代谢组学分析
检测热应激后支持细胞中代谢物的变化,以发现关键差异代谢物
使用LC-MS/MS对热应激和正常处理的支持细胞进行非靶向代谢组学分析,每组8个重复。通过PCA和层次聚类分析数据,并以VIP≥1、FC≥2或≤0.5、q≤0.01筛选差异代谢物。
Heat stress upregulates arachidonic acid to trigger autophagy in sertoli cells via dysfunctional mitochondrial respiratory chain function.
包含体外细胞实验(原代猪支持细胞)、代谢组学、Western blot、免疫荧光、TEM、Seahorse等,但缺乏体内动物模型或患者样本验证。
猪睾丸原代支持细胞(SCs) 热应激(44°C 1小时)处理的支持细胞
花生四烯酸处理浓度:100 µM,处理时间6小时 ROS抑制剂NAC浓度:5 mM,处理时间6小时 线粒体ETC抑制剂鱼藤酮浓度:150 nM(预处理)或2 µM(用于Seahorse) 支持细胞培养温度:32°C(正常)与44°C(热应激)处理1小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测热应激后支持细胞中代谢物的变化,以发现关键差异代谢物
使用LC-MS/MS对热应激和正常处理的支持细胞进行非靶向代谢组学分析,每组8个重复。通过PCA和层次聚类分析数据,并以VIP≥1、FC≥2或≤0.5、q≤0.01筛选差异代谢物。
确定AA及其抑制剂对支持细胞活力和毒性的影响,以选择合适处理浓度和时间
用不同浓度(10~100 µM)AA或其抑制剂AAY处理细胞,检测LDH释放和细胞活力(CCK-8)。根据结果选择100 µM AA或AAY处理6小时进行后续实验。
验证AA是否诱导支持细胞自噬
通过透射电镜观察自噬体,免疫荧光检测LC3和溶酶体分布,Western blot检测LC3、P62和LAMP2蛋白表达水平。
探究AA诱导自噬是否通过氧化应激途径
检测ROS和MDA水平,Western blot检测KEAP1和NRF2蛋白表达,Co-IP检测KEAP1与NRF2的相互作用。
评估AA对线粒体结构和功能的影响
透射电镜观察线粒体结构和自噬囊泡,检测线粒体D-loop含量作为线粒体丰度指标,JC-1染色检测线粒体膜电位(MMP)。
评估AA对线粒体电子传递链和糖酵解的影响
Western blot检测线粒体ETC复合物I-V蛋白表达,使用Seahorse XFe24分析仪测定OCR和ECAR。
验证ROS和线粒体ETC在AA诱导自噬中的因果作用
用5 mM NAC(ROS抑制剂)或2 µM鱼藤酮(线粒体ETC复合物I抑制剂)预处理细胞,然后检测自噬相关蛋白表达和线粒体功能。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 化学试剂 | 花生四烯酸 | -- | HY-109590 |
| 枸橼酸乙胺嗪 | -- | HY-12642 | |
| N-乙酰半胱氨酸 | -- | -- | |
| 鱼藤酮 | -- | -- | |
| Western blot和免疫荧光 | 抗全线粒体氧化磷酸化复合物抗体 | Thermo Fisher | 45-8099 |
| KEAP1抗体 | CST | 8047 | |
| NRF2抗体 | CST | 12721 | |
| Lamin β1抗体 | Proteintech | 12987-1-AP | |
| LC3抗体 | Proteintech | 18725-1-AP | |
| P62/SQSTM1抗体 | Proteintech | 18420-1-AP | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 488抗鼠/兔IgG | Elabscience | E-AB-1056 |
| Alexa Fluor 594抗鼠/兔IgG | Elabscience | E-AB-1060 | |
| 细胞培养 | DMEM/Ham's F12培养基 | Gibco | 11559716 |
| 青霉素-链霉素溶液 | Solarbio | P1400 | |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099-141 | |
| 谷氨酰胺 | Gibco | 25030081 | |
| 代谢组学 | ACQUITY UPLC BEH Amide色谱柱 | Waters | -- |
| TripleTOF5600plus质谱仪 | SCIEX | -- | |
| 细胞活力与毒性测定 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | C0037 |
| LDH试剂盒 | NJJCBIO | A020-2-2 | |
| 酶标仪 | Bio-Rad | -- | |
| 氧化应激检测 | 脂质过氧化(MDA)检测试剂盒 | Abcam | ab118970 |
| ROS检测试剂 | Invitrogen | D399 | |
| Western blot | BCA蛋白检测试剂盒 | Bioground | BG0020 |
| 细胞裂解缓冲液 | Thermo Fisher | 89900 | |
| PVDF膜 | Roche | 3010040001 | |
| SuperSignal® West Pico化学发光底物 | Millipore | WBKlS0100 | |
| 化学发光成像仪 | Bio-Rad | -- | |
| Image Lab软件 | Bio-Rad | -- | |
| 免疫荧光 | DAPI | -- | -- |
| 奥林巴斯成像显微镜 | Olympus | -- | |
| 透射电镜 | Haptic H-7100透射电子显微镜 | Hitachi | -- |
| 线粒体能量代谢检测 | Seahorse XF细胞分析仪 | Agilent | XFe24 |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1染料 | Cayman | 701560 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 支持细胞分离、培养条件(32°C,5% CO2)、培养基成分、细胞密度等。 阅读提示:见Methods 'Primary SCs culture' |
| 热应激处理 | 热应激温度(44°C)和时间(1小时)。 阅读提示:见Methods 'Primary SCs culture' |
| AA处理 | AA浓度(100 µM)和处理时间(6小时)。 阅读提示:见Methods 'Chemical reagents and antibodies' 和 'Primary SCs culture' |
| ROS检测 | ROS探针(H2DCFDA)浓度(25 µM)、孵育时间(30分钟)、激发/发射波长。 阅读提示:见Methods 'Detection of MDA and ROS' |
| 线粒体功能检测 | Seahorse分析中OCR和ECAR测量条件、线粒体分离方法、抑制剂浓度等。 阅读提示:见Methods 'Mitochondrial energy metabolism and mitochondrial membrane potential (MMP) detections' |