临床相关性分析
评估BMI1表达与HCC患者预后、TIC标志物表达及BDTT发生率的关联。
利用TCGA数据库和患者队列进行生物信息学分析及IHC染色,分析BMI1与总生存期、肿瘤大小、TIC相关蛋白/基因表达及BDTT的关系。
Cathepsin-facilitated invasion of BMI1-high hepatocellular carcinoma cells drives bile duct tumor thrombi formation.
包含临床患者样本分析、体外细胞功能实验、原位动物模型、蛋白质组学、机制验证及抑制剂治疗实验,证据层级独立多样。
WBBMI1细胞(BMI1过表达的WB-F344大鼠肝祖细胞) 原位肝癌小鼠模型(裸鼠) HCC患者队列
BMI1高表达与BDTT发生率及总生存期的相关性 CTSB抑制剂CA-074对BDTT发生的抑制作用 miR-218-1-3p对CTSB表达的调控 miR-218-1-3p mimics对BDTT的抑制效果 血清CTSB水平与BDTT的相关性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估BMI1表达与HCC患者预后、TIC标志物表达及BDTT发生率的关联。
利用TCGA数据库和患者队列进行生物信息学分析及IHC染色,分析BMI1与总生存期、肿瘤大小、TIC相关蛋白/基因表达及BDTT的关系。
验证BMI1过表达是否能将肝祖细胞转化为肿瘤起始细胞(TICs),并增强其致瘤性和侵袭能力。
在WB-F344、PLC和MHCC97H细胞中过表达或敲低BMI1,检测细胞增殖、克隆形成、迁移、侵袭、肿瘤球形成及TIC标志物表达;并进行条件培养基实验和皮下成瘤实验。
验证BMI1high TICs原位植入肝脏或脾脏后是否能形成肿瘤并自发产生胆管肿瘤血栓。
将WBBMI1细胞原位注射至裸鼠肝脏Glisson囊或脾脏,观察黄疸、胆红素水平、肿瘤形成及BDTT发生,并通过组织学和IHC分析确认。
鉴定BMI1high TICs中差异分泌蛋白,并验证CTSB在BMI1介导的侵袭和BDTT中的作用。
对WBCtrl和WBBMI1细胞进行蛋白质组学分析,通过Western blot、ELISA、活性检测验证CTSB表达;用siRNA或抑制剂CA-074敲低或抑制CTSB,进行侵袭和跨胆管上皮迁移实验。
评估CTSB抑制剂对BDTT发生和小鼠生存期的影响。
对原位肝癌小鼠模型给予CA-074治疗,观察黄疸、胆红素、BDTT发生率及生存期。
阐明BMI1是否通过表观遗传抑制miR-218-1-3p来调控CTSB表达。
预测并筛选CTSB靶向miRNA,验证miR-218-1-3p表达,通过ChIP、荧光素酶报告基因、Western blot、ELISA及体内实验验证BMI1-miR-218-1-3p-CTSB轴。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 上皮细胞培养基 | ScienCell | 5100 | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | ThermoFisher Scientific | L3000015 | |
| 嘌呤霉素 | InvivoGen | ant-pr-1 | |
| 细胞功能实验 | CCK8试剂盒 | Dojindo Molecular Technologies | CK04-13 |
| 基质胶 | Corning | 354230 | |
| 结晶紫 | Solarbio | -- | |
| B27补充剂 | ThermoFisher Scientific | 17504044 | |
| 表皮生长因子 | PeproTech | -- | |
| 成纤维细胞生长因子 | PeproTech | -- | |
| CA-074 | APEXBIO | A1926 | |
| PCT209 | Selleck | S7539 | |
| PRT4165 | Selleck | S5315 | |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013 |
| 蛋白酶/磷酸酶抑制剂混合物 | Cwbio | CW2200 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | ThermoFisher Scientific | 23225 | |
| PVDF膜 | Merck Millipore | 3010040001 | |
| 抗BMI1抗体 | Cell Signaling Technology | 6964 | |
| 抗组织蛋白酶B抗体 | Cell Signaling Technology | 31718 | |
| 抗SOX9抗体 | Abcam | ab185966 | |
| 抗CD44抗体 | Cell Signaling Technology | 37259 | |
| 抗CD133抗体 | Abcam | ab19898 | |
| 抗β-微管蛋白抗体 | Abcam | ab179513 | |
| HRP标记二抗 | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| 增强化学发光系统 | Merck Millipore | WBKLS0500 | |
| RT-PCR | RNAiso Plus | Takara | 9108 |
| PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara | RR064A | |
| miRNA第一链cDNA合成试剂盒 | Accurate Biology | AG11717 | |
| SYBR绿色PCR预混液 | Takara | 639676 | |
| LightCycler 480 II实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| 免疫染色 | 抗细胞角蛋白19抗体 | Abcam | ab52625 |
| 抗细胞角蛋白7抗体 | Abcam | ab181598 | |
| 尼康NI-U显微镜 | Nikon | -- | |
| 蔡司LSM 800共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| Image-Pro Plus 6.0软件 | Media Cybernetics | -- | |
| DAPI | BD Pharmingen | 564907 | |
| 荧光素酶实验 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E2920 |
| 动物实验 | CA-074 | APEXBIO | A1926 |
| 蛋白质组学 | Orbitrap Exploris 480质谱仪 | ThermoFisher Scientific | -- |
| Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | ThermoFisher Scientific | 23250 | |
| 胰蛋白酶 | Promega | V5111 | |
| HLB柱 | Waters | 186000383 | |
| ELISA | 人CTSB ELISA试剂盒 | Abcam | ab119584 |
| 大鼠CTSB ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-R2414c | |
| CTSB活性检测 | CTSB活性检测试剂盒 | Abcam | ab65300 |
| ChIP | SimpleChIP酶法染色质免疫沉淀试剂盒 | Cell Signaling Technology | 9003 |
| 抗H3K27me3抗体 | Cell Signaling Technology | 9733 | |
| 正常兔IgG | Cell Signaling Technology | 2729 | |
| FISH | miRNA FISH试剂盒A | GenePharma | -- |
| EZH2抑制剂处理 | PF-06726304 | Selleck | S8494 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 患者队列的纳入和排除标准;BMI1、CTSB及TIC标志物的IHC染色和评分方法;血清CTSB的检测方法。 阅读提示:Methods: Clinical specimen collection and online database analysis; Figure legends 1和4 |
| 体外细胞功能实验 | 细胞系来源和培养条件;BMI1过表达/敲低的方法和效率;CCK8、克隆形成、迁移、侵袭实验的具体条件;转染试剂和浓度。 阅读提示:Methods: Tissue culture; In vitro tumorigenesis assays |
| 动物模型 | 小鼠品系、年龄、性别;细胞注入数量和途径;观察时间点;黄疸、胆红素检测方法;组织处理和BDTT评估标准。 阅读提示:Methods: Surgical orthotopic liver/spleen cancer model; Figure legends 3, 5和6 |
| CTSB抑制剂治疗 | CA-074的给药剂量、途径、频率和持续时间;对照组设置;观察终点和生存分析。 阅读提示:Methods: In vivo tumorigenicity assay; Surgical orthotopic liver/spleen cancer model; Figure legend 5 |
| miR-218-1-3p调控实验 | miRNA mimics浓度和转染方法;ChIP实验的抗体和引物序列;荧光素酶报告基因载体的构建和检测方法;FISH实验的条件。 阅读提示:Methods: Chromatin immunoprecipitation experiment; Luciferase reporter assay; Fluorescence in situ hybridization; Figure legend 6 |