体外机械拉伸模型建立和转录组分析
探究机械拉伸对HCFs基因表达的影响
对HCFs施加周期性拉伸(0.5 Hz、15%振幅、6小时),随后进行RNA-seq分析,鉴定差异表达基因和富集通路。
Mechanical activation of PIEZO1 drives AP-1-dependent PTGS2/PGE2 signaling and corneal inflammation.
包含体外细胞拉伸模型、小鼠揉眼模型、患者单细胞数据,并进行功能验证(抑制剂、siRNA)和机制验证(Ca2+成像、报告基因)。
人角膜成纤维细胞(HCFs) 小鼠揉眼模型(C57BL/6J小鼠) 圆锥角膜患者单细胞数据(GEO: GSE285060)
机械拉伸参数:0.5 Hz、15%振幅、6小时(共10,800次拉伸) GsMTx4浓度:5 μM,预处理1小时 Yoda1浓度:10 μM Celecoxib浓度:10 μM 揉眼模型参数:35次/分钟,1小时/天,持续4天(共10,500次揉眼),平均力0.0898 N
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究机械拉伸对HCFs基因表达的影响
对HCFs施加周期性拉伸(0.5 Hz、15%振幅、6小时),随后进行RNA-seq分析,鉴定差异表达基因和富集通路。
确定机械拉伸是否通过PIEZO1调节PTGS2表达
检测HCFs中机械敏感通道表达谱,使用GsMTx4抑制和siRNA敲低PIEZO1,检测PTGS2 mRNA和蛋白水平及PGE2分泌。
探究PIEZO1下游是否通过AP-1调控PTGS2
预测PTGS2上游转录因子,检测JUN/FOS磷酸化及核转位,使用双荧光素酶报告基因测试AP-1活性,并用SR11302抑制AP-1。
确认Ca2+内流对AP-1激活的必要性
使用Yoda1激活PIEZO1,实时钙成像检测Ca2+瞬变;在无钙条件下检测AP-1激活水平。
验证体内揉眼刺激是否通过PIEZO1引起角膜炎症
构建小鼠揉眼模型,测量角膜厚度、中性粒细胞浸润和炎症基因表达,并评估GsMTx4的抑制作用。
测试PTGS2抑制能否恢复拉伸诱导的细胞功能损伤
使用Yoda1模拟拉伸,采用划痕实验、EdU染色和COL1免疫荧光评估Celecoxib对迁移、增殖和胶原合成的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | Vivacell | C3130 |
| 胎牛血清 | Vivacell | C04001 | |
| 磷酸盐缓冲液 | Biosharp | BL302A | |
| 药物处理 | Yoda1 | MedChemExpress | HY-18723 |
| GsMTx4 | Selleck | P1025 | |
| SP600125 | Selleck | S1460 | |
| 塞来昔布 | Selleck | S1261 | |
| SR11302 | MedChemExpress | HY-15870 | |
| 细胞染色 | DAPI | Solarbio | C0065 |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Solarbio | 9002-93-1 |
| 转染 | Lipofectamine 2000 | Invitrogen | 11668027 |
| 流式细胞术 | 分散酶II | Macklin | 42613-33-2 |
| 胶原酶A | Roche | 1668506084 | |
| RNA提取 | TransZol Up Plus RNA试剂盒 | Transgen Biotech | ER501-1 |
| RT-qPCR | PrimeScript RT试剂盒 | Vazyme | R333-01 |
| SYBR Green qPCR Master Mix | Vazyme | Q711-02 | |
| ELISA | 人PGE2 ELISA试剂盒 | Meimian | MM-0162H2 |
| 小鼠PGE2 ELISA试剂盒 | Meimian | MM-0062M2 | |
| 钙离子检测 | 钙含量显色测定试剂盒 | Beyotime | S1063S |
| 双荧光素酶报告基因 | 质粒:pAP1-TA-luc | Beyotime | D2019 |
| 质粒:pRL-TK | Beyotime | D2760 | |
| 抗体 | PIEZO1抗体 | Proteintech | 15939-1-AP |
| PTGS2抗体 | Abcam | ab179800 | |
| p-JUN抗体 | Abcam | ab32385 | |
| JUN抗体 | Cell Signaling Technology | 9165 | |
| p-FOS抗体 | Cell Signaling Technology | 5348 | |
| FOS抗体 | Affinity | AF5354 | |
| β-actin抗体 | Servicebio | ZB15001 | |
| 流式细胞术 | APC-LY6G抗体 | Biolegend | 108411 |
| PE-CD11B抗体 | Biolegend | 101207 | |
| 免疫荧光 | I型胶原蛋白抗体 | Abcam | ab138492 |
| I型胶原蛋白抗体 | Servicebio | GB11022 | |
| 细胞拉伸 | Flexcell FX-5000T细胞拉伸加载培养系统 | Flexcell | FX-5000T |
| 膜片钳 | EPC-10放大器 | HEKA Elektronik | -- |
| P-97微电极拉制仪 | Sutter Instruments | P-97 | |
| HSPC-1压力钳 | ALA-scientific | HSPC-1 | |
| RT-qPCR | 实时荧光定量PCR仪 | Bio-Rad | -- |
| 免疫荧光 | 超高分辨共聚焦显微镜 | Leica | -- |
| Western blotting | PVDF膜 | Millipore | -- |
| Bio-Rad化学发光成像系统 | Bio-Rad | ChemiDoc | |
| 双荧光素酶报告基因 | SpectraMax i3X酶标仪 | Molecular Devices | i3X |
| 流式细胞术 | BD LSRFortessa流式细胞仪 | Becton Dickinson | LSRFortessa |
| 钙成像 | STED超高分辨显微镜 | Leica | -- |
| H&E染色 | 全自动玻片扫描系统 | 3D HISTECH | -- |
| 划痕实验 | 标准光学显微镜 | Leica | -- |
| 数据分析 | GraphPad Prism 9 | GraphPad Software | -- |
| SPSS 20 | IBM | -- | |
| ImageJ | NIH | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞拉伸实验 | 拉伸参数(频率0.5Hz、振幅15%、时长6小时) 阅读提示:Methods中“Stretch assay, and RNA sequencing”部分 |
| 双荧光素酶报告基因 | 质粒转染比例(10:1)、转染试剂(Lipo 2000) 阅读提示:Methods中“Dual luciferase reporter assay”部分 |
| 钙成像 | Fluo-4 AM浓度(1 μM)、Yoda1终浓度(10 μM) 阅读提示:Methods中“Calcium imaging”部分 |
| 小鼠揉眼模型 | 揉眼频率(35次/分钟)、每日次数、总次数(10,500次) 阅读提示:Methods中“Construction and detection of a mouse eye rubbing model”部分 |
| 流式细胞术 | 角膜消化酶(Dispase II、胶原酶A)浓度和时间 阅读提示:Methods中“Flow cytometry”部分 |