转录组分析鉴定关键调控因子
筛选CPT反应性转录程序并确定潜在的关键转录因子。
利用批量RNA-seq和WGCNA定义CPT响应样转录特征,整合单细胞RNA-seq和SCENIC分析,鉴定FOSL1为候选调控因子。
FOSL1 promotes homologous recombination repair and camptothecin resistance via TCOF1-mediated ribosome biogenesis in non-small cell lung cancer.
包含细胞系功能实验、HR/NHEJ报告基因、核糖体生物发生检测、转录靶标验证及体内异种移植模型等多个独立证据层级,并进行机制验证。
A549细胞系 H157细胞系 A549异种移植瘤裸鼠模型 LUAD患者单细胞转录组队列
FOSL1敲低或过表达对CPT敏感性的影响 DR-GFP和EJ5-GFP报告基因检测HR和NHEJ效率 BMH-21抑制核糖体生物发生及CPT联合效果 FOSL1对TCOF1转录激活的荧光素酶报告验证 异种移植模型中FOSL1敲低和BMH-21联合CPT的抗肿瘤效果
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选CPT反应性转录程序并确定潜在的关键转录因子。
利用批量RNA-seq和WGCNA定义CPT响应样转录特征,整合单细胞RNA-seq和SCENIC分析,鉴定FOSL1为候选调控因子。
验证FOSL1是否影响NSCLC细胞对CPT的敏感性。
通过敲低和过表达FOSL1,检测CPT处理后的细胞活力、集落形成和凋亡。
确定FOSL1对CPT诱导的DNA损伤及修复途径的影响。
检测γ-H2AX水平评估DNA损伤,使用DR-GFP和EJ5-GFP报告系统分析HR和NHEJ效率,并检测相关修复蛋白表达。
探究FOSL1是否通过调控核糖体生物发生影响蛋白质合成。
通过免疫荧光、透射电镜检测核仁形态,RT-qPCR检测rRNA水平,嘌呤霉素掺入实验评估蛋白质合成。
验证FOSL1是否直接转录激活TCOF1。
通过RNA-seq鉴定FOSL1调控的基因,结合RiboSis基因集筛选TCOF1,并用双荧光素酶报告实验验证FOSL1对TCOF1启动子的激活。
验证TCOF1是否介导FOSL1驱动的核糖体生物发生和HR修复。
敲低TCOF1,检测47S pre-rRNA水平、蛋白质合成、HR/NHEJ效率及DNA损伤标志物。
评估RNA聚合酶I抑制剂BMH-21对CPT敏感性的影响。
使用BMH-21处理细胞,检测rRNA合成、蛋白质合成、γ-H2AX水平、细胞活力和凋亡。
在体内验证FOSL1和核糖体生物发生抑制对CPT抗肿瘤效果的影响。
建立A549-shGFP或A549-shFOSL1皮下异种移植模型,单独或联合CPT和BMH-21处理,评估肿瘤生长和免疫组化标志物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 喜树碱 | MedChemExpress | HY-16560 |
| BMH-21 | MedChemExpress | HY-12484 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| RPMI-1640培养基 | Gibco | -- | |
| 质粒转染 | 聚凝胺 | -- | -- |
| RNA干扰 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | 13778075 |
| RNA提取 | AFTSpin组织/细胞快速RNA提取试剂盒(动物) | Abclonal | RK30120 |
| 反转录 | ABScript II cDNA第一链合成试剂盒 | Abclonal | RK20400 |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Dojindo | -- |
| 凋亡检测 | Annexin V-APC/DAPI染色试剂 | Elabscience | -- |
| 蛋白质合成检测 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| 抗嘌呤霉素单克隆抗体 | Abcam | ab315887 | |
| 荧光素酶实验 | pGL3-Basic载体 | Sangon Biotech | -- |
| pRL-TK载体 | Promega | -- | |
| 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1910 | |
| 动物实验 | BALB/c-nu裸鼠 | Beijing Vital River Laboratory Animal Technology | -- |
| 成像 | 蔡司Axio Scan.Z1扫描仪 | Zeiss | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | A549和H157细胞系来源、培养基(DMEM或RPMI-1640)、培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Materials and methods: Cell lines and reagents |
| 药物处理 | CPT浓度(30 nM)、处理时间(6小时或48小时)、BMH-21浓度(0.2 μM) 阅读提示:Materials and methods: Cell lines and reagents; Results: Figure legends |
| FOSL1敲低和过表达 | shRNA序列、siRNA序列、转染试剂(Lipofectamine RNAiMAX)、转染浓度(20 nM)、筛选浓度(嘌呤霉素2 μg/mL) 阅读提示:Materials and methods: Plasmids, lentivirus packaging, and infection; RNA interference assay |
| HR和NHEJ报告基因检测 | DR-GFP和EJ5-GFP报告细胞系、I-SceI表达载体(pCBASceI)、转染后48小时检测GFP阳性细胞 阅读提示:Materials and methods: HR and NHEJ reporter assay |
| 体内异种移植模型 | 小鼠品系(BALB/c-nu)、年龄(5周)、重量(约20g)、接种细胞数(5×10^6)、给药方案(CPT 2 mg/kg,BMH-21 25 mg/kg,隔天一次,共7次) 阅读提示:Materials and methods: Xenograft tumor assay; Results: Figure 9 legend |