肿瘤微环境的单细胞转录组分析
绘制NSCLC肿瘤微环境的细胞组成和转录异质性
使用ArrayExpress数据库获取的4个NSCLC肿瘤样本的scRNA-seq数据,通过Seurat包进行质量控制、归一化、整合、聚类和注释,鉴定主要细胞类型。
Mapping the function of EF-hand domain-containing protein 2 and determining its clinical relevance in non-small-cell lung cancer through single-cell transcriptomics.
包含scRNA-seq、IHC、Western blot、qRT-PCR、CCK-8、流式凋亡、Transwell、克隆形成及Co-IP等实验,但缺乏体内模型验证,实验完整度中等。
非小细胞肺癌肿瘤组织与癌旁组织(11例患者样本) 正常支气管上皮细胞BEAS-2B NSCLC细胞系A549、NCI-H1299、HCC827
scRNA-seq数据来源:ArrayExpress数据库,样本号GSM8349745-LCA_1_TUMOR、GSM8349746-LCA_2_TUMOR、GSM8349747-LCA_3_TUMOR、GSM8349748-LCA_4_TUMOR 细胞处理:EFHD2过表达载体和shRNA敲低载体,转染试剂Lipofectamine 3000 JAK抑制剂帕克替尼(pacritinib)浓度10 µM,JAK激动剂浓度5 µM IHC检测EFHD2、CD8、CD3、CD68的表达及浸润 统计方法:未配对双侧t检验,P<0.05
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
绘制NSCLC肿瘤微环境的细胞组成和转录异质性
使用ArrayExpress数据库获取的4个NSCLC肿瘤样本的scRNA-seq数据,通过Seurat包进行质量控制、归一化、整合、聚类和注释,鉴定主要细胞类型。
验证EFHD2在NSCLC肿瘤组织中的表达及其与免疫细胞浸润的关系
对11例NSCLC患者的肿瘤组织和癌旁组织进行IHC染色,检测EFHD2、CD8、CD3和CD68的表达。
评估EFHD2在NSCLC细胞系中的表达及其对细胞恶性行为的影响
通过Western blot和qRT-PCR检测EFHD2在BEAS-2B和A549、HCC827、NCI-H1299细胞中的表达;在A549中过表达EFHD2,在NCI-H1299中敲低EFHD2,并通过CCK-8、流式凋亡、Transwell、克隆形成实验检测细胞行为变化。
探究EFHD2是否通过JAK-STAT通路发挥其促进肿瘤的作用
通过Western blot检测JAK1、p-JAK1、STAT3、p-STAT3蛋白水平;通过Co-IP验证EFHD2与JAK1的相互作用;使用JAK抑制剂(pacritinib)和激动剂处理细胞,观察对细胞增殖、凋亡、迁移、侵袭及克隆形成的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | Thermo Fisher Scientific Inc. | 11320033 |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific Inc. | A5256801 | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000150 |
| 药物处理 | 帕克替尼 | Beyotime | SD4762-10mM |
| JAK激动剂 | MedChemExpress | HY-146066 | |
| 蛋白质提取和定量 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific Inc. | 23227 | |
| 蛋白质印迹 | PVDF膜 | Beyotime | FFP24 |
| 抗EFHD2抗体 | Abcam | ab24368 | |
| 抗JAK1抗体 | MedChemExpress | HY-P80196 | |
| 抗磷酸化JAK1抗体 | Abcam | ab138005 | |
| 抗STAT3抗体 | Abcam | ab68153 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 | |
| 增强化学发光底物 | Thermo Fisher Scientific Inc. | 32209 | |
| ChemiDoc MP成像系统 | Bio-Rad Laboratories | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 10296010 |
| 逆转录 | PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara | RR037A |
| 实时定量PCR | SYBR Green预混液 | Takara | RR830S |
| ABI 7500实时荧光定量PCR系统 | Thermo Fisher Scientific Inc. | -- | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | Dojindo | 341-07761 |
| 酶标仪 | Corning | 3897 | |
| 凋亡分析 | Annexin V/PI凋亡检测试剂盒 | BD Biosciences | -- |
| BD FACSAria III流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| 迁移和侵袭实验 | Transwell小室 | -- | -- |
| 基质胶 | Corning | 07-200-165 | |
| 克隆形成实验 | 六孔板 | Corning | 3335 |
| 免疫组织化学 | 抗EFHD2抗体(IHC) | Abcam | ab119119 |
| 抗CD8抗体 | Abcam | ab237709 | |
| 抗CD3抗体 | Abcam | ab16669 | |
| 抗CD68抗体 | Abcam | ab303565 | |
| 辣根过氧化物酶标记二抗 | Abcam | ab6721 | |
| DAB底物 | -- | -- | |
| Olympus BX53显微镜 | Olympus Corporation | -- | |
| Masson染色 | Masson三色染色试剂盒 | Abcam | ab150686 |
| Leica DM500显微镜 | Leica Microsystems | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞数据分析 | 数据来源、质控标准(基因数<200或线粒体基因>10%排除)、聚类算法(Louvain) 阅读提示:Methods - Bioinformatics Analysis of TME |
| 细胞培养和处理 | 细胞系(BEAS-2B、A549、NCI-H1299、HCC827)、培养基(DMEM+10%FBS+1%P/S)、JAK抑制剂浓度(10 µM)和激动剂浓度(5 µM) 阅读提示:Methods - Cell culture and treatments |
| 蛋白质印迹 | 蛋白上样量(20 µg)、一抗稀释比例(EFHD2 1:1000, JAK1 1:1000, p-JAK1 1:1000, STAT3 1:1000, GAPDH 1:1000) 阅读提示:Methods - Western Blot (WB) analysis |
| 细胞功能实验 | CCK-8实验每孔5000细胞,10µL CCK-8,培养2h;Transwell 2×10^4细胞,8µm孔径,24h;克隆形成500细胞/孔,培养14天 阅读提示:Methods - Cell proliferation assay, Transwell migration and invasion assays, Colony formation assay |
| 免疫组织化学 | 组织切片厚度4µm,抗原修复使用柠檬酸盐缓冲液(pH6.0),一抗浓度(EFHD2 5µg/mL, CD8 0.25µg/mL, CD3 1:150, CD68 1:1000) 阅读提示:Methods - Immunohistochemistry (IHC) |