Twist1表达分析
验证Twist1在NSCLC细胞中的表达水平
使用RT-qPCR和Western blot检测H2170和HBE细胞中Twist1的表达。
The effect of Wilms tumor 1-associated protein on ferroptosis and immune escape in non-small-cell lung cancer by mediating N6-methyladenosine modification of Twist1.
本研究包含细胞模型(H2170)和体外功能验证(铁死亡、免疫逃逸),但缺乏动物模型和体内验证,实验层级单一。
NSCLC细胞系H2170 正常人支气管上皮(HBE)细胞 CD8+ T细胞共培养体系
Twist1和WTAP表达水平:H2170细胞中升高 si-Twist1和si-WTAP转染效率验证 铁死亡标志物(ROS、MDA、Fe2+)水平检测 免疫逃逸指标:CD8+ T细胞细胞毒性、耗竭标志物(LAG3、PD1、TIGIT)表达 m6A修饰验证:Me-RIP、PAR-CLIP、3-DAA处理
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证Twist1在NSCLC细胞中的表达水平
使用RT-qPCR和Western blot检测H2170和HBE细胞中Twist1的表达。
探究Twist1对NSCLC细胞铁死亡和免疫逃逸的影响
将si-Twist1转染至H2170细胞,检测细胞活力、凋亡、铁死亡标志物、与CD8+ T细胞共培养后的细胞毒性和耗竭标志物表达。
验证WTAP是否通过m6A修饰调控Twist1表达
检测WTAP表达,使用si-WTAP敲低,通过Me-RIP、PAR-CLIP和3-DAA处理评估m6A修饰水平及Twist1表达。
验证WTAP的作用是否依赖于Twist1
在H2170细胞中共转染si-WTAP和oe-Twist1,检测铁死亡指标、CD8+ T细胞功能及耗竭标志物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | 12633020 |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| CO2培养箱 | Binder | CB | |
| 细胞转染 | p24酶联免疫吸附试验试剂盒 | Cell Biolabs | -- |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Solarbio | R1100 |
| 核糖核酸酶R | Geneseed | -- | |
| 逆转录 | 第一链cDNA合成试剂盒 | Beyotime | D7168S |
| RT-qPCR | SYBR Green混合液 | Takara | -- |
| ABI 7300实时PCR系统 | -- | Foster | |
| Western blot | 抗Twist1抗体 | Abcam | ab50887 |
| 辣根过氧化物酶标记二抗 | Abcam | ab6728 | |
| 增强化学发光试剂 | Sangon Biotech | C520045 | |
| CCK-8检测 | CCK-8溶液 | Solarbio | CA1210 |
| 酶标仪 | Bio-Rad | Model | |
| 流式细胞术 | Annexin V-FITC和碘化丙啶 | Beyotime | C1062S |
| 流式细胞仪 | BD Biosciences | FACSCanto | |
| ROS检测 | DCFH-DA探针 | Sigma-Aldrich | 4091-99-0 |
| IX51荧光显微镜 | Olympus | -- | |
| MDA检测 | MDA检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | CS0260 |
| Fe2+检测 | 铁离子检测试剂盒 | ELabscience | E-BC-K773-M |
| MDA/Fe2+检测 | 酶标仪 | Molecular Devices | SpectraMax |
| m6A定量 | N6-甲基腺苷RNA甲基化定量试剂盒 | Abcam | ab185912 |
| Me-RIP | PolyATtract mRNA分离系统 | A&D Technology | A-Z5300 |
| Magna甲基化RNA免疫沉淀m6A试剂盒 | Merck Millipore | -- | |
| PAR-CLIP | 4-硫代吡啶 | Sigma-Aldrich | 148202 |
| WTAP抗体 | Abcam | ab195380 | |
| CD8+ T细胞分离 | 磁珠分离试剂盒 | MedChemExpress | HY-K0351 |
| 细胞毒性检测 | CytoTox 96非放射性细胞毒性检测试剂盒 | Promega | G1780 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系H2170和HBE细胞的来源,培养基类型(RPMI-1640),血清浓度(10%),抗生素浓度(1%),培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Methods - Cell culture |
| 细胞转染 | siRNA序列(si-WTAP-1/2/3,si-Twist1-1/2/3)、转染时间(48小时)、感染时间(24小时)、嘌呤霉素筛选浓度 阅读提示:Methods - Cell transfection |
| 铁死亡检测 | ROS探针浓度(10 μmol/L)和孵育时间(30分钟)、MDA检测加热温度和时间(100°C,15分钟)、Fe2+检测孵育温度和时间(25°C,暗处) 阅读提示:Methods - Determination of ROS contents, Measurement of MDA and Fe2+ |
| m6A修饰验证 | Me-RIP中RNA片段化温度和时间(94°C,5分钟)、PAR-CLIP中4-硫代吡啶浓度(200 mM)和孵育时间(14小时)、紫外线交联剂量(0.4 J/cm2) 阅读提示:Methods - Methylated RNA immunoprecipitation, Photo-activatable ribonucleoside-enhanced cross-linking and immunoprecipitation |
| 免疫逃逸检测 | CD8+ T细胞分离方法(阴性选择)、共培养条件、LDH检测孵育时间(30分钟)、耗竭标志物(LAG3、PD1、TIGIT)检测方法 阅读提示:Methods - Isolation of CD8+ T cells, Cytotoxicity assay, Results - Downregulation of Twist1 inhibited immune escape |