电子断层扫描分析多聚核糖体结构
在天然脑环境中检测纹状体神经元中多聚核糖体的三维结构及其随年龄和基因型的变化。
使用高压冷冻和冷冻置换技术处理纹状体组织,通过电子断层扫描获取300 nm厚切片的倾斜系列,利用IMOD软件重建三维结构,并通过Laplacian of Gaussian算法自动识别核糖体,结合Ripley's K函数进行空间分布分析。
Progressive alterations in polysomal architecture and activation of ribosome stalling relief factors in a mouse model of Huntington's disease.
研究结合三维电子断层扫描、qRT-PCR、Western blot和polysome profiling等多种技术,并包含体内模型和细胞转染验证,功能验证与机制验证均有覆盖。
zQ175敲入小鼠模型 HEK293T细胞
使用zQ175杂合小鼠及野生型对照,涵盖2、8、10、11月龄(部分实验用12或15月龄),需验证年龄匹配和基因型。 不同实验使用的动物数量不一:ET每组约3-4只,qPCR每组8只,WB每组7只,polysome分析每组4只,需核对具体信息。 细胞转染实验使用HEK293T细胞,质粒浓度为1或3 μg/孔,需验证转染效率和GFP蛋白表达水平。 关键检测指标包括多聚核糖体结构、eIF5A1/eIF5A2/羟腐胺修饰eIF5A1表达、40S/80S比率和polysome分布。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
在天然脑环境中检测纹状体神经元中多聚核糖体的三维结构及其随年龄和基因型的变化。
使用高压冷冻和冷冻置换技术处理纹状体组织,通过电子断层扫描获取300 nm厚切片的倾斜系列,利用IMOD软件重建三维结构,并通过Laplacian of Gaussian算法自动识别核糖体,结合Ripley's K函数进行空间分布分析。
验证zQ175小鼠纹状体中核糖体停滞相关因子(EIF5A1、EIF5A2、DHPS、DOHH)的表达是否改变。
收集12月龄zQ175杂合小鼠和野生型对照的纹状体样本,提取RNA,反转录后使用SYBR Green进行qRT-PCR,以YWHAZ为内参,分析mRNA相对表达量。
验证zQ175小鼠纹状体中eIF5A1、eIF5A2及羟腐胺修饰eIF5A1的蛋白水平。
收集15月龄zQ175杂合小鼠和野生型对照的纹状体组织,裂解后通过SDS-PAGE和Western blot检测eIF5A1、eIF5A2和羟腐胺修饰eIF5A1的积累,以总蛋白染色(Revert 700)作为上样对照。
分析zQ175小鼠纹状体中核糖体亚基和多聚核糖体的分布变化。
将9月龄小鼠纹状体组织(每基因型4只混合)匀浆后在蔗糖密度梯度(10-50%)中离心,连续监测254 nm吸光度,收集分部并进行Western blot检测RPS6和RPL7。
验证表达病理长度CAG重复的mHTT片段是否足以诱导多聚核糖体结构和40S亚基积累的类似改变。
在HEK293T细胞中转染pEGFP-Q23(23CAG)或pEGFP-Q74(74CAG)质粒,共转染pCMV-NP作为转染对照,转移后18小时或24小时分别进行Western blot和多聚核糖体沉降梯度分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 样品制备 | Stoelting组织切片机 | Stoelting Co. | -- |
| 高压冷冻 | Leica EMPACT2 | Leica | -- |
| 冷冻置换 | Leica AFS2 EM FSP | Leica | -- |
| 切片 | Leica Ultracut EM-UC6超薄切片机 | Leica | -- |
| 电子显微镜 | JEOL JEM-1011电子显微镜 | JEOL | -- |
| 电子断层扫描 | Thermo Fisher Scientific Talos Arctica | Thermo Fisher Scientific | -- |
| FEI Tecnai G2 | FEI | -- | |
| 胶体金(10 nm) | Electron Microscopy Sciences | -- | |
| qRT-PCR | Maxwell 16 LEV RNA组织提取试剂盒 | Promega | AS1280 |
| iScript cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad | 170-8891 | |
| Sso Fast EvaGreen Supermix | Bio-Rad | 172-5204 | |
| ValidPrime试剂盒 | TATAA Biocenter | A105S10 | |
| Western blot | 抗eIF5A1抗体 | Merck | SAB1402762 |
| 抗eIF5A2抗体 | Proteintech | 17069-1-AP | |
| 抗羟腐胺抗体 | Merck | ABS1064-I | |
| 抗RPS6抗体 | Elabscience | E-AB-32813 | |
| 抗RPL7抗体 | Elabscience | E-AB-32805 | |
| 抗羟腐胺抗体 | Creative Biolabs | PABL-202 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Sigma | D6429 |
| 非必需氨基酸 | Sigma | M7145 | |
| 两性霉素B | Gibco | 15290018 | |
| 青霉素-链霉素 | Sigma | P4333 | |
| 庆大霉素 | Sigma | G1397 | |
| 多聚核糖体分析 | RNA酶抑制剂 | New England Biolabs | M0307S |
| Western blot | Revert 700总蛋白染色 | LI-COR | 926-11021 |
| IRDye 680RD | Li-Cor | 925-68071 | |
| IRDye 800CW | Li-Cor | 925-32210 | |
| AffiniPure山羊抗兔IgG | Jackson ImmunoResearch | 111-035-003 | |
| 细胞转染 | pEGFP-Q23质粒 | Addgene | 40261 |
| pEGFP-Q74质粒 | Addgene | 40262 | |
| Western blot | 抗GFP抗体 | Genetex | GTX113617 |
| Clarity Western ECL底物 | Bio-Rad | 1705061 | |
| Odyssey Fc成像系统 | Li-Cor | -- | |
| ChemiDoc Touch成像系统 | Bio-Rad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 电子断层扫描样品制备 | 高压冷冻参数(如压力、冷却速度)、冷冻置换介质和温度程序、切片厚度、用于标记的金颗粒大小和浓度 阅读提示:材料与方法2.2和2.4,参考文献[21] |
| 电子断层扫描成像 | 倾斜系列采集参数(倾斜范围、角度增量、像素尺寸)、使用的显微镜类型(Talos Arctica或Tecnai G2)及其像素尺寸 阅读提示:材料与方法2.4 |
| qRT-PCR | RNA提取方法、逆转录条件、引物序列、内参基因选择(YWHAZ)、qPCR循环参数、样本量及统计方法 阅读提示:材料与方法2.6,表1和表2 |
| Western blot | 组织裂解缓冲液、上样量、抗体浓度和来源、膜类型和封闭条件、内参选择(总蛋白染色) 阅读提示:材料与方法2.9 |
| 多聚核糖体分析 | 组织采集和混合方式、匀浆条件(次数、缓冲液)、蔗糖梯度浓度和离心参数、检测波长、分级体积、核糖体蛋白检测方法 阅读提示:材料与方法2.8 |
| 细胞转染 | 细胞系、培养条件、转染试剂和用量、质粒浓度(1或3 μg)、转染时间(18或24小时)、转染效率评估 阅读提示:材料与方法2.7 |