体内外脓毒症模型建立及VDAC2丙二酰化检测
确定脓毒症后心肌VDAC2丙二酰化变化。
采用CLP建立大鼠脓毒症模型,用LPS刺激H9C2细胞,通过质谱和免疫印迹检测VDAC2丙二酰化水平。
VDAC2 malonylation participates in sepsis-induced myocardial dysfunction via mitochondrial-related ferroptosis.
包含体外细胞实验、体内动物模型、患者样本、蛋白质组学、代谢组学、分子动力学模拟及功能验证。
H9C2心肌细胞系 SD大鼠CLP脓毒症模型 脓毒症患者和健康对照
CLP模型术后12小时处死取心脏 H9C2细胞用500 ng/ml LPS刺激12小时 VDAC2 K46E、K46Q、K46R突变体构建及AAV注射(1.5×10^12 vg/只) ND-630处理(3 mg/kg, i.v.) 样本量:动物实验每组至少6次独立重复,细胞实验每组至少3次独立重复
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定脓毒症后心肌VDAC2丙二酰化变化。
采用CLP建立大鼠脓毒症模型,用LPS刺激H9C2细胞,通过质谱和免疫印迹检测VDAC2丙二酰化水平。
验证VDAC2 K46丙二酰化对心肌细胞铁死亡和心肌损伤的影响。
构建K46E、K46Q、K46R突变体并过表达,检测铁死亡相关指标(GPX4、COX2、MDA、Fe2+、GSH/GSSG)和心功能。
探究VDAC2丙二酰化如何改变其结构并影响线粒体功能。
分子动力学模拟和圆二色光谱分析VDAC2与丙二酰基结合后结构变化,检测线粒体膜电位和线粒体活性氧。
确定丙二酰辅酶A是VDAC2丙二酰化的诱导因素及其升高的原因。
检测大鼠心肌和患者血清丙二酰辅酶A水平,蛋白质组学分析相关代谢酶。
验证降低丙二酰辅酶A是否能减少VDAC2丙二酰化和保护心肌。
用Ad-shACC2敲低ACC2或用ND-630抑制ACC2,检测VDAC2丙二酰化、铁死亡指标、心功能和存活率。
开发靶向线粒体抑制VDAC2丙二酰化的纳米材料并评估其治疗效果。
合成TPP-AAV(AAV(K46Q)@TPP-PEG@QDs),表征其理化性质,检测细胞摄取和线粒体靶向性,并评价其对脓毒症大鼠的治疗效果。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 抗体 | VDAC2抗体 | GeneTEX | GTX104745 |
| 丙二酰赖氨酸抗体 | PTM Biolabs | PTM-901 | |
| VDAC2 K46丙二酰化特异性抗体 | PTM Biolabs | CL062201 | |
| CPT1抗体 | Abcam | ab128568 | |
| GPX4抗体 | Abcam | ab125066 | |
| GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 | |
| 乙酰辅酶A羧化酶抗体 | Cell Signaling Technology | 3662S | |
| 磷酸化乙酰辅酶A羧化酶(Ser79)抗体 | Cell Signaling Technology | 3661 | |
| COX2抗体 | Cell Signaling Technology | 12282 | |
| Sirt5抗体 | Cell Signaling Technology | 8782S | |
| 药物处理 | 脂多糖 | Sigma | L4130 |
| 材料合成 | 三苯基膦 | Sigma | T84409 |
| 6-溴己酸 | Sigma | 150452 | |
| N,N-二环己基碳二亚胺 | Sigma | 8.02954 | |
| N-羟基琥珀酰亚胺 | Sigma | 130672 | |
| 检测试剂盒 | JC-1染料 | Beyotime Biotechnology | C2003S |
| 丙二醛检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology | S0131M | |
| 谷胱甘肽检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology | S0053 | |
| 亚铁离子比色检测试剂盒 | Elab-science | E-BC-K773-M | |
| 重组蛋白 | VDAC2蛋白 | Novus | NBP1-72499 |
| 药物处理 | ND-630 | MedChemExpress | HY-16901 |
| 荧光探针 | Mito-SOX Red | Invitrogen | M36008 |
| MitoBright-Deep Red | Dojindo | MT12 | |
| Mito-FerroGreen | Dojindo | M489 | |
| 病毒载体 | ACC2敲低腺病毒 | Obio life Technology | -- |
| Sirt5过表达腺病毒 | Obio life Technology | -- | |
| 腺相关病毒 | Obio life Technology | -- | |
| 质谱分析 | timsTOF Pro质谱仪 | Bruker Daltonics | -- |
| NanoElute超高效液相色谱系统 | Bruker Daltonics | -- | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Invitrogen | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素 | Invitrogen | -- | |
| 链霉素 | Invitrogen | -- | |
| 蛋白提取 | BCA蛋白定量试剂盒 | -- | -- |
| 酶解 | 胰蛋白酶 | Promega | -- |
| 化合物 | 丙二酰-N-乙酰半胱氨酸 | -- | -- |
| 仪器 | 激光粒度分析仪 | Malvern | -- |
| 核磁共振 | 核磁共振波谱仪 | Bruker | -- |
| 细胞活力 | CCK-8试剂盒 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 脓毒症模型建立 | SD大鼠(200-220g)、CLP手术、术后12小时取样 阅读提示:Materials and Methods: Animal management and sepsis model establishment |
| 细胞处理 | H9C2细胞,500 ng/ml LPS刺激12小时,DMEM加10% FBS 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture and treatment |
| VDAC2突变体过表达 | pSLenti-SFH-P2A-Puro-CMV-Vdac2(K46E/K46Q/K46R)-3xFLAG-WPRE,嘌呤霉素筛选浓度2 μg/ml 阅读提示:Materials and Methods: Lentiviral construction and cell transfections |
| 体内AAV注射 | AAV(K46E/K46Q/K46R)cTNT启动子,1.5×10^12 vg/只,尾静脉注射,CLP前28天 阅读提示:Results: VDAC2 malonylation inducing myocardial injury... |
| ND-630处理 | ND-630剂量3 mg/kg,静脉注射,CLP前30分钟 阅读提示:Results: Inhibition of Malonyl-CoA had a protective effect... |
| 铁死亡指标检测 | GPX4、COX2、MDA、Fe2+、GSH/GSSG、线粒体形态 阅读提示:Results: VDAC2 malonylation inducing myocardial injury... |
| 临床样本 | 30例脓毒症患者和15例健康对照,诊断标准Sepsis-3,排除标准 阅读提示:Materials and Methods: Sepsis patients and healthy controls recruitment |