 |
| HA标签抗体 | Sigma | H6908 | |
| Flag标签抗体 | Sigma | F1804 | |
| Protein A/G磁珠 | MCE | HY-K0202A | |
| 流式细胞术 | 碘化丙啶 | GOONIE | 100-107 |
| FITC-Annexin-V/PI溶液 | Elabscience | E-CK-A211 | |
| CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| 免疫荧光 | QuickBlock™免疫荧光封闭液 | Beyotime | P0260 |
| 兔抗VASN抗体 | CUSABIO | CSB-PA025796OA01HU | |
| 鼠抗NOTCH1抗体 | Abmart | P90415R1S | |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Guangdong GemPharmatech | -- |
| Living Image软件 | PerkinElmer | -- | |
| 组织病理学 | VASN抗体 | Antibody Systems | PHJ05101 |
| 磷酸化ERK抗体 | CST | 9910T | |
| HRP偶联兔/鼠二抗 | BOSTER | SA1020-1/2 | |
| DAB显色液 | BOSTER | SA1020-1/2 | |
| 药物处理 | DAPT(γ-分泌酶抑制剂) | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 转录组测序 | 样本数量(8对)、患者来源(SYSUCC)、肺转移状态 阅读提示:Methods: Transcriptome sequencing |
| 细胞培养 | 细胞系(SW837, T84, LOVO, HEK293T)、培养基(DMEM, RPMI-1640)、血清浓度(15%, 8%, 10%)、青霉素-链霉素浓度(100 U/mL) 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 质粒构建与转染 | 质粒(pSin-EF2-puro-VASN-HA, p3xFlag-CMV-NOTCH1, shRNA)、转染试剂(Lipofectamine 3000, PEI)、转染时间(24h, 48h)、筛选(嘌呤霉素1:1000, 2周) 阅读提示:Methods: Plasmids and transfection |
| 体外功能实验 | CCK-8细胞数(1000/孔)、5-FU浓度梯度及处理时间(48h)、迁移细胞数(5×10^4)、侵袭细胞数(1×10^5)、迁移时间(8-12h)、侵袭时间(20-24h) 阅读提示:Methods: Cell viability and colony formation assays; Migration and invasion assays |
| 机制探究 | DAPT浓度、处理时间、co-IP抗体量(3 µg)及孵育时间(4°C过夜)、IF固定(4%多聚甲醛1h)和通透(0.5% Triton X-100 20min) 阅读提示:Methods: Coimmunoprecipitation assays; Immunofluorescence staining |
| 动物实验 | 小鼠品系(BALB/c nude)、性别(雌性)、年龄(6周)、细胞接种量(1×10^6)、皮下和尾静脉注射、肿瘤测量频率(每3天)、肺转移观察时间(2周) 阅读提示:Methods: In vivo tumor model |
| 临床样本分析 | 患者队列(SYSUCC, 98例)、IHC评分标准(强度×阳性百分比)、VASN分组(阳性/阴性)、随访时间 阅读提示:Methods: Hematoxylin and eosin staining and immunohistochemistry (IHC); Results: VASN expression and survival in the cohort |