化合物设计与合成
利用深度强化学习模型设计并合成新型CRM1抑制剂LFS-1107。
采用深度强化学习分子从头设计模型生成候选芳香片段,经BLI实验筛选,选择四唑片段与莱菔硫烷母体结构合成LFS-1107。
Discovery and biological evaluation of a potent small molecule CRM1 inhibitor for its selective ablation of extranodal NK/T cell lymphoma.
体外细胞实验、蛋白结合实验、机制验证(核滞留IκBα、NF-κB抑制)和体内异种移植模型等多个独立证据层级。
SNK6细胞系 HANK-1细胞系 293T细胞系 NOD/SCID小鼠异种移植模型
LFS-1107对SNK6细胞IC50为26nM,HANK-1为36nM LFS-1107对正常PBMC在4μM时几乎无毒性 LFS-1107浓度达500μM对人血小板无明显影响 siCRM1敲低显著减弱LFS-1107的细胞活性 LFS-1107在异种移植模型中剂量为10mg/kg/周
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
利用深度强化学习模型设计并合成新型CRM1抑制剂LFS-1107。
采用深度强化学习分子从头设计模型生成候选芳香片段,经BLI实验筛选,选择四唑片段与莱菔硫烷母体结构合成LFS-1107。
验证LFS-1107与CRM1的特异性结合,并与其他含活性半胱氨酸蛋白对照。
使用BLI实验测定LFS-1107与CRM1的结合亲和力,并与KPT-330比较;同时检测LFS-1107与IκBα和Keap1的结合。
评估LFS-1107对ENKTL细胞的抑制活性及对正常细胞的选择性。
用CCK-8法测定LFS-1107对SNK6和HANK-1细胞的IC50,并评估对PBMC和血小板的毒性。
验证LFS-1107通过抑制CRM1导致IκBα核滞留并抑制NF-κB信号通路。
通过Western blot检测CRM1、p65、COX-2、c-Myc、Survivin表达,免疫荧光和细胞分级实验检测IκBα核定位,ELISA检测促炎细胞因子水平。
评估LFS-1107在异种移植小鼠模型中对ENKTL的治疗效果。
将SNK6细胞静脉注射至NOD/SCID小鼠,腹腔注射LFS-1107,监测生存期、肿瘤负荷和脾肿大情况。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Hyclone | -- |
| DMEM培养基 | Hyclone | -- | |
| 胎牛血清 | Hyclone | -- | |
| Western blot | Cox2抗体 | Cell Signaling Technology | 4842 |
| NF-κB p65 (D14E12) XP兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 8424 | |
| c-Myc/N-Myc (D3N8F)兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 13987 | |
| 抗Survivin抗体 | Abcam | Ab76424 | |
| Western blot, 免疫荧光 | IκBα (L35A5)小鼠单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 4814 |
| Western blot | Exportin-1/CRM1 (D6V7N)兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 46249 |
| Histone H3 (D1H2) XP兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 60932 | |
| 流式细胞术 | CD45 (胞内域) (D9M8I) XP兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 13917 |
| 免疫荧光 | FITC标记的山羊抗小鼠IgG (H+L) | ABclonal | AS001 |
| BLI | 人KEAP1重组蛋白(His & GST标签) | Sinobiological | 11981-H20B |
| 人IκBα重组蛋白(His标签) | Sinobiological | 12045-H07E | |
| 细胞活力 | 细胞计数试剂盒-8 | Beyotime | C0037 |
| ELISA | TNF-α ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H2305c |
| IFN-1γ ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H0108c | |
| p65 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H1388c | |
| IL-1α ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H0088c | |
| IL-1β ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H0149c | |
| IL-6 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H6156 | |
| IL-8 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H6008 | |
| MCP-1 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H6005 | |
| 核质分离 | NE-PER核和胞质提取试剂 | Thermo | 78833 |
| 药物处理 | KPT330 | Targetmol | 1421923-86-5 |
| 细胞核染色 | DAPI | Beyotime | C1005 |
| BLI | Octet K2系统 | Molecular Device | -- |
| 超级链霉亲和素传感器 | ForteBIO | -- | |
| 细胞活力 | Infinite F50酶标仪 | Tecan | -- |
| 流式细胞术 | Cytomics FC500流式细胞仪 | Beckman | -- |
| Western blot | ECL Western blot检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 细胞分离 | Histopaque-1077 | Sigma Diagnostics | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞活力测定 | SNK6和HANK-1细胞接种密度、LFS-1107浓度范围(0-800 nM)和处理时间(72小时) 阅读提示:Materials and methods: Cell viability assay |
| 细胞毒性测定 | PBMC和血小板的分离方法、处理浓度(4 μM和9 μM;血小板500 μM)和处理时间(24小时) 阅读提示:Materials and methods: Cytotoxicity assay |
| CRM1敲低实验 | siRNA序列、转染方法、细胞密度和敲低后检测时间(48小时) 阅读提示:Materials and methods: RNA Interference experiment |
| GSH/GSSG检测 | SNK6细胞密度(100,000细胞/孔)、LFS-1107处理浓度梯度(1:2稀释从10 mM)和处理时间(48小时) 阅读提示:Materials and methods: GSH/GSSG ratio detection |
| 动物实验 | 小鼠品系(NOD/SCID)、移植方式(静脉注射)、LFS-1107剂量(10 mg/kg/周) 阅读提示:Materials and methods: In vivo efficacy studies |