临床及数据库分析LAMC2表达与预后相关性
评估LAMC2在多种肿瘤及NSCLC中的表达差异和预后意义。
使用TCGA数据库中33种肿瘤类型的RNA-seq数据,通过GEPIA2分析LAMC2表达差异;在LUAD和LUSC中比较肿瘤与癌旁组织,并进行生存分析;另外,通过cProSite工具分析LUAD中LAMC2蛋白表达。
Acidic microenvironment-induced LAMC2 expression promotes proliferation, migration, and pathway regulation in non-small cell lung cancer cells.
包含体外细胞实验、临床样本分析和TCGA数据挖掘,但缺乏体内动物实验验证,功能验证主要在细胞系中完成。
非小细胞肺癌细胞系HCC827 非小细胞肺癌细胞系A549 人正常肺上皮细胞BEAS-2B 非小细胞肺癌患者组织样本(104例配对肿瘤及癌旁组织)
细胞系:HCC827(Procell, CL-0096)和A549(Procell, CL-0016),培养于含10% FBS的RPMI-1640培养基 酸性处理:乳酸浓度(0、10、20、30 mM)及时间(0、6、12、24小时),尤其20 mM乳酸处理24小时 siRNA敲低:50 nM siLAMC2或siHIF-1α,Lipofectamine 3000转染,敲低效率>70% 过表达载体:GV492(Ubc-MCS-3FLAG-CBh-gcGFP-IRES-puromycin)构建LAMC2-OE和HIF-1α-OE慢病毒 临床分组:LAMC2表达cutoff值7.18(TCGA)和1.72(临床队列),基于总生存期
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估LAMC2在多种肿瘤及NSCLC中的表达差异和预后意义。
使用TCGA数据库中33种肿瘤类型的RNA-seq数据,通过GEPIA2分析LAMC2表达差异;在LUAD和LUSC中比较肿瘤与癌旁组织,并进行生存分析;另外,通过cProSite工具分析LUAD中LAMC2蛋白表达。
验证酸性条件(乳酸、低pH、缺氧)对LAMC2表达的影响。
使用HCC827和A549细胞,分别用不同浓度乳酸(0、10、20、30 mM)处理24小时,以及20 mM乳酸处理0、6、12、24小时;设置正常对照(pH 7.4)、盐酸酸中毒(pH 6.6)、缺氧(1% O2)和乳酸(20 mM)处理。
验证HIF-1α是否直接调控LAMC2转录。
通过Western blot检测乳酸处理下HIF-1α和c-Myc蛋白水平;ChIP实验检测HIF-1α与LAMC2启动子结合;双荧光素酶报告基因实验验证HIF-1α对LAMC2启动子活性的影响;免疫荧光检测HIF-1α和LAMC2共定位;siRNA敲低HIF-1α后检测LAMC2表达。
评估LAMC2表达变化对细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响。
通过慢病毒感染构建LAMC2过表达(LAMC2-OE)和siRNA敲低(siLAMC2)的稳定或瞬时细胞模型,并进行CCK-8增殖实验、划痕愈合实验和Transwell侵袭实验;在乳酸(20 mM)干预下重复功能实验。
验证LAMC2是否通过PI3K/Akt通路和EMT影响细胞行为。
通过Western blot检测LAMC2过表达和敲低后E-cadherin、N-cadherin、p-Akt、p-PI3K、总Akt、总PI3K的表达变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | 11875093 |
| 胎牛血清 | Biological Industries | 10270106 | |
| 胰蛋白酶 | Gibco | 25200056 | |
| BEAS-2B细胞 | ATCC | CRL-9609 | |
| A549细胞 | Procell | CL-0016 | |
| HCC827细胞 | Procell | CL-0094 | |
| 酸性微环境处理 | 乳酸 | Sigma-Aldrich | -- |
| 细胞转染 | 聚凝胺 | -- | -- |
| siRNA敲低 | siRNA双链 | TransGen Biotech | -- |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| 免疫组织化学 | 兔抗人LAMC2抗体 | Abcam | ab210959 |
| 兔抗人Ki67抗体 | Proteintech | 27309-1-AP | |
| HRP标记山羊抗兔二抗 | Proteintech | PR30012 | |
| DAB染色试剂盒 | ZSGB-BIO | ZLI-9018 | |
| qRT-PCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 锚定Oligo(dT)18引物 | TransGen Biotech | -- | |
| 随机引物 | TransGen Biotech | -- | |
| 2×ES反应混合物 | TransGen Biotech | -- | |
| gDNA去除剂 | TransGen Biotech | -- | |
| EasyScript RT/RI酶混合物 | TransGen Biotech | -- | |
| LightCycler 480实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | -- | -- |
| E-钙粘蛋白抗体 | -- | -- | |
| N-钙粘蛋白抗体 | -- | -- | |
| 磷酸化Akt (Ser473)抗体 | -- | -- | |
| 磷酸化PI3K (Tyr458)抗体 | -- | -- | |
| 总Akt抗体 | -- | -- | |
| 总PI3K抗体 | -- | -- | |
| LAMC2抗体 | -- | -- | |
| HIF-1α抗体 | -- | -- | |
| c-Myc抗体 | -- | -- | |
| GAPDH抗体 | -- | -- | |
| HRP标记二抗 | -- | -- | |
| 染色质免疫沉淀 | HIF-1α抗体 | CST | #36169 |
| IgG对照 | CST | #2729 | |
| Protein A/G磁珠 | Millipore | 16-663 | |
| 双荧光素酶报告基因实验 | pGL3-Basic载体 | Promega | -- |
| 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | -- | |
| 免疫荧光 | DAPI | Sigma | D9542 |
| 共聚焦显微镜 | Zeiss | LSM 880 | |
| CCK-8增殖实验 | CCK-8试剂 | Solarbio | -- |
| Cytation 5细胞成像多功能酶标仪 | BioTek | -- | |
| 划痕愈合实验 | 倒置显微镜CKX41 | Carl Zeiss AG | CKX41 |
| DP26相机 | Carl Zeiss AG | DP26 | |
| Transwell侵袭实验 | Transwell小室 | Corning | 3422 |
| 基质胶 | -- | -- | |
| 结晶紫 | Solarbio | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(A549和HCC827)、培养基(RPMI-1640)、FBS浓度(10%)、培养条件(37°C、5% CO2) 阅读提示:见Methods 'Cell lines and culture conditions' |
| 酸性微环境处理 | 乳酸浓度(0、10、20、30 mM)、处理时间(0、6、12、24小时)、pH(6.6)、缺氧条件(1% O2) 阅读提示:见Methods 'Acidic microenvironment treatment' 及Figure 4 |
| 质粒转染与基因敲低 | LAMC2-OE和HIF-1α-OE慢病毒载体(GV492)、siRNA靶序列、转染试剂(Lipofectamine 3000)、siRNA浓度(50 nM)、转染时间(48小时) 阅读提示:见Methods 'Cell transfection' 和 'siRNA knockdown' |
| ChIP实验 | 抗体(HIF-1α, CST #36169;IgG对照, CST #2729)、染色质片断化、结合位点引物 阅读提示:见Methods 'Chromatin immunoprecipitation' |
| 双荧光素酶报告基因实验 | 报告基因质粒(pGL3-LAMC2-WT和pGL3-LAMC2-MUT)、共转染pcDNA3.1-HIF-1α或空载体、处理条件(乳酸20 mM、pH 6.6) 阅读提示:见Methods 'Dual-Luciferase reporter assay' |
| 功能实验 | CCK-8检测时间点(0、24、48小时)、划痕愈合实验时间(0、24小时)、Transwell侵袭实验细胞数(2×10^4)及孵育时间(24小时) 阅读提示:见Methods 'CCK-8 proliferation assay'、'Wound healing assay'、'Transwell invasion assay' |
| 临床样本分析 | LAMC2表达水平分组cutoff值(TCGA:7.18;临床队列:1.72)、临床病理特征(分化程度、TNM分期)、生存分析截止时间(2024年6月) 阅读提示:见Methods 'Patient follow-up' 和结果部分及Table 1 |