筛选EC中的关键基因
鉴定与EC相关的关键基因,特别是涉及凋亡、增殖和糖酵解的基因。
分析GSE161533数据集,筛选DEGs,并与GeneCards数据库中相关基因取交集,再通过Lasso回归、SVM和RF算法筛选关键基因。
WTAP stabilizes MMP12 expression to promote the malignant phenotypes of esophageal cancer cells.
包含细胞功能学实验、糖代谢检测、巨噬细胞极化共培养及MeRIP/RIP机制验证,但缺乏体内动物实验和临床样本的验证。
KYSE150和TE-10食管癌细胞系 HEEC正常食管上皮细胞 THP-1单核细胞分化成的M0巨噬细胞 30例EC患者肿瘤及癌旁组织
MMP12在EC细胞中的表达水平(qRT-PCR和Western blot) si-MMP12转染后对细胞迁移、侵袭、增殖、凋亡和糖代谢的影响 THP-1细胞分化成M0巨噬细胞的PMA处理(100 ng/mL,24小时)及共培养系统 WTAP敲低对MMP12蛋白表达和m6A水平的影响(MeRIP和RIP实验) 细胞系:KYSE150(RPMI-1640:F12 1:1)和TE-10(RPMI-1640),均含10% FBS和1%青霉素/链霉素
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与EC相关的关键基因,特别是涉及凋亡、增殖和糖酵解的基因。
分析GSE161533数据集,筛选DEGs,并与GeneCards数据库中相关基因取交集,再通过Lasso回归、SVM和RF算法筛选关键基因。
确认MMP12在EC细胞中的表达是否上调。
通过qRT-PCR和Western blot检测EC细胞系(KYSE150和TE-10)和正常食管上皮细胞(HEEC)中MMP12的表达。
评估MMP12敲低对EC细胞迁移、侵袭、增殖、凋亡和糖代谢的影响。
将si-MMP12转染至KYSE150和TE-10细胞,进行Transwell实验、EdU实验、流式凋亡检测、葡萄糖消耗/乳酸/ATP检测以及Western blot检测相关蛋白。
检测MMP12敲低对M2巨噬细胞极化的影响。
将THP-1细胞用PMA诱导成M0巨噬细胞,与EC细胞共培养,检测M2标记物(IL-10、Arg-1、TGF-β)和CD206阳性细胞比例。
验证WTAP是否以m6A依赖方式稳定MMP12表达。
通过MeRIP和RIP实验检测WTAP与MMP12 mRNA的结合以及MMP12的m6A水平,并检测WTAP敲低对MMP12蛋白表达的影响。
确认WTAP通过MMP12发挥作用。
在WTAP敲低的同时过表达MMP12,检测恶性表型是否被逆转。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 基因表达分析 | RNA共提取试剂盒 | Beyotime | -- |
| 逆转录和qPCR | PrimeScript逆转录试剂盒 | TaKaRa | -- |
| qPCR | SYBR Green预混液 | TaKaRa | -- |
| Western blot | RNA/蛋白共提取试剂盒 | Beyotime | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher | -- | |
| Bis-Tris凝胶 | Thermo Fisher | -- | |
| PVDF膜 | Servicebio | -- | |
| ECL化学发光试剂盒 | Beyotime | -- | |
| MMP12抗体 | Thermo Fisher | MA5-32011 | |
| HK1抗体 | Thermo Fisher | MA5-15675 | |
| LDHA抗体 | Thermo Fisher | PA5-27406 | |
| WTAP抗体 | Thermo Fisher | MA563174 | |
| E-钙黏蛋白抗体 | Thermo Fisher | PA5-32178 | |
| N-钙黏蛋白抗体 | Thermo Fisher | PA5-19486 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Thermo Fisher | PA1-183 | |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| RPMI-1640培养基 | Procell | -- | |
| 胎牛血清 | Procell | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | -- | |
| β-巯基乙醇 | Maokang Biotech | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| Transwell实验 | Transwell小室 | Corning | -- |
| 侵袭实验 | 基质胶 | Corning | -- |
| 增殖实验 | Yefluor 488 EdU成像试剂盒 | Yeasen | -- |
| 流式细胞术 | LSRII流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| 凋亡检测 | 双染凋亡试剂盒 | Vazyme Biotech | -- |
| 巨噬细胞分化 | 佛波酯 | Selleck | -- |
| 流式细胞术 | 抗CD68抗体 | Elabscience | E-AB-F1299L |
| FITC标记的抗CD206抗体 | Elabscience | E-AB-F1161E | |
| 糖代谢检测 | 葡萄糖检测试剂盒 | Sigma | -- |
| 乳酸检测试剂盒 | Abcam | -- | |
| ATP检测试剂盒 | Beyotime | -- | |
| MeRIP/RIP | BeyoRIP™ RIP试剂盒 | Beyotime | -- |
| MeRIP | 抗m6A抗体 | Proteintech | 68055-1-Ig |
| RIP | 抗WTAP抗体 | Proteintech | 60188-1-Ig |
| 同型对照IgG | Proteintech | 30000-0-AP |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源和培养基组成:KYSE150使用RPMI-1640:F12(1:1),其他细胞使用RPMI-1640,添加10% FBS、1%青霉素/链霉素,THP-1额外添加0.05 mM β-巯基乙醇 阅读提示:Materials and methods 2.2 Cell culture |
| 细胞转染 | 转染试剂为Lipofectamine 2000,转染时细胞融合度80-90%,siRNA和质粒浓度未明确说明。 阅读提示:Materials and methods 2.3 Cell transfection |
| 迁移和侵袭实验 | Transwell小室规格(24孔),侵袭实验预涂Matrigel,上室细胞密度未明确说明,下室加入600-700 μL含10% FBS的完全培养基,培养24小时。 阅读提示:Materials and methods 2.7 Transwell migration and invasion assays |
| 增殖实验 | EdU实验:96孔板,处理48小时后检测,使用Yefluor 488 EdU Imaging Kit。 阅读提示:Materials and methods 2.8 5-Ethynyl-2′-deoxyuridine assay |
| 凋亡检测 | 流式细胞术使用Annexin V-FITC和PI双染,染色后1小时内完成检测。 阅读提示:Materials and methods 2.9 Flow cytometry |
| 巨噬细胞分化 | THP-1细胞用100 ng/mL PMA诱导24小时分化为M0巨噬细胞,共培养使用Transwell系统。 阅读提示:Materials and methods 2.9 Flow cytometry;Results 3.3 |
| 糖代谢检测 | 葡萄糖消耗、乳酸产生和ATP水平分别使用相应商业试剂盒,具体操作未详细说明。 阅读提示:Materials and methods 2.10 Glucose metabolism analysis |
| MeRIP/RIP | 使用BeyoRIP™ RIP Assay Kit,抗体包括anti-m6A、anti-WTAP和Isotype IgG,具体buffer和洗涤条件未详细说明。 阅读提示:Materials and methods 2.11 Methylated RNA immunoprecipitation (MeRIP) and RNA immunoprecipitation (RIP) assays |