细胞系构建与缺氧处理
建立GSTZ1敲除和过表达细胞模型,模拟肿瘤微环境缺氧状态
使用CRISPR/Cas9构建GSTZ1-KO HepG2细胞,用AdEasy系统构建GSTZ1-OE Huh7细胞,并在1% O2下培养12小时
Signaling metabolite succinylacetone activates HIF-1α and promotes angiogenesis in GSTZ1-deficient hepatocellular carcinoma.
体外细胞实验、体内小鼠模型(DEN/CCl4诱导及原位移植模型)、临床样本分析及机制验证(DARTS、CETSA、SPR、PHD2活性测定)等多层级证据。
HepG2人肝癌细胞系(GSTZ1敲除) Huh7人肝癌细胞系(GSTZ1过表达) Gstz1基因敲除小鼠肝癌模型(DEN/CCl4诱导) 原位肝癌小鼠模型(BALB/c裸鼠)
GSTZ1表达水平与VEGFA在细胞和肝癌组织中的负相关 HIF-1α抑制剂2-ME2处理对血管生成和肿瘤生长的抑制 SA与PHD2的直接结合(DARTS、CETSA、SPR) SA对PHD2活性和HIF-1α羟化的抑制作用 抗PD-L1与2-ME2联合治疗在Gstz1敲除小鼠中的肿瘤抑制作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立GSTZ1敲除和过表达细胞模型,模拟肿瘤微环境缺氧状态
使用CRISPR/Cas9构建GSTZ1-KO HepG2细胞,用AdEasy系统构建GSTZ1-OE Huh7细胞,并在1% O2下培养12小时
鉴定GSTZ1缺陷在缺氧条件下引起的全局转录变化
对GSTZ1-KO和对照细胞进行RNA-Seq,进行基因集富集分析和差异基因表达分析
评估GSTZ1缺陷通过旁分泌作用对血管内皮细胞功能的影响
收集条件培养基处理HUVECs和HAOECs,进行增殖、迁移、成管实验
验证条件培养基对血管新生的促进作用
从C57BL/6小鼠分离主动脉环,在Matrigel中培养并用条件培养基处理
评估GSTZ1缺失对肝癌进展和血管生成的影响
使用DEN/CCl4诱导肝癌模型,比较Gstz1-/-和WT小鼠的肿瘤血管生成
验证GSTZ1通过HIF-1α调控VEGFA表达
检测HIF-1α蛋白和mRNA水平,使用HIF-1α抑制剂2-ME2和siRNA敲低验证功能
验证SA是否介导GSTZ1缺失对HIF-1α的稳定作用
LC/MS检测细胞内SA水平,用SA处理细胞检测HIF-1α表达,并使用NTBC阻断SA合成
验证SA直接结合PHD2并抑制其活性
DARTS、CETSA、SPR实验检测SA与PHD2结合,PHD2活性测定,Co-IP、羟基化测定
探索HIF-1α抑制剂和抗PD-L1联合治疗对Gstz1敲除小鼠肝癌的效果
使用DEN/CCl4模型,给予2-ME2、抗PD-L1或联合治疗,检测肿瘤生长和免疫细胞浸润
在患者样本中验证GSTZ1与HIF-1α表达的相关性及SA水平
对HCC组织芯片进行IHC染色,分析GSTZ1和HIF-1α表达相关性,并检测SA浓度
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | MEM培养基 | Hyclone | -- |
| DMEM培养基 | Hyclone | -- | |
| 胎牛血清 | Natocor | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Hyclone | -- | |
| TRIzol试剂 | Invitrogen | -- | |
| RNA-seq | NEBNext Ultra RNA文库制备试剂盒(Illumina) | New England Biolabs | -- |
| HiSeq 4000测序平台 | Illumina | -- | |
| IHC染色 | 抗VEGFA抗体 | Abcam | ab1316 |
| 抗HIF-1α抗体 | Abcam | ab51608 | |
| 抗PD-L1抗体 | Cell Signaling Technology | 13684 | |
| 抗小鼠PD-1抗体 | R&D Systems, Bio-Techne | AF1021 | |
| 抗CD31抗体 | Cell Signaling Technology | 77699 | |
| 免疫荧光 | 抗CD31抗体 | Abcam | ab222783 |
| Alexa Fluor 488标记的山羊抗小鼠IgG | Invitrogen | A-10680 | |
| DAPI染色液 | Roche | -- | |
| 封片剂 | Southern Biotech | -- | |
| 转染 | Opti-MEM培养基 | Gibco | -- |
| Oligofectamine转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| qRT-PCR | PrimeScript RT试剂盒(含gDNA Eraser) | Takara | RR047A |
| iTaq Universal SYBR Green Supermix | Bio-Rad | -- | |
| Western blot | 核浆蛋白提取试剂盒 | Beyotime | -- |
| 抗GSTZ1抗体 | GeneTex | GTX106109 | |
| 抗VEGFA抗体 | Abcam | ab1316 | |
| 抗HIF-1α抗体 | Cell Signaling Technology | 36169 | |
| 抗羟化HIF-1α抗体 | Cell Signaling Technology | 3434 | |
| 抗β-actin抗体 | ZSGB-BIO | TA-09 | |
| 抗GAPDH抗体 | Beyotime | AG019 | |
| 抗PHD2抗体 | Cell Signaling Technology | 4835 | |
| 抗MMP2抗体 | GeneTex | GTX133806 | |
| 抗MMP9抗体 | Bioworld | S1241 | |
| PVDF膜 | MilliporeSigma | -- | |
| 超敏化学发光底物试剂盒 | Biosharp | -- | |
| ELISA | 人VEGF Quantikine ELISA试剂盒 | Proteintech | -- |
| 细胞增殖与迁移 | IncuCyte ZOOM活细胞成像系统 | Essen BioScience | -- |
| 划痕器 | Essen BioScience | -- | |
| 细胞迁移 | Transwell小室 | -- | -- |
| 结晶紫 | -- | -- | |
| 显微镜 | IX73显微镜 | Olympus | -- |
| PHD2活性测定 | His标签pET28a PHD2载体 | -- | -- |
| 异丙基硫代半乳糖苷 | -- | -- | |
| MES缓冲液 | -- | -- | |
| 三磷酸腺苷 | -- | -- | |
| 辅酶A | -- | -- | |
| 氯化镁 | -- | -- | |
| 琥珀酸 | -- | -- | |
| PHD2活性检测试剂盒 | AmyJet Scientific | -- | |
| 动物实验 | 基质胶 | BD Biosciences | 356234 |
| 2-甲氧基雌二醇 | MCE | -- | |
| 免疫共沉淀 | 抗IgG抗体 | Cell Signaling Technology | 5946 |
| 蛋白G琼脂糖珠 | MilliporeSigma | -- | |
| 代谢物检测 | Agilent 1290 Infinity II液相色谱系统 | Agilent | -- |
| Agilent 6495c质谱仪 | Agilent | -- | |
| 蛋白纯化 | Ni-NTA亲和层析柱 | GE Healthcare (Cytiva) | -- |
| 体外羟化实验 | HIF-1α-ODD蛋白 | Abcam | ab48734 |
| 二甲基草酰甘氨酸 | -- | -- | |
| DARTS | M-PER裂解液 | Thermo Fisher Scientific | 78501 |
| 链霉蛋白酶 | TopScience | -- | |
| SPR | Biacore X100仪器 | GE Healthcare Life Sciences (Cytiva) | -- |
| His-PHD2蛋白 | Sino Biological | 11084-H08H | |
| 流式细胞术 | 高尔基体阻断剂 | BD Biosciences | -- |
| Brilliant Violet 510抗小鼠/人CD11b抗体 | BioLegend | 101245 | |
| FITC抗小鼠F4/80抗体 | BioLegend | 123107 | |
| PerCP/Cyanine5.5抗小鼠CD4抗体 | BioLegend | 100540 | |
| APC抗小鼠CD206抗体 | BioLegend | 141708 | |
| Brilliant Violet 421抗小鼠CD86抗体 | BioLegend | 105032 | |
| PE抗小鼠FoxP3抗体 | Elabscience | E-AB-F1238D | |
| FACSCelesta流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| 动物实验 | 二乙基亚硝胺 | MilliporeSigma | -- |
| 2-甲氧基雌二醇 | Selleck | S1233 | |
| 抗PD-L1抗体 | -- | -- | |
| 尼替西农 | Selleck | S5325 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与缺氧处理 | 缺氧浓度1% O2,处理时间12小时;细胞系HepG2和Huh7的培养条件 阅读提示:见Methods的Cell culture 部分,以及图例说明 |
| 体外血管生成实验 | HUVECs和HAOECs的种子密度(增殖2000细胞/孔,迁移1×10^4细胞,成管1×10^4),成管时间6小时,处理条件 阅读提示:见Methods的Cell proliferation and Transwell assays、Endothelial cell tube formation assay |
| 体内肝癌模型 | DEN剂量(75 mg/kg,50 mg/kg),CCl4剂量(2 mL/kg,每周两次),治疗药物剂量(2-ME2 50 mg/kg,抗PD-L1 100 μg/kg),治疗周期4周 阅读提示:见Methods的Gstz1–/– mouse study 部分 |
| PHD2活性测定 | 反应体系组成(MES、ATP、CoA、MgCl2、succinate),反应时间0-8分钟,检测波长340 nm 阅读提示:见Methods的PHD2 activity assay 部分 |
| 代谢物检测 | LC-MS/MS方法,细胞内SA浓度(GSTZ1-KO vs parental),组织SA浓度(WT vs KO) 阅读提示:见Methods的Metabolite detection and analysis 部分 |
| 临床试验验证 | HCC组织样本数量(42对或36对),TCGA数据纳入标准(373例),IHC评分方法 阅读提示:见Methods的Patient specimens 和 TCGA data analysis 部分 |