临床样本表达分析
明确ITCH和FOXP1在子宫内膜癌组织与癌旁组织中的表达差异及临床相关性
收集47例EC患者的癌组织和癌旁组织,通过RT-qPCR检测mRNA水平,通过免疫组化检测蛋白水平,并分析其相关性。
Upregulation of itchy E3 ubiquitin protein ligase contributes to endometrial cancer through promoting forkhead box P1 degradation.
包含临床组织样本mRNA/蛋白检测、数据库生存分析、细胞功能实验(增殖、凋亡、迁移)及分子机制验证(IP、ChIP),但缺乏动物模型和体内功能验证。
HEC-1A细胞 KLE细胞 子宫内膜癌组织样本 Human Protein Atlas数据库队列
组织样本来源:47例EC患者,I/II期,未接受术前化疗或放疗 细胞系:HEC-1A和KLE细胞,经STR鉴定 ITCH过表达剂量:0、0.5、1、2 μg质粒 FOXP1过表达剂量:0、0.5、1 μg质粒 BrdU标记浓度及孵育时间:10 μM,8小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
明确ITCH和FOXP1在子宫内膜癌组织与癌旁组织中的表达差异及临床相关性
收集47例EC患者的癌组织和癌旁组织,通过RT-qPCR检测mRNA水平,通过免疫组化检测蛋白水平,并分析其相关性。
在更大队列中验证ITCH表达与患者预后的关联
从Human Protein Atlas数据库获取541例EC患者的ITCH和FOXP1 RNA水平及预后信息,进行生存分析和相关性分析。
验证ITCH是否直接与FOXP1相互作用并促进其泛素化降解
通过免疫沉淀(IP)检测ITCH WW结构域与FOXP1结合;通过免疫荧光观察共定位;通过泛素化实验检测ITCH促进FOXP1泛素化及其剂量依赖性降解。
验证FOXP1是否通过结合KRAS启动子抑制其表达
在HEC-1A和KLE细胞中过表达FOXP1,检测KRAS蛋白和mRNA水平;通过ChIP-qPCR检测FOXP1与KRAS启动子的结合。
验证ITCH过表达对子宫内膜癌细胞增殖、凋亡和迁移的影响
在HEC-1A和KLE细胞中过表达ITCH,检测蛋白水平变化;通过BrdU染色、MTT实验、流式细胞术和划痕实验评估增殖、活力、凋亡和迁移。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | 二甲苯 | Sigma-Aldrich | XX0060 |
| 乙醇 | Sigma-Aldrich | 493511 | |
| 蛋白酶K | Thermo Fisher Scientific | 17916 | |
| 兔抗ITCH多克隆抗体 | Abcam | ab108515 | |
| 兔抗FOXP1多克隆抗体 | Abcam | ab134055 | |
| HRP偶联山羊抗兔二抗 | Abcam | ab6721 | |
| DAB底物试剂盒 | Abcam | ab64238 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11965092 |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | A5670801 | |
| 青霉素-链霉素 | Thermo Fisher Scientific | 15070063 | |
| DAPI染色 | -- | -- | |
| BrdU染色 | BrdU | Sigma-Aldrich | 2750 |
| 小鼠BrdU抗体 | Sigma-Aldrich | 2750 | |
| Alexa Fluor 594标记山羊抗小鼠IgG | Abcam | ab150116 | |
| 含DAPI的抗荧光淬灭封片剂 | Vector Laboratories | H-1200-10 | |
| 细胞增殖实验 | MTT | Sigma-Aldrich | 475989 |
| 二甲基亚砜 | Sigma-Aldrich | D8418 | |
| Multiskan FC酶标仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞凋亡分析 | 胰蛋白酶 | Thermo Fisher Scientific | 25200056 |
| Annexin V-FITC偶联物 | Abcam | ab14085 | |
| 碘化丙啶溶液 | Abcam | ab14085 | |
| FACSCanto II流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| ChIP实验 | 十二烷基硫酸钠 | Sigma-Aldrich | 7910-OP |
| Triton X-100 | Sigma-Aldrich | T8787 | |
| 氯化钠 | Sigma-Aldrich | S3014 | |
| 蛋白A/G Sepharose磁珠 | Sigma-Aldrich | LSKMAGAG | |
| 氯化锂 | Sigma-Aldrich | L9650 | |
| 脱氧胆酸 | Sigma-Aldrich | D2510 | |
| RT-PCR | SYBR Green RT-PCR预混液 | Thermo Fisher Scientific | 4309155 |
| 免疫沉淀 | 抗泛素抗体 | Abcam | ab32058 |
| 抗Flag抗体 | Sigma-Aldrich | F1804 | |
| Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23227 | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Thermo Fisher Scientific | 89901 |
| 免疫印迹 | SDS-PAGE凝胶 | Thermo Fisher Scientific | NP0322BOX |
| PVDF膜 | Mannheim | 03010040001 | |
| 增强化学发光检测系统 | Thermo Fisher Scientific | 32106 | |
| 化学发光成像仪 | GenScript | L00817C | |
| 兔抗β-actin多克隆抗体 | Abcam | ab8227 | |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Invitrogen | 15596018CN |
| ND-1000分光光度计 | NanoDrop Technologies | -- | |
| RT-qPCR | 高容量cDNA逆转录试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 4368814 |
| SYBR Green RT-PCR预混液 | Thermo Fisher Scientific | 4309155 | |
| 划痕实验 | 六孔板 | Thermo Fisher Scientific | 140675 |
| 磷酸盐缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | 10010023 | |
| 显微镜(DMi8) | Leica | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 组织样本采集 | 患者临床特征(分期、年龄、BMI)、样本配对数、组织处理(液氮速冻)、RNA提取方法 阅读提示:MATERIAL AND METHODS - Patients and samples collection |
| 免疫组织化学 | 抗体浓度(ITCH 1:300,FOXP1 1:500)、抗原修复(Proteinase K预处理)、H-score评分方法 阅读提示:MATERIAL AND METHODS - IHC, Figure 1 |
| 细胞培养 | 细胞系(HEC-1A,KLE)来源、培养基成分(DMEM+10%FBS+双抗)、培养条件(37°C, 5% CO2)、STR鉴定 阅读提示:MATERIAL AND METHODS - Cell culture |
| 分子机制实验 | 质粒转染剂量、IP抗体(抗Flag、抗泛素)、ChIP实验条件、引物序列 阅读提示:MATERIAL AND METHODS - Immunoprecipitation, Chromatin immunoprecipitation, Figure 3, Figure 4 |
| 功能实验 | BrdU浓度(10 μM)及孵育时间(8h)、MTT细胞密度(2×10^3)、凋亡检测染色比例、划痕实验时间内膜融合测量 阅读提示:MATERIAL AND METHODS - BrdU staining, Cell proliferation assay, Cell apoptosis analysis, Wound-healing assay, Figure 5 |
| 数据库分析 | HPA数据库数据版本、样本量(541例)、生存分析分组方式、相关性分析方法 阅读提示:MATERIAL AND METHODS - Database, Figure 2 |