单细胞测序分析揭示OV感染对T细胞信号的影响
系统性评估VSVΔ51治疗对肿瘤内T细胞免疫的转录组影响
对PBS和VSVΔ51处理的MC38肿瘤进行scRNA-seq,分析T细胞亚群的KEGG通路富集。
Engineered oncolytic virus armed with anti-PCSK9 scFv boosts long-term CD8+ T cell immunity via rewiring MHC-I antigen presentation.
包含体外细胞实验(共培养、流式、免疫印迹)、动物模型(MC38、CT26、Colon26、肺转移模型和人源化模型),并有scRNA-seq等组学及功能验证和机制验证。
CT26细胞系(BALB/c小鼠皮下移植瘤) Colon26细胞系(BALB/c小鼠皮下移植瘤) MC38细胞系(C57BL/6小鼠皮下移植瘤) HCT116细胞系(人源化NSG小鼠皮下移植瘤)
VSVΔ51感染剂量(如MC38模型中2×10^7 PFU/天,CT26模型中3×10^7 PFU/天) Alirocumab给药剂量(10 mg/kg/天,腹腔注射) 抗PD-1抗体给药剂量(5 mg/kg/天,腹腔注射) 肿瘤模型类型(MSI的MC38与MSS的CT26、Colon26) CD8+ T细胞耗竭对抗肿瘤效果的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
系统性评估VSVΔ51治疗对肿瘤内T细胞免疫的转录组影响
对PBS和VSVΔ51处理的MC38肿瘤进行scRNA-seq,分析T细胞亚群的KEGG通路富集。
验证OV感染是否通过分泌因子降低bystander细胞MHC-I并影响CD8+ T细胞毒性
使用CT26-OVA细胞与OT1 T细胞共培养,加入来自VSVΔ51感染细胞的条件培养基(CM-VSVΔ51-UV或CM-VSVΔ51ΔG),检测CD8+ T细胞毒性和MHC-I表达。
阐明VSVΔ51感染下调MHC-I的分子机制
通过RNA-seq、qPCR、免疫印迹、ELISA、基因敲除/敲低及抑制剂处理,验证SREBP2-PCSK9轴和溶酶体途径的作用。
评估PCSK9抗体与VSVΔ51联合治疗的抗肿瘤效果及免疫微环境重塑
在MC38、Colon26和CT26皮下移植瘤模型中给予单独或联合治疗,记录肿瘤体积和重量,并通过scRNA-seq分析免疫细胞组成。
验证联合治疗是否建立持久肿瘤特异性免疫记忆
对肿瘤治愈小鼠进行肿瘤再挑战实验,分析脾脏和引流淋巴结中的T细胞记忆亚群(TCM、TEM),并进行体外杀伤实验。
通过表达抗PCSK9 scFv的工程化VSV实现局部PCSK9抑制,增强病毒复制和抗肿瘤免疫
构建rVSV-Ali和rVSV-Evo,验证scFv表达、MHC-I恢复、病毒复制能力、体内肿瘤趋向性和治疗疗效。
评估rVSV-Ali/Evo联合抗PD-1抗体在MSS结直肠癌模型中的疗效
在CT26皮下模型和人源化NSG小鼠(HCT116)中给予病毒与抗PD-1抗体联合治疗,监测肿瘤生长和免疫记忆。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 病毒构建 | NheI限制性内切酶 | Thermo Fisher | ER0972 |
| XhoI限制性内切酶 | Thermo Fisher | ER0691 | |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Procell | PM150110 |
| DMEM培养基 | Procell | PM150210 | |
| 胎牛血清 | Vazyme | F101-03 | |
| 青霉素-链霉素溶液 | biosharp | BL505A | |
| 药物处理 | 阿利西尤单抗(Praluent®) | SANOFI WINTHROP INDUSTRIE | -- |
| 法托司他 | Abclonal | A13049 | |
| 巴弗洛霉素A1 | MedChemExpress | HY-100558 | |
| MG-132 | MedChemExpress | HY-13259 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| T细胞激活 | Dynabead小鼠T细胞激活剂CD3/CD28 | Gibco™ | 11456D |
| qPCR | 2×SYBR Green Color qPCR预混液 | EZBioscience | A0012-R2 |
| 蛋白质印迹 | 180 kDa预染蛋白Marker | Vazyme | MP102-02 |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher | 11668019 |
| 线性聚乙烯亚胺(PEI)MW40000 | Yeasen | 40816ES02 | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | biosharp | BL504A |
| 红细胞裂解 | 红细胞裂解液 | Servicebio | G2015-500ML |
| 流式细胞术 | 细胞染色缓冲液 | BioLegend | 420201 |
| TruStain FcX PLUS(抗小鼠CD16/32)抗体 | BioLegend | 156604 | |
| 蛋白质印迹 | SDS-PAGE蛋白上样缓冲液(5X) | Beyotime | P0015L |
| 细胞培养 | 小鼠重组IL-2 | novoprotein | CK24-50ug |
| 细胞分离 | Ficoll分离液 | GE healthcare | 17544202 |
| 细胞培养 | 卵清蛋白 | MCE | HY-W250978 |
| 蛋白质电泳 | SurePAGEᵀᴹ,Bis-Tris,10x8,4-20%,12孔 | GenScript | M00656 |
| ELISA | 人前蛋白转化酶9/PCSK9 ELISA试剂盒 | LiankeBio | EK1124 |
| 流式细胞术 | Zombie Redᵀᴹ可固定活力试剂盒 | BioLegend | 423109 |
| cDNA合成 | 彩色逆转录试剂盒 | EZBioscience | A0010CGQ |
| T细胞分离 | EasySep小鼠T细胞分离试剂盒 | STEMCELL Technologies | 19851 |
| 肿瘤解离 | 小鼠肿瘤解离试剂盒 | Miltenyi | 130-096-730 |
| 蛋白质纯化 | PAGE快速凝胶回收试剂盒 | EpiZyme | PG112 |
| 细胞活力 | CCK-8试剂盒 | APExBIO | K1018-20 |
| 细胞毒性 | 细胞毒性LDH检测试剂盒 | DOJINDO | CK12-2000T |
| 流式细胞术 | APC抗小鼠H-2Kb/H-2Db抗体 | BioLegend | 114614 |
| APC抗人HLA-A,B,C抗体 | BioLegend | 311409 | |
| FITC抗小鼠CD45抗体 | BioLegend | 103108 | |
| FITC抗小鼠NK-1.1抗体 | BioLegend | 108706 | |
| APC/Cyanine7抗小鼠CD3ε抗体 | BioLegend | 100330 | |
| Alexa Fluor® 700抗小鼠CD4抗体 | BioLegend | 100536 | |
| Brilliant Violet 510™抗小鼠CD8a抗体 | BioLegend | 100752 | |
| Alexa Fluor® 647抗小鼠/大鼠/人FOXP3抗体 | BioLegend | 320014 | |
| PE/Cyanine7抗人/小鼠颗粒酶B重组抗体 | BioLegend | 372214 | |
| Brilliant Violet 605™抗小鼠IFN-γ抗体 | BioLegend | 505840 | |
| Brilliant Violet 650™抗小鼠/人CD44抗体 | BioLegend | 103049 | |
| Brilliant Violet 785™抗小鼠CD62L抗体 | BioLegend | 104440 | |
| Alexa Fluor 647小鼠抗TCF-7/TCF-1(S33-966)抗体 | BD | 566693 | |
| PerCP/Cyanine5.5抗小鼠CD127(IL-7Rα)抗体 | BioLegend | 135022 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型建立 | 小鼠品系、周龄、性别、细胞系接种数量及部位 阅读提示:STAR Methods的Animal models部分;Figure 3图注 |
| 病毒构建 | scFv插入位点、用于克隆的限制性内切酶、病毒拯救系统(BHK细胞、rVV-T7) 阅读提示:STAR Methods的Construction of recombinant OVs部分 |
| 病毒治疗给药 | 病毒剂量(PFU)、给药途径(静脉、瘤内)、给药频率和次数 阅读提示:Figure 3图注、Figure 5图注和STAR Methods的Animal models |
| PCSK9抑制剂给药 | Alirocumab剂量、给药途径、频率 阅读提示:Figure 3图注 |
| 免疫表型分析 | 流式抗体组合、细胞表面或胞内染色方案 阅读提示:STAR Methods的Flow cytometry analysis部分 |
| T细胞功能检测 | 共培养比例、靶细胞、效应细胞来源、处理时间 阅读提示:STAR Methods的Measurement of the cytotoxicity of CTLs部分 |
| 单细胞RNA-seq分析 | 数据过滤参数、聚类参数、差异表达阈值 阅读提示:STAR Methods的Single-cell RNA sequencing analysis部分 |