临床样本和数据库分析EHF表达
评估EHF在肺癌组织中的表达水平及其与巨噬细胞浸润的相关性。
通过GEPIA、PCAS数据库分析EHF mRNA和蛋白表达,并通过qRT-PCR和Western blot验证69对肺癌及癌旁组织。
Lung cancer cell-derived exosomal EHF drives M2 macrophage polarization via transcriptional activation of RNF41 to promote tumor progression.
包含临床样本表达分析、体外细胞功能实验、外泌体传递、ChIP和双荧光素酶机制验证、体内异种移植模型等多个证据层级,并包含功能验证和机制验证。
A549和H520肺癌细胞系 THP-1来源的M0巨噬细胞 BALB/c裸鼠皮下异种移植瘤模型 临床肺癌组织与癌旁组织样本
EHF在肺癌组织中的表达(经qRT-PCR和Western blot验证) EHF敲低对肺癌细胞增殖、糖酵解、凋亡和迁移的影响 外泌体递送EHF至巨噬细胞及其对M2极化的影响 EHF与RNF41启动子结合(ChIP和双荧光素酶报告基因验证) RNF41过表达对EHF敲低效应的逆转作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估EHF在肺癌组织中的表达水平及其与巨噬细胞浸润的相关性。
通过GEPIA、PCAS数据库分析EHF mRNA和蛋白表达,并通过qRT-PCR和Western blot验证69对肺癌及癌旁组织。
验证EHF对肺癌细胞增殖、糖酵解、凋亡和迁移的影响。
在A549和H520细胞中敲低EHF(KD-EHF),检测细胞增殖(EdU)、糖酵解指标(葡萄糖消耗和乳酸产生)、凋亡(流式)和迁移(Transwell)。
验证肺癌细胞外泌体的存在及其递送EHF至巨噬细胞的能力。
通过超速离心分离外泌体,使用TEM观察形态,NTA分析粒径,Western blot检测标志物,并用PKH67标记外泌体观察内化。
验证外泌体EHF促进THP-1-M0巨噬细胞M2极化及其促肿瘤效应。
使用Ctrl或KD-EHF外泌体处理巨噬细胞,通过流式检测CD206+比例,ELISA检测细胞因子,并用条件培养基处理肺癌细胞和HUVECs检测增殖、凋亡、迁移和血管生成。
验证EHF直接转录激活RNF41。
通过JASPAR预测结合位点,ChIP实验和双荧光素酶报告基因验证EHF与RNF41启动子结合,Western blot检测RNF41表达变化,并用外泌体处理巨噬细胞验证。
验证RNF41是外泌体EHF调控M2极化的下游介质。
在巨噬细胞中过表达RNF41(OE-RNF41),与外泌体共培养,检测巨噬细胞极化、肿瘤细胞功能变化和血管生成。
验证EHF在体内对肿瘤生长和M2极化的影响。
将Ctrl或KD-EHF A549细胞皮下注射入裸鼠,监测肿瘤体积和重量,并用Western blot检测肿瘤组织中EHF、RNF41、CD206、TGF-β1和VEGFA表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | F-12K培养基 | Corning | -- |
| RPMI-1640培养基 | AddexBio | C0004-01 | |
| RPMI-1640培养基 | Gibco | -- | |
| 内皮细胞生长培养基 | Sigma-Aldrich | -- | |
| DMEM培养基 | Procell | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Procell | -- | |
| 细胞分化 | 佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯 | Sigma-Aldrich | -- |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 蛋白质提取与定量 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白质印迹 | PVDF膜 | Millipore | -- |
| 抗EHF抗体 | Proteintech | 27195-1-AP | |
| 抗TSG101抗体 | Proteintech | 14497-1-AP | |
| 抗Calnexin抗体 | Proteintech | 10427-2-AP | |
| 抗CD9抗体 | Proteintech | 60232-1-Ig | |
| 抗RNF41抗体 | Proteintech | 17233-1-AP | |
| 抗CD206抗体 | Proteintech | 18704-1-AP | |
| 抗TGF-β1抗体 | Proteintech | 26155-1-AP | |
| 抗VEGFA抗体 | Abcam | ab46154 | |
| 抗β-actin抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| HRP标记的二抗 | Abcam | ab6721/ab205719 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| cDNA合成 | Transcriptor第一链cDNA合成试剂盒 | Roche | -- |
| qPCR | SYBR Green PCR预混液 | Ambion | -- |
| 细胞增殖实验 | BeyoClick™ EdU细胞增殖试剂盒(AF594) | Beyotime | -- |
| DAPI染液 | Beyotime | -- | |
| 糖酵解检测 | 葡萄糖检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| L-乳酸检测试剂盒 | Beyotime | -- | |
| 流式凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Yeasen | -- |
| 流式检测巨噬细胞标志 | FITC偶联抗CD206抗体 | Abcam | ab270647 |
| Transwell迁移实验 | Transwell小室(8μm孔径) | Corning | -- |
| 结晶紫 | Beyotime | -- | |
| ELISA | 人TGF-β1 ELISA试剂盒 | Beyotime | -- |
| 人IL-10 ELISA试剂盒 | Beyotime | -- | |
| 人VEGFA ELISA试剂盒 | Abcam | -- | |
| 外泌体鉴定(TEM) | 乙酸铀酰 | Sigma-Aldrich | -- |
| 外泌体标记 | PKH67染料 | Sigma-Aldrich | -- |
| 管形成实验 | 基质胶 | Corning | -- |
| ChIP实验 | 抗EHF抗体 | Proteintech | 27195-1-AP |
| 抗IgG抗体 | Abcam | ab172730 | |
| 双荧光素酶报告基因 | pGL3-Basic荧光素酶载体 | Promega | -- |
| pRL-TK海肾荧光素酶质粒 | Promega | -- | |
| 双荧光素酶检测试剂盒 | Solarbio | -- | |
| 体内模型 | BALB/c裸鼠 | Beijing Sibefu Biotechnology Co., Ltd. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 肺癌及癌旁组织样本量(69对)、来源、存储条件及检测方法(qRT-PCR、Western blot)。 阅读提示:Materials and methods 2.1;Figure legends 1D-E |
| 细胞培养和分化 | 细胞系来源(A549、H520、THP-1)、培养基、FBS浓度、PMA处理浓度(100 ng/mL)和时间(24h)等。 阅读提示:Materials and methods 2.2 |
| 基因敲低和过表达 | shRNA靶序列(EHF)、转染试剂(Lipofectamine 3000)及方法、RNF41过表达载体构建细节。 阅读提示:Materials and methods 2.3 |
| 外泌体分离和鉴定 | 超速离心条件(100,000g, 70min)、外泌体浓度、TEM/NTA参数、标志物检测(CD9、TSG101、Calnexin)。 阅读提示:Materials and methods 2.12-2.13;Figure legends 3A-C |
| 巨噬细胞极化实验 | 外泌体处理浓度(10 μg/mL?)、共培养时间、CD206+检测方法、ELISA试剂盒及浓度计算。 阅读提示:Materials and methods 2.9, 2.11;Figure legends 4B-E |
| 机制验证 | JASPAR预测位点(-828/-821)、ChIP实验条件(抗体、引物)、双荧光素酶报告基因构建(WT/MUT)。 阅读提示:Materials and methods 2.16-2.17;Figure legends 5A-C |
| 体内实验 | 动物品系(BALB/c裸鼠)、周龄(6周)、数量(10只)、分组(Ctrl vs KD-EHF)、细胞数(5×10^6)、肿瘤体积测量频率(每5天)、终点(30天)。 阅读提示:Materials and methods 2.18;Figure legends 7A-B |
| 统计分析 | 数据表示(mean ± SD)、统计方法(t检验、单/双因素方差分析)、显著性阈值(P<0.05)。 阅读提示:Materials and methods 2.19 |