验证乳酸在DKD中的产生增加
明确DKD状态下肾脏乳酸水平是否升高及其与肾功能损伤和EMT的关系
检测db/db小鼠肾组织乳酸含量;使用Seahorse分析AGEs诱导的mTEC和HK-2细胞的OCR、ECAR;检测糖酵解和脂肪酸氧化相关基因表达;免疫荧光检测LDHA在肾小管上皮细胞、内皮细胞和足细胞中的表达。
Lactate drives epithelial-mesenchymal transition in diabetic kidney disease via the H3K14la/KLF5 pathway.
包含体外细胞实验(HK-2、mTEC)、体内动物模型(db/db小鼠)、组学分析(ChIP-seq、RNA-seq)、功能验证(siRNA敲低、AAV肾特异性敲低、药理学抑制)等至少两个独立证据层级,且明确包含功能验证和机制验证。
db/db小鼠模型 HK-2人肾小管上皮细胞 小鼠原代肾小管上皮细胞
补充乳酸剂量0.5 g/kg体重腹腔注射4周 草氨酸钠剂量0.75 g/kg体重/天腹腔注射4周 ML264剂量10 mg/kg腹腔注射6周 AGEs浓度400 μg/mL处理24小时 H3K14la在KLF5启动子上的富集
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
明确DKD状态下肾脏乳酸水平是否升高及其与肾功能损伤和EMT的关系
检测db/db小鼠肾组织乳酸含量;使用Seahorse分析AGEs诱导的mTEC和HK-2细胞的OCR、ECAR;检测糖酵解和脂肪酸氧化相关基因表达;免疫荧光检测LDHA在肾小管上皮细胞、内皮细胞和足细胞中的表达。
外源性补充乳酸或抑制LDHA,观察对DKD小鼠和体外细胞EMT及纤维化的影响
给db/db小鼠腹腔注射乳酸(0.5 g/kg)或LDHA抑制剂草氨酸钠(0.75 g/kg),检测肾功能指标、纤维化相关基因表达、EMT标志物水平及肾组织学变化;细胞实验用乳酸乙酯(10 mM)或草氨酸钠(20 mM)处理AGEs诱导的mTEC,检测EMT标志物。
检测DKD中组蛋白乳酸化水平及其是否受乳酸调控
通过Western blot检测db/db小鼠和AGEs诱导的mTEC中Pan kla和各组蛋白位点乳酸化水平;用Ox处理观察对乳酸化水平的影响;免疫荧光检测Pan kla和H3K14la表达。
寻找H3K14la调控的、参与EMT的关键靶基因
对AGEs诱导mTEC进行ChIP-seq和RNA-seq,联合分析筛选差异基因;qRT-PCR验证候选基因(klf5、serpine1、dclk2)表达;ChIP-PCR验证H3K14la在靶基因启动子上的富集;siRNA敲低候选基因验证对EMT的影响。
验证KLF5是否直接结合cdh1启动子并抑制其转录
双荧光素酶报告实验检测KLF5过表达对cdh1启动子活性的影响,并用cdh1突变载体和siRNA敲低KLF5进行验证。
验证降低KLF5表达或活性是否改善DKD小鼠的EMT和肾功能
通过AAV9介导的shRNA在db/db小鼠肾内敲低KLF5,或腹腔注射KLF5抑制剂ML264,检测肾功能指标、EMT标志物、肾组织学变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Keygen Biotech | -- |
| 胎牛血清 | Cellmax | -- | |
| 青霉素-链霉素溶液 | BioChannel Biological Technology | -- | |
| 磷酸盐缓冲液 | Keygen Biotech | -- | |
| 细胞活性检测 | CCK8试剂盒 | Keygen Biotech | -- |
| 乳酸测定 | 乳酸比色法测定试剂盒 | NanjingJiancheng | -- |
| 肾功能检测 | 血尿素氮试剂盒 | NanjingJiancheng | -- |
| 血清肌酐试剂盒 | NanjingJiancheng | -- | |
| 蛋白检测 | 白蛋白ELISA试剂盒 | Elabscience | -- |
| 蛋白提取 | RIPA裂解缓冲液 | Wanleibio | -- |
| Western blot | ECL化学发光试剂盒 | Wanleibio | -- |
| 糖酵解酶活性检测 | 己糖激酶活性检测试剂盒 | Solarbio Science Technology | -- |
| 磷酸果糖激酶活性检测试剂盒 | Solarbio Science Technology | -- | |
| 乳酸脱氢酶活性检测试剂盒 | Solarbio Science Technology | -- | |
| RNA提取 | Trizol试剂 | APE × BIO | -- |
| RT-qPCR | cDNA逆转录试剂盒 | TOYOBO | -- |
| SYBR Green SuperMix试剂盒 | TOYOBO | -- | |
| Western blot | SDS-PAGE蛋白上样缓冲液 | Affinibody LifeScience AG | -- |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Jianglai biology | JL-T0336 |
| AGEs检测 | AGEs ELISA试剂盒 | Jianglai biology | JL-10691 |
| 双荧光素酶报告实验 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Vazyme | -- |
| ChIP | SimpleChIP酶法染色质免疫沉淀试剂盒 | Cell Signaling Technology | 9002 |
| 药物处理 | 草氨酸钠 | MedChemExpress | -- |
| ML264 | MedChemExpress | -- | |
| 乳酸 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 细胞处理 | 甲基乙二醛 | -- | -- |
| 牛血清白蛋白 | -- | -- | |
| 乳酸乙酯 | -- | -- | |
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | -- | -- |
| 重组小鼠表皮生长因子 | -- | -- | |
| 胶原酶 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 小干扰RNA | GenePharma | -- | |
| pGL3-basic载体 | -- | -- | |
| pRL-SV40海肾荧光素酶表达质粒 | -- | -- | |
| Western blot | 硝酸纤维素膜 | Millipore Corporation | -- |
| 抗体 | E-钙粘蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 14472 |
| α-平滑肌肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 9245 | |
| ZO-1抗体 | Cell Signaling Technology | 3663 | |
| 波形蛋白抗体 | Affinity | AF7013 | |
| 泛乳酸化赖氨酸抗体 | PTM BIO | PTM-1401RM | |
| H3K14la抗体 | PTM BIO | PTM-1414RM | |
| H3K18la抗体 | PTM BIO | PTM-1406RM | |
| H3K9la抗体 | PTM BIO | PTM-1419RM | |
| H3K23la抗体 | PTM BIO | PTM-1413RM | |
| H3K27la抗体 | PTM BIO | PTM-1428 | |
| H3K14ac抗体 | PTM BIO | PTM-113RM | |
| 乙酰化组蛋白H3抗体 | Affinity | AF4365 | |
| 组蛋白H3抗体 | Affinity | AF0863 | |
| KLF5抗体 | Genetex | GTX103289 | |
| LDHA抗体 | Abcam | ab300637 | |
| CD31抗体 | Thermo Fisher Scientific | 14-0311-82 | |
| Nephrin抗体 | Proteintech | 66970-1 | |
| 动物实验 | db/m和db/db小鼠 | Gempharmatech | -- |
| AAV9-m-KLF5 shRNA1-EGFP | Han-heng Biotechnology | -- | |
| Seahorse | Seahorse XFe 96细胞外通量分析仪 | Seahorse Bioscience | -- |
| Seahorse XF细胞线粒体压力测试试剂盒 | Alicelligent | ALS22013 | |
| Seahorse XF糖酵解压力测试试剂盒 | Alicelligent | -- | |
| 寡霉素 | -- | -- | |
| FCCP | -- | -- | |
| 2-脱氧葡萄糖 | -- | -- | |
| 组织学 | 烯烃 | -- | -- |
| Triton X-100 | -- | -- | |
| DAPI | -- | -- | |
| 显微镜 | FV3000共聚焦扫描显微镜 | -- | -- |
| Western blot | Image J软件 | -- | -- |
| ChIP-seq | DNBSEQ-T7测序仪 | MGI | -- |
| VAHTS Universal DNA文库制备试剂盒(Illumina V3) | Vazyme | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型建立与分组 | db/db小鼠年龄(12周龄),性别,样本量(每组n=36用于基础检测,干预实验n=6),饲养条件,糖尿病肾病模型确认标准 阅读提示:Materials and methods 2.2 Animals experiment |
| 乳酸补充与LDHA抑制 | 乳酸剂量(0.5 g/kg体重,pH 6.8,腹腔注射,4周),草氨酸钠剂量(0.75 g/kg/天,腹腔注射,4周),给药频率,溶剂对照设置 阅读提示:Materials and methods 2.2 Animals experiment; Results 3.3, 3.4 |
| 体外细胞处理 | 细胞系(HK-2、mTEC),AGEs浓度(400 μg/mL),处理时间(24小时),乳酸乙酯浓度(10 mM),草氨酸钠浓度(20 mM) 阅读提示:Materials and methods 2.5, 2.6; Results 3.1 |
| 组蛋白乳酸化检测 | 抗体(Pan kla、H3K14la等),用于Western blot。 阅读提示:Materials and methods 2.13 Western blots; Results 3.5 |
| 靶基因鉴定与验证 | ChIP-seq和RNA-seq方法(数据处理、差异分析),siRNA序列,ChIP-PCR引物序列 阅读提示:Materials and methods 2.10, 2.11, 2.14; Results 3.6 |
| KLF5活性抑制 | ML264剂量(10 mg/kg,腹腔注射,6周),溶剂对照,给药频率 阅读提示:Materials and methods 2.2 Animals experiment; Results 3.9 |