验证FOXM1在乳腺癌中的表达及预后意义
确认FOXM1在乳腺癌中高表达及其与患者预后的关系。
利用TCGA数据库和HPA数据库分析FOXM1表达及蛋白水平,在多个乳腺癌细胞系中通过qRT-PCR和Western blot检测FOXM1表达,通过Kaplan-Meier分析生存关系,并通过DUB抑制剂处理评估DUB酶活性对FOXM1的影响,利用UbiBrowser预测上游DUB。
Ubiquitin-specific protease 5 promotes breast cancer progression by stabilizing Forkhead box M1 through deubiquitination.
该研究包含体外细胞实验、体内裸鼠移植瘤模型和生物信息学分析,并进行了功能验证和机制验证(去泛素化)。
MDA-MB-231细胞 BT-20细胞 裸鼠皮下移植瘤模型
USP5与FOXM1的内源性相互作用(通过Co-IP验证) USP5通过去泛素化增强FOXM1稳定性(需要CHX和MG132处理时间及浓度) USP5 C335A突变体失去增强FOXM1表达的能力 FOXM1敲低逆转USP5过表达对细胞增殖和迁移的促进作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确认FOXM1在乳腺癌中高表达及其与患者预后的关系。
利用TCGA数据库和HPA数据库分析FOXM1表达及蛋白水平,在多个乳腺癌细胞系中通过qRT-PCR和Western blot检测FOXM1表达,通过Kaplan-Meier分析生存关系,并通过DUB抑制剂处理评估DUB酶活性对FOXM1的影响,利用UbiBrowser预测上游DUB。
验证USP5是否与FOXM1直接结合。
在MDA-MB-231和BT-20细胞中通过Co-IP实验检测内源性相互作用。
验证USP5是否在蛋白水平上调FOXM1并增强其稳定性。
在MDA-MB-231细胞中过表达USP5,在BT-20细胞中敲低USP5,检测FOXM1 mRNA和蛋白水平;通过CHX实验测定FOXM1半衰期。
证明USP5通过其去泛素化酶活性去除FOXM1的泛素链,抑制蛋白酶体降解。
使用MG132抑制蛋白酶体,检测USP5对FOXM1表达的影响;使用USP5催化失活突变体C335A,验证酶活性必要性;通过内源性泛素化实验检测FOXM1泛素化水平变化。
验证USP5对细胞增殖、迁移和侵袭的促进作用。
通过CCK-8实验检测细胞增殖;通过划痕实验和Transwell迁移实验检测细胞迁移和侵袭。
证明USP5对乳腺癌恶性表型的促进作用依赖于FOXM1。
在MDA-MB-231细胞中设置四组:对照、USP5过表达、FOXM1敲低、USP5过表达+FOXM1敲低,进行CCK-8、划痕和Transwell实验。
在动物模型中验证USP5和FOXM1对肿瘤生长的作用。
将不同处理的MDA-MB-231细胞皮下注射到裸鼠,观察肿瘤体积和重量,进行Ki-67免疫组化染色。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 达尔伯克改良伊格尔培养基 | Gibco | 12491015 |
| RPMI-1640培养基 | Gibco | 12633012 | |
| 胎牛血清 | Gibco | A5256701 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140148 | |
| Opti-MEM培养基 | Gibco | 31985070 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000150 |
| P3000辅助试剂 | Invitrogen | L3000150 | |
| 慢病毒转染 | 嘌呤霉素 | MedChemExpress | HYK1057 |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012 |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore Sigma | IPVH00010 |
| 抗微管蛋白抗体 | Abcam | ab52866 | |
| 抗USP5抗体 | Abcam | ab154170 | |
| 抗FOXM1抗体 | Abcam | ab207298 | |
| 辣根过氧化物酶标记二抗(山羊抗兔IgG) | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| 增强化学发光试剂 | BioSharp | BL520A | |
| ChemiDoc XRS+成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| Co-IP | 蛋白A/G磁珠 | Thermo Fisher Scientific | 88803 |
| 泛素化实验 | MG132蛋白酶体抑制剂 | Selleck Chemicals | S2619 |
| qRT-PCR | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | 15596026CN |
| NanoDrop 2000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RevertAid第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | K1622 | |
| PowerUp SYBR Green预混液 | Thermo Fisher Scientific | A57155 | |
| QuantStudio 5实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| CCK-8实验 | CCK-8溶液 | Beyotime | C0038 |
| 显微镜观察 | 奥林巴斯IX73显微镜 | Olympus Corporation | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源和培养条件(培养基、血清浓度、抗生素浓度、温度和CO2浓度) 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 细胞转染 | 转染试剂、质粒用量、siRNA序列、转染时间和细胞密度 阅读提示:Methods: Cell transfection and plasmid sequences |
| 蛋白互作与泛素化 | MG132浓度和处理时间、Co-IP抗体用量、免疫沉淀条件 阅读提示:Methods: Co-IP and endogenous ubiquitination assay; Figure legends 1j-m, 3k-l |
| 蛋白稳定性分析 | CHX浓度和处理时间点,检测蛋白水平 阅读提示:Methods: Western blot analysis; Figure 2i-l |
| 细胞功能实验 | CCK-8检测时间点(24、48、72小时)、划痕实验细胞密度和检测时间(0、24、48小时)、Transwell实验细胞密度和孵育时间(48小时) 阅读提示:Methods: Cell counting kit-8 assay, Wound healing assay, Transwell migration assay |
| 动物实验 | 小鼠品系、周龄、分组、注射细胞数和体积、观察时间和肿瘤测量频率 阅读提示:Methods: Construction of a subcutaneous xenograft mouse model of breast cancer |