临床关联分析
探究MFN2与PD-L1表达及患者生存的相关性
利用TCGA、TNMplot、UALCAN等公共数据库分析MFN2表达与临床病理特征及预后的关系;在临床组织样本中通过Western blot和IHC检测MFN2和PD-L1蛋白水平及相关性。
Mitofusin-2 suppresses tumor immune escape through EGFR/STAT3-mediated PD-L1 transcription.
整合了TCGA等公共数据、临床标本、多种细胞系功能实验、免疫活性小鼠模型和患者来源类器官等多层级证据,并包含表型、机制和体内验证。
人肺癌细胞系(A549、NCI-H1299、HCC827、PC-9、NCI-H1703、NCI-H1975) 人肾癌细胞系(786-O、769-P、OS-RC-2) 人乳腺癌细胞系(MDA-MB-231) 小鼠同基因移植瘤模型(LLC在C57BL/6、Renca在BALB/c) 患者来源的肺腺癌和肾透明细胞癌类器官
786-O和A549细胞中siRNA介导的MFN2敲低效率 Renca和LLC细胞中sh-MFN2稳定敲低后PD-L1表达变化 免疫活性小鼠模型中肿瘤接种细胞数(1×10^6)和Stattic给药剂量(10 mg/kg,腹腔注射,隔天一次) CD8+ T细胞杀伤实验中T细胞与肿瘤细胞比例(3-5:1)和共培养时间(48小时) 临床样本中MFN2与PD-L1、CD8的IHC相关性分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究MFN2与PD-L1表达及患者生存的相关性
利用TCGA、TNMplot、UALCAN等公共数据库分析MFN2表达与临床病理特征及预后的关系;在临床组织样本中通过Western blot和IHC检测MFN2和PD-L1蛋白水平及相关性。
验证MFN2对PD-L1表达的调控作用
在多种癌细胞系(786-O、A549、H1299、HCC827、PC-9、H1703、H1975、769-P、MDA-MB-231)中敲低或过表达MFN2,通过Western blot和流式细胞术检测PD-L1蛋白水平及表面表达。
评估MFN2对肿瘤细胞免疫逃逸功能的影响
将MFN2过表达的肿瘤细胞(OS-RC-2、H1975、A549、786-O)与激活的CD8+ T细胞共培养,通过结晶紫染色评估肿瘤细胞存活,并检测上清中IFN-γ和TNF-α水平。
验证MFN2对肿瘤生长和免疫微环境的影响
构建Renca和LLC细胞皮下异种移植瘤模型,注射sh-MFN2或sh-control细胞,监测肿瘤生长;部分实验用STAT3抑制剂(Stattic、S3I-201)处理,流式分析肿瘤浸润淋巴细胞,RT-qPCR检测细胞因子和趋化因子表达。
阐明MFN2调控PD-L1的分子机制
通过RNA-seq、Western blot、免疫荧光、核质分离、ChIP等实验,检测MFN2敲低后EGFR/STAT3通路激活及p-STAT3核转位和PD-L1启动子结合情况,并使用EGFR和STAT3抑制剂验证。
在更接近生理条件的模型中验证MFN2/EGFR/STAT3/PD-L1轴
建立LUAD和KIRC患者来源类器官,通过慢病毒敲低MFN2,Western blot检测EGFR、STAT3磷酸化及PD-L1表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| RPMI-1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| 基因敲低 | 小干扰RNA | GenePharma | -- |
| 慢病毒包装 | VSVG包装质粒 | -- | -- |
| psPAX2包装质粒 | -- | -- | |
| 药物处理 | 阿法替尼 | -- | -- |
| 吉非替尼 | -- | -- | |
| Stattic | MCE | HY-13818 | |
| S3I-201 | -- | -- | |
| 蛋白质提取 | 核蛋白提取试剂盒 | Solarbio | R0050 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Life Technologies / Invitrogen | 15596026 |
| RNA测序 | NanoDrop 2000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Agilent Bioanalyzer 2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- | |
| RNA Nano 6000检测试剂盒 | Agilent Technologies | -- | |
| Hieff NGS Ultima双模式mRNA文库制备试剂盒 | Yeasen Biotechnology | -- | |
| Illumina NovaSeq测序平台 | Illumina | -- | |
| RT-qPCR | HiScript III第一链cDNA合成试剂盒 | Vazyme | R312-01 |
| SupRealQ Ultra Hunter SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q713-02 | |
| ELISA | TNF-α ELISA试剂盒 | JONLNBIO | JL10208 |
| IFN-γ ELISA试剂盒 | JONLNBIO | JL12152 | |
| 免疫沉淀 | Pierce™琼脂糖ChIP试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 26156 |
| Protein A/G磁珠 | MCE | HY-K0202 | |
| 类器官培养 | DMEM/F-12培养基 | Gibco | 11320033 |
| 胶原酶V | Sigma-Aldrich | C9263 | |
| TrypLE Express消化液 | Thermo Fisher Scientific | 12604013 | |
| Matrigel基质胶 | Corning | 356231 | |
| 肺腺癌类器官培养基 | BioGenous | K2138-LA | |
| 肾癌类器官培养基 | BioGenous | K2171-KC | |
| 免疫组织化学 | MoticEasyScan One数字切片扫描仪 | Motic | -- |
| 免疫荧光 | STELLARIS 5共聚焦显微镜 | Leica | -- |
| 流式细胞术 | BD FACSAria II流式细胞仪 | BD | -- |
| FlowJo X软件 | -- | -- | |
| T细胞分选 | CD8磁珠分选试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-045-201 |
| 抗体 | PD-L1抗体 | -- | -- |
| STAT3抗体 | -- | -- | |
| p-STAT3抗体 | -- | -- | |
| EGFR抗体 | -- | -- | |
| MFN2抗体 | Proteintech | 12186-1-AP | |
| 兔正常IgG | Proteintech | 98136-1-RR |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与基因敲低 | 细胞系来源和培养条件、siRNA序列及浓度、转染时间、慢病毒敲低效率验证 阅读提示:Materials and methods 中的 Cell culture, lentiviral transduction, and gene silencing 部分 |
| Western blot | 抗体信息(克隆号、稀释度、来源)、蛋白上样量、显影条件 阅读提示:Materials and methods 中的 Western blot 及补充表S1 |
| 流式细胞术 | 抗体克隆及荧光标记、染色条件、细胞数量、仪器设置 阅读提示:Materials and methods 中的 Flow cytometry and analysis 部分 |
| 体外T细胞杀伤实验 | T细胞分离方法、激活条件、共培养比例和时间、杀伤检测方法 阅读提示:Materials and methods 中的 CD8+ T-cell-mediated tumor cell-killing assays 部分 |
| 体内动物实验 | 小鼠品系、细胞接种数量、肿瘤体积测量频率、药物剂量和给药方式 阅读提示:Materials and methods 中的 Xenograft mouse model 部分 |
| 患者来源类器官培养 | 类器官培养基组成、Matrigel用量、培养时间、基因敲低方法 阅读提示:Materials and methods 中的 Establishment of LUAD and KIRC patient-derived organoid models 部分 |