高糖刺激下miRNA表达谱分析
鉴定高糖刺激下人肾小球内皮细胞中差异表达的miRNAs,并筛选关键候选分子。
对人肾小球内皮细胞进行高糖(30 mM)或正常葡萄糖(5 mM)处理,使用miRNA微阵列分析差异表达,并通过RT-qPCR验证。
miR-372-3p is a potential diagnostic factor for diabetic nephropathy and modulates high glucose-induced glomerular endothelial cell dysfunction via targeting fibroblast growth factor-16.
包含体外细胞实验(高糖处理、miR-372-3p敲低/过表达)、靶基因验证(荧光素酶报告基因)和临床样本诊断分析(ROC曲线),涉及功能与机制验证。
人肾小球内皮细胞(高糖刺激) 糖尿病肾病患者血浆样本(T1DM和T2DM)
高糖浓度:30 mM处理人肾小球内皮细胞 miR-372-3p敲低/过表达转染:使用miR-372-3p抑制剂或mimics,转染48小时 FGF-16过表达载体转染:使用vector-FGF-16 临床样本:健康对照57例,T1DM合并DN 53例,T2DM合并DN 118例
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定高糖刺激下人肾小球内皮细胞中差异表达的miRNAs,并筛选关键候选分子。
对人肾小球内皮细胞进行高糖(30 mM)或正常葡萄糖(5 mM)处理,使用miRNA微阵列分析差异表达,并通过RT-qPCR验证。
验证miR-372-3p是否介导高糖诱导的肾小球内皮细胞功能障碍。
将miR-372-3p抑制剂或miR-Con转染至高糖处理的肾小球内皮细胞,检测细胞活力、NO产生、MDA水平、eNOS磷酸化、凋亡和caspase-3活性。
验证FGF-16是否为miR-372-3p的直接靶基因。
利用生物信息学预测miR-372-3p与FGF-16 3'-UTR的互补结合位点;进行荧光素酶报告基因实验,验证miR-372-3p mimics对野生型或突变型3'-UTR的影响;使用Western blot检测miR-372-3p过表达对FGF-16蛋白表达的影响。
验证FGF-16是否保护高糖诱导的肾小球内皮细胞功能障碍。
将FGF-16过表达载体或空载体转染至高糖处理的肾小球内皮细胞,检测FGF-16蛋白表达、NO产生、MDA水平、caspase-3活性和凋亡。
评估血浆miR-372-3p及其与miR-15a联合对DN的诊断价值。
收集健康对照、T1DM和T2DM合并DN患者的血浆,使用RT-qPCR检测miR-372-3p和miR-15a水平,并利用ROC曲线和AUC评估诊断性能。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| 胎牛血清 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| L-谷氨酰胺 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| miRNA微阵列 | 安捷伦人miRNA(8*15K)V14.0芯片 | Ribobio | -- |
| RNA提取 | miRNeasy迷你试剂盒 | Qiagen, Inc. | -- |
| miRNA标记 | miRCURY阵列标记试剂盒 | Exiqon | -- |
| RT-qPCR | TaqMan反转录试剂盒 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| TaqMan MicroRNA检测 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| Applied Biosystems StepOne-Plus实时荧光定量PCR系统 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| MTT检测 | MTT细胞增殖/活力检测试剂盒 | R&D Systems, Inc. | -- |
| NO检测 | 生物活性ELISA检测 | Elabscience Biotechnology Co., Ltd. | -- |
| SpectraMax M5酶标仪 | Molecular Devices, LLC | -- | |
| MDA检测 | MDA商业试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | -- |
| Caspase-3活性检测 | 抗caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9662 |
| Western blotting | eNOS抗体 | Cell Signaling Technology | 9586 |
| p-eNOS抗体 | Cell Signaling Technology | 9571 | |
| FGF-16抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-376214 | |
| 抗β-actin抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-130065 | |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒 | Invitrogen | -- |
| 流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| 细胞转染 | miR-372-3p模拟物 | RiboBio | -- |
| miR-372-3p抑制剂 | RiboBio | -- | |
| 乱序序列 | RiboBio | -- | |
| 脂质体转染试剂2000 | Invitrogen | -- | |
| FGF-16表达质粒 | GeneCopoeia, Inc. | -- | |
| 荧光素酶报告基因 | pMIR-REPORT载体 | Ambion; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| 双荧光素酶报告检测系统 | Promega | -- | |
| Luminoskan Ascent微孔板发光仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 人肾小球内皮细胞来源为ScienCell Research Laboratories;培养基为含10%胎牛血清、10% L-谷氨酰胺、0.5%青霉素/链霉素的DMEM;培养条件为5% CO2、37°C。 阅读提示:见Material and methods中Cell culture部分。 |
| 高糖处理 | 高糖浓度为30 mM,正常糖为5 mM;处理时间(用于微阵列检测未明确,但细胞活力检测为48h和72h)。 阅读提示:见Results及Figure 1、2图注。 |
| miR-372-3p敲低/过表达 | 转染试剂为Lipofectamine 2000;转染时间为48小时;抑制剂和mimics序列见方法;转染细胞为肾小球内皮细胞。 阅读提示:见Material and methods中Cell transfection部分。 |
| FGF-16过表达 | 过表达质粒为purchased from GeneCopoeia,含完整FGF-16开放阅读框但不含3'UTR;空载体作为对照;转染时间48小时。 阅读提示:见Material and methods中Cell transfection部分。 |
| 临床样本诊断 | 样本来源为潍坊市中医院;健康对照57例、T1DM-DN 53例、T2DM-DN 118例;血浆分离方法见参考文献[18];诊断标准参照参考文献[17]。 阅读提示:见Material and methods中Patients and specimens部分。 |