建立IAV感染模型并分析菌群变化
验证IAV感染是否改变肠道菌群组成和SCFAs水平。
C57BL/6J小鼠鼻内感染H3N2病毒,收集粪便和血清进行16S rRNA测序,测定SCFAs含量。
Gut microbiota-derived acetate attenuates lung injury induced by influenza infection via protecting airway tight junctions.
包含临床样本分析、16S rRNA测序、小鼠体内模型(GM耗竭、FMT、乙酸干预)、细胞体外模型(HBE细胞)及机制验证(GPR43敲低、AMPK抑制),多层级证据验证功能与机制。
C57BL/6J小鼠流感感染模型 人支气管上皮细胞(HBE) IAV患者及匹配对照人群
流感病毒:H3N2(A/Anhui/1/2017),感染剂量100 PFU(50 μl PBS),鼻内接种 GM耗竭:广谱抗生素混合物(氨苄青霉素1 g/l、甲硝唑1 g/l、新霉素1 g/l、万古霉素0.5 g/l)饮水3周 FMT:供体粪便悬液(0.125 g/ml)100 μl灌胃,连续3天 乙酸处理:饮水中100或200 mM,感染前1周开始 GPR43敲低:shRNA慢病毒感染HBE细胞,MOI 20
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证IAV感染是否改变肠道菌群组成和SCFAs水平。
C57BL/6J小鼠鼻内感染H3N2病毒,收集粪便和血清进行16S rRNA测序,测定SCFAs含量。
证实肠道菌群在IAV感染中的因果作用。
使用广谱抗生素清除小鼠GM,随后进行FMT移植MOCK或H3N2小鼠粪便,观察肺损伤严重程度和乙酸水平。
评估乙酸对IAV感染小鼠肺损伤和气道紧密连接的保护作用。
感染前1周给予小鼠饮水中乙酸(100或200 mM)或对照,感染后评估组织病理、细胞因子、通透性和紧密连接蛋白表达。
确定乙酸对支气管上皮细胞紧密连接的保护作用是否直接。
HBE细胞感染H3N2,并用不同浓度乙酸处理,检测TEER、通透性、紧密连接蛋白表达。
验证GPR43和AMPK是否介导乙酸的保护作用。
使用shRNA敲低HBE细胞GPR43,或使用AMPK抑制剂Compound C,检测紧密连接功能和信号蛋白磷酸化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细菌DNA提取 | 基因组DNA提取试剂盒 | Omega Bio-Tek | M5636-02 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Ambion | 15596-018 |
| 逆转录 | cDNA合成试剂盒 | Yeasen Biotech | 11201ES08 |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| β-肌动蛋白抗体 | Abcam | ab227387 | |
| ZO-1抗体 | Invitrogen | ZO1-1A12 | |
| Occludin抗体 | Abcam | ab216327 | |
| GPR43抗体 | Santa Cruz | sc-293202 | |
| AMPK抗体 | Cell Signaling Technology | 5832 | |
| p-AMPK抗体 | Cell Signaling Technology | 2535 | |
| 增强化学发光试剂 | Epizyme Biomedical Technology | SQ201 | |
| 免疫荧光 | 抗小鼠IgG H&L (Alexa Fluor 594) | -- | -- |
| 抗兔IgG H&L (Alexa Fluor 488) | -- | -- | |
| 屏障功能检测 | Transwell小室 | Corning | 3460 |
| TEER测量 | 上皮组织电压欧姆表 (EVOM2) | World Precision Instruments | -- |
| 通透性测定 | FITC-葡聚糖 | Sigma-Aldrich | 46944 |
| 乙酸处理 | 乙酸 | Sigma-Aldrich | S2889 |
| AMPK抑制 | Compound C | -- | -- |
| ELISA | 小鼠TNF-α ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M3063 |
| 小鼠IL-6 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0044c | |
| 小鼠IL-1β ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0037c | |
| 统计 | GraphPad Prism 8.0.2 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | IAV患者和对照的样本量、匹配条件(年龄、性别、BMI) 阅读提示:Methods: Human study design |
| 病毒扩增和感染 | 病毒株(H3N2 A/Anhui/1/2017)、扩增方法(鸡胚和MDCK细胞)、剂量(100 PFU)和给药途径(鼻内) 阅读提示:Methods: Virus strains and cells; Animal model |
| GM耗竭模型 | 抗生素种类和浓度、处理时间(3周)、停药后感染时间(3天) 阅读提示:Methods: Animal model; Results: Fig. 2 |
| FMT实验 | 粪便制备浓度(0.125 g/ml PBS)、灌胃体积(100 μl)、次数(连续3天)、分析时间点(48h) 阅读提示:Methods: Animal model; Results: Fig. 3 |
| 乙酸干预 | 乙酸浓度(100, 200 mM)、给药方式(饮水)、持续时间(感染前1周) 阅读提示:Methods: Animal model; Results: Fig. 4 |
| 细胞实验 | HBE细胞培养条件、感染复数(MOI=4)、处理时间(24h)、乙酸浓度(10 mM) 阅读提示:Methods: Virus strains and cells; Results: Fig. 6 |
| 屏障功能检测 | TEER测量设备和方法、FITC-dextran浓度(1 mg/ml)、孵育时间(2h) 阅读提示:Methods: TEER; Permeability assay |
| GPR43敲低 | shRNA序列、慢病毒MOI(20)、感染时间(3天) 阅读提示:Methods: Lentiviral infection; Results: Fig. 7 |