肠道菌群减少
通过肠道清洁和禁食减少肠道微生物负荷,以观察其对RA疾病活动的影响
RA和MetS患者接受肠道清洁(split-dose结肠镜液)和禁食(<250 kcal/天)持续7-10天,期间每两天进行灌肠。
Intestinal Microbiota Reduction Followed by Fasting Discloses Microbial Triggering of Inflammation in Rheumatoid Arthritis.
包含临床干预试验(RA和MetS对照)、免疫细胞计数分析、血清标志物检测、肠道微生物组测序及代谢通路预测,多层次功能验证。
类风湿关节炎患者(n=20) 代谢综合征患者(n=10)
RA患者20例,诊断符合2010 EULAR/ACR标准 肠道清洁采用split-dose方案(moviprep),禁食<250 kcal/天持续7-10天 时间点:T0(基线)、T1(菌群减少早期)、T2(稳定菌群减少)、T3(复食后3天) 主要结局:DAS28和SDAI变化 免疫监测:46种表面标志物细胞计数分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
通过肠道清洁和禁食减少肠道微生物负荷,以观察其对RA疾病活动的影响
RA和MetS患者接受肠道清洁(split-dose结肠镜液)和禁食(<250 kcal/天)持续7-10天,期间每两天进行灌肠。
确定菌群减少对RA疾病活动的影响
在T0-T3各时间点计算DAS28和SDAI评分,并根据EULAR标准评估反应。
确定菌群减少后免疫细胞亚群的变化,特别是单核细胞亚群
使用10种不同染色混合物共46种表面标志物进行流式细胞术,通过immunoClust算法进行无监督聚类分析。
检测炎症和黏膜屏障相关血清标志物的变化
使用ELISA检测BAFF、CCL18、IL-6、LBP和Zonulin。
分析菌群减少和禁食对肠道微生物组成的影响
从粪便样本提取DNA,扩增16S rRNA、ITS和18S rRNA片段,进行双条码扩增子测序,使用SOM算法聚类。
评估禁食后菌群代谢能力的变化
使用MACADAM数据库对细菌物种的途径评分进行加权计算。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 肠道清洁 | moviprep | Norgine GmbH | -- |
| 流式分析 | FACSCanto™ II流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| BD™流式仪设置和追踪微球 | BD Biosciences | -- | |
| ELISA | BAFF ELISA试剂盒 | R&D Systems | DBLYS0B |
| CCL18 ELISA试剂盒 | abcam | ab100620 | |
| IL-6 ELISA试剂盒 | abcam | ab46027 | |
| LBP ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H6108 | |
| Zonulin ELISA试剂盒 | PromoCell | PK-EL-K5600 | |
| DNA提取 | Quick-DNA™粪便/土壤微生物小提试剂盒 | Zymo Research | D6010 |
| DNA定量 | Qubit dsDNA高灵敏度检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| PCR扩增 | Qiagen Taq聚合酶检测 | Qiagen | -- |
| PCR产物纯化 | Ampure磁珠 | -- | -- |
| PCR产物标准化 | Sequelprep板 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 文库制备 | NEB DNA文库制备试剂盒 | New England Biolabs | -- |
| 测序 | MiSeq试剂盒v3 600循环 | Illumina | MS-102-3003 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 菌群减少干预 | 肠道清洁方法(split-dose结肠镜液)和禁食热量限制(<250 kcal/天)及持续时间(7-10天) 阅读提示:Methods 2.2节 |
| 临床评估 | DAS28和SDAI的计算方法及时间点 阅读提示:Methods 2.2节,Table 1 |
| 细胞计数分析 | 染色混合物组成和表面标志物抗体克隆 阅读提示:Methods 2.3节,Table S1 |
| 血清标志物 | ELISA试剂盒货号 阅读提示:Methods 2.5节 |
| 微生物组测序 | 引物序列和扩增条件 阅读提示:Methods 2.6节 |