泛癌表达分析和临床相关性分析
评估GINS1在多种癌症中的表达水平及其与临床病理特征和预后的关联。
利用TCGA泛癌RNA-seq数据,分析GINS1在肿瘤和正常组织中的差异表达,并评估其与TNM分期、病理分期及生存结局(OS、DSS、PFI)的关系。
Unraveling the oncogenic and immunomodulatory roles of GINS1: a systematic pan-cancer study.
研究以泛癌生物信息学分析为主,包括差异表达、生存分析、免疫浸润、基因组改变等,并辅以体外实验验证(细胞增殖、迁移、侵袭及PI3K/AKT通路)。缺少动物模型和机制深入验证,故为中。
TCGA泛癌数据集 肾癌细胞系769-P和786-O 肾癌患者FFPE组织样本
GINS1在TCGA泛癌数据集中的表达差异(肿瘤vs正常) GINS1表达与总生存期(OS)、疾病特异性生存期(DSS)、无进展间期(PFI)的关联(Kaplan-Meier及Cox回归) GINS1表达与免疫细胞浸润(TIMER、CIBERSORT、xCELL)的相关性 siRNA敲低GINS1后,肾癌细胞增殖、迁移、侵袭及PI3K/AKT通路变化 GINS1在KIRP、LIHC、PAAD、SARC中的诊断效能(ROC曲线AUC值)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估GINS1在多种癌症中的表达水平及其与临床病理特征和预后的关联。
利用TCGA泛癌RNA-seq数据,分析GINS1在肿瘤和正常组织中的差异表达,并评估其与TNM分期、病理分期及生存结局(OS、DSS、PFI)的关系。
探究GINS1表达与肿瘤免疫微环境及基因组不稳定性的关联。
使用TIMER、CIBERSORT、xCELL算法评估免疫细胞浸润,并分析GINS1表达与TMB、MSI、RNA修饰基因的相关性。
验证GINS1在肾癌中的表达,并评估其敲低对细胞功能的影响。
通过RT-qPCR检测31例RCC患者FFPE组织中GINS1表达;使用siRNA敲低769-P和786-O细胞中的GINS1,进行集落形成、CCK-8、EdU和Transwell实验,并通过Western blot检测PI3K/AKT通路蛋白。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Procell | PM150110 |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Beyotime | R0016 |
| RNAprep Pure FFPE试剂盒 | TIANGEN Biotech | DP439 | |
| 逆转录 | 逆转录试剂盒 | Takara | RR047A |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000 | Thermo Fisher | 11668027 |
| RT-qPCR | SYBR Green预混液 | Takara | RR820A |
| Western blotting | RIPA裂解缓冲液 | Solarbio | R0010 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0010 | |
| PVDF膜 | Millipore | 03010040001 | |
| GINS1抗体 | Abcam | ab181112 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Beyotime | AF5003 | |
| Odyssey红外成像系统 | LI-COR | -- | |
| Transwell实验 | Transwell小室 | Corning | 3422 |
| 基质胶 | Corning | 354248 | |
| CCK-8实验 | CCK-8试剂 | Beyotime | C0038 |
| EdU实验 | EdU | Beyotime | C0075S |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 泛癌表达分析 | TCGA Pan-Cancer数据集版本、样本量(10535)、GINS1表达值提取(ENSG00000101003)和log2(x+1)转换 阅读提示:Methods: 数据预处理和标准化 |
| 生存分析 | 临床和生存数据来源(GDC)、GINS1表达分组(上下三分位数)、Kaplan-Meier分析及Cox回归模型 阅读提示:Methods: GINS1表达分析及其预后意义 |
| 免疫浸润分析 | 免疫浸润算法(TIMER、CIBERSORT、xCELL)、相关性分析方法(Pearson)和显著性阈值 阅读提示:Methods: GINS1表达与免疫细胞浸润评分的相关性 |
| 细胞功能实验 | 肾癌细胞系(769-P、786-O)、siRNA序列、转染条件(Lipofectamine 2000)、集落形成时间(7天)、CCK-8时间点(0-72小时)、EdU浓度和时间(10 µM, 2小时)、Transwell条件 阅读提示:Methods: 细胞培养、细胞转染、CCK-8、EdU、Transwell、集落形成实验 |
| 机制验证 | Western blot检测p-PI3K、PI3K、p-AKT、AKT,以及ssGSEA分析PI3K/AKT通路活性 阅读提示:Methods: Western blotting, GINS1-PI3K/AKT通路关联分析 |