数据获取与候选基因鉴定
识别与脓毒症相关的能量代谢基因。
从GEO获取GSE65682和GSE95233数据集,使用WGCNA和limma筛选DEGs,与EMRGs取交集得到候选基因。
Evaluating the Diagnostic Value and Molecular Mechanism of Energy Metabolism-Related Gene PEA15 in Sepsis.
包含生物信息学分析、细胞模型功能验证(CCK-8、流式凋亡、ELISA)、RNA-seq及单细胞测序,但缺乏动物模型和ATM功能验证。
BEAS-2B细胞系(人正常肺上皮细胞) LPS诱导的BEAS-2B脓毒症细胞模型 GSE65682和GSE95233数据集(脓毒症患者转录组数据) GSE167363数据集(脓毒症患者单细胞RNA测序数据)
PEA15在GSE65682和GSE95233中脓毒症组较对照组显著下调(P < 0.0001) ROC分析显示PEA15的AUC > 0.9,用于脓毒症诊断 BEAS-2B细胞转染pCDH-PEA15-3XFlag-GFP+Puro质粒后,用10 µg/mL LPS诱导脓毒症模型,分为对照组、空载组和PEA15过表达组 PEA15过表达后,细胞活力显著升高(P = 0.0001),凋亡率显著降低(P < 0.0001),炎症因子TNF-α、IL-1β、IL-6显著降低(P < 0.0001) RNA-seq鉴定出5个核心基因(RSAD2, IFI44, MX1, IFIT3, ISG15),与PEA15显著相关
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别与脓毒症相关的能量代谢基因。
从GEO获取GSE65682和GSE95233数据集,使用WGCNA和limma筛选DEGs,与EMRGs取交集得到候选基因。
确定具有诊断和预后价值的能量代谢关键基因。
使用LASSO和XGBoost筛选特征基因,通过KM生存分析和ROC曲线评估诊断价值,并在另一数据集中验证。
验证PEA15在脓毒症中的功能作用。
在BEAS-2B细胞中转染PEA15过表达质粒,经LPS诱导建立脓毒症模型,检测细胞活力、凋亡和炎症因子。
鉴定PEA15过表达引起的差异表达基因及核心基因。
对过表达PEA15的脓毒症模型、脓毒症模型和空白对照进行RNA-seq,分析DEGs,并通过PPI网络鉴定核心基因。
探究核心基因在脓毒症不同细胞类型中的表达模式及功能。
对GSE167363数据集进行单细胞分析,鉴定细胞类型,分析核心基因在不同细胞中的表达,并进行功能富集。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养与转染 | pCDH-PEA15-3XFlag-GFP+Puro质粒 | HonorGene | HG-HO003768 |
| 脂多糖 | Servicebio | -- | |
| BEAS-2B细胞 | Procell Life Science & Technology Co., Ltd. | -- | |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Tongren | -- |
| 凋亡检测 | Annexin V-PE/7-AAD凋亡检测试剂盒 | Yisheng Biotechnology Co., Ltd. | -- |
| 炎症因子检测 | TNF-α、IL-1β和IL-6 ELISA试剂盒 | Jiangsu Meimian Industrial Co., Ltd. | -- |
| RNA提取与RT-qPCR | TRIzol试剂 | Ambion | R401-01 |
| RT-qPCR | SureScript第一链cDNA合成试剂盒 | Yisheng | 11141ES60 |
| 2×通用蓝色SYBR Green qPCR预混液 | Servicebio | G3326-05 | |
| Western blot (蛋白提取) | RIPA裂解液 | Servicebio | -- |
| Western blot (蛋白定量) | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- |
| Western blot (转膜) | PVDF膜 | Millipore | -- |
| Western blot (封闭) | 牛血清白蛋白 | Servicebio | -- |
| Western blot (一抗) | 抗PEA15抗体 | Proteintech | 21446-1-AP |
| 抗β-actin抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| Western blot (二抗) | HRP标记的山羊抗兔IgG | Servicebio | GB23303 |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Servicebio | GB23301 | |
| Western blot (显影) | 化学发光试剂 | Huiying | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 数据获取与处理 | GSE65682和GSE95233数据集来源、样本量、分组;WGCNA参数(软阈值18,minModuleSize=30,mergeCutHeight=0.4);DEGs筛选阈值(adjusted P<0.05,|log2FC|>1) 阅读提示:Materials and Methods中的Data Acquisition、Identification of Candidate Genes and Functional Analyses,以及Figure 1和2图注 |
| 关键基因筛选与验证 | LASSO回归的最优lambda值(0.00271);XGBoost的输入特征;KM生存分析的cutoff值(PEA15=3.812);ROC分析的AUC阈值(>0.9) 阅读提示:Materials and Methods中的Recognition of EM-Related Key Genes and Diagnostic Value Analysis,以及Figure 3图注 |
| 细胞模型构建 | BEAS-2B细胞传代次数(P5);转染质粒(pCDH-PEA15-3XFlag-GFP+Puro)及空载对照;转染后48小时;LPS浓度(10 µg/mL);样本量(n=5) 阅读提示:Materials and Methods中的Construction of Cell Models and Functional Analyses,以及Figure 6图注 |
| 功能验证实验 | CCK-8检测时间点;Annexin V-PE/7-AAD凋亡检测步骤;ELISA检测的细胞上清稀释倍数;内参基因(GAPDH)的选择 阅读提示:Materials and Methods中的Construction of Cell Models and Functional Analyses、Quantitative Real-Time Polymerase Chain Reaction (qRT-PCR)和Western Blotting (WB)部分 |
| RNA-seq分析 | 测序平台(Lianchuan Biotechnology);比对参考基因组(hg38);DEGs筛选阈值(adjusted P<0.05,|log2FC|>1);PPI网络构建参数(confidence score>0.9) 阅读提示:Materials and Methods中的Functional Analyses of Key DEGs and Acquisition of Core Genes,以及Figure 7图注 |
| 单细胞分析 | GSE167363数据集细胞筛选标准(nFeature RNA 200-5000,nCount RNA <20000,percentmt <20%);聚类参数(主成分数30);细胞类型注释marker基因 阅读提示:Materials and Methods中的Functional Analyses and Regulatory Mechanisms of Core Genes,以及Figure 10图注 |