患者样本收集与基因组测序
鉴定pcAECyTCL中的基因组重排、拷贝数改变和小规模突变
对12例pcAECyTCL患者的冷冻肿瘤活检样本(肿瘤细胞≥70%)进行全基因组测序,其中6例样本额外进行RNA测序。
Deregulation of JAK2 signaling underlies primary cutaneous CD8
结合WGS/RNA-seq基因组分析与Ba/F3细胞功能验证、抑制剂敏感性及IHC蛋白验证,证据层次多且相互独立。
12例pcAECyTCL患者的肿瘤活检样本 Ba/F3小鼠前B细胞系 HEK-293T细胞 正常皮肤驻留CD8+ T细胞
JAK2融合基因(KHDRBS1-JAK2、PCM1-JAK2、TFG-JAK2)在Ba/F3细胞中的异位表达 IL3撤除后Ba/F3细胞存活率检测(第7天) JAK1/2抑制剂鲁索利替尼和AZD1480的剂量反应实验(IC50值,n=3) Western blot检测JAK2和STAT5磷酸化水平 免疫组化检测肿瘤组织中pSTAT3和pSTAT5的表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定pcAECyTCL中的基因组重排、拷贝数改变和小规模突变
对12例pcAECyTCL患者的冷冻肿瘤活检样本(肿瘤细胞≥70%)进行全基因组测序,其中6例样本额外进行RNA测序。
验证WGS鉴定的重排、缺失和单核苷酸变异
通过Sanger测序、液滴数字PCR和/或荧光原位杂交验证选定的重排、间质缺失和单核苷酸变异。
验证肿瘤组织中JAK-STAT信号通路的激活状态
对8例可获取肿瘤组织的测序患者进行免疫组化染色,检测磷酸化STAT3和磷酸化STAT5的表达。
在Ba/F3细胞中表达JAK2融合基因以评估其功能
构建TFG-JAK2、PCM1-JAK2、KHDRBS1-JAK2融合基因及对照基因eGFP、TFG-MET,插入慢病毒载体,转导Ba/F3细胞,嘌呤霉素筛选。
验证JAK2融合是否能赋予细胞在IL3撤除后的存活能力
在IL3撤除7天后,通过MTT法检测表达各JAK2融合基因的Ba/F3细胞存活率,并与亲本细胞和对照细胞比较。
评估JAK融合驱动的细胞对JAK抑制剂的敏感性
用鲁索利替尼和AZD1480处理表达JAK2融合的IL3非依赖性Ba/F3细胞72小时,MTT法测细胞活力,计算IC50,并用Western blot检测JAK2和STAT5磷酸化变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组化 | 抗磷酸化STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | 9145 |
| 抗磷酸化STAT5抗体 | Cell Signaling Technology | 9359 | |
| Dako REAL检测系统 | Dako | K5005 | |
| Vectamount封片剂 | Vector Laboratories | H5000 | |
| 细胞培养 | Ba/F3细胞 | DSMZ | ACC-300 |
| RPMI-1640培养基 | -- | -- | |
| 药物处理 | 鲁索利替尼 | -- | -- |
| AZD1480 | -- | -- | |
| 细胞活力检测 | MTT检测试剂盒 | Promega | G4000 |
| Western blot | 抗JAK2抗体 | Abcam | ab108596 |
| 抗磷酸化JAK2抗体 | Cell Signaling Technology | 3776 | |
| 抗STAT5抗体 | Cell Signaling Technology | 94205 | |
| 抗磷酸化STAT5抗体 | Cell Signaling Technology | 9351 | |
| 抗GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 2118 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 基因组测序 | 样本类型、肿瘤细胞比例(≥70%)、测序平台和数据处理流程。 阅读提示:Methods - Patient selection and sequencing |
| 免疫组化 | 抗体(pSTAT3 Cat#9145, pSTAT5 Cat#9359)稀释度及抗原修复条件未在Methods中明确,需查阅Online Supplementary Appendix或原始抗体说明书。 阅读提示:Methods - Immunohistochemistry |
| 细胞培养 | Ba/F3细胞培养基组成(RPMI-1640, 10% FBS, 10 ng/mL IL3),培养条件和传代方法。 阅读提示:Methods - Cell culture, fusion gene construction and viral transduction |
| 细胞活力及抑制剂检测 | MTT检测时细胞密度、孵育时间;抑制剂处理的浓度梯度、处理时长(72小时)和检测终点(IC50计算)。 阅读提示:Methods - Ba/F3 cell viability and inhibitor assays |
| Western blot | 细胞处理条件(抑制剂处理90分钟)、裂解液成分、SDS-PAGE凝胶浓度和抗体稀释度。 阅读提示:Methods - Western blots |