单细胞转录组分析
描绘DLBCL的细胞组成图谱,鉴定主要细胞类型及其比例变化。
对GSE182434数据集进行质量控制、标准化、批次效应去除、降维聚类,并利用CellMarker2.0注释细胞类型。
XBP1-driven proliferative B cell subcluster in Diffuse Large B Cell Lymphoma linked to altered nucleotide metabolism.
基于公共数据集进行单细胞分析、SCENIC分析、细胞通讯分析,并用细胞系进行XBP1敲低的功能验证(增殖和侵袭实验)。
DLBCL细胞系U2932 DLBCL细胞系SU-DHL-10
单细胞数据集GSE182434(4例DLBCL样本和1例对照) XBP1敲低效率验证(siRNA转染48小时) CCK-8增殖实验(2000细胞/孔,培养24、48、72小时) Transwell侵袭实验(1×10^4细胞,8μm孔径,Matrigel包被)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
描绘DLBCL的细胞组成图谱,鉴定主要细胞类型及其比例变化。
对GSE182434数据集进行质量控制、标准化、批次效应去除、降维聚类,并利用CellMarker2.0注释细胞类型。
评估恶性B细胞的拷贝数变化及其潜在功能影响。
使用inferCNV以非肿瘤组织B细胞为对照,分析恶性B细胞的CNV,并对扩增和缺失区域基因进行功能富集。
鉴定DLBCL中与增殖相关的B细胞亚群。
对B细胞进一步聚类,比较各亚群比例,并分析差异基因的富集通路。
揭示B细胞亚群2中异常活化的转录因子及其下游靶基因。
使用SCENIC分析转录因子活性,比较DLBCL与对照中XBP1、SPIB、RELB、IRF等转录因子的AUCell评分,并对下游靶基因进行功能富集。
验证XBP1在DLBCL细胞中的功能作用。
在DLBCL细胞系U2932和SU-DHL-10中敲低XBP1,检测细胞增殖和侵袭能力。
分析B细胞亚群2与CD8+ T细胞、NK细胞之间的配体-受体相互作用。
使用CellChat软件包推断细胞间通讯,鉴定B细胞亚群2与CD8+ T/NK细胞之间的信号通路。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Procell | PM150110 |
| 胎牛血清 | Procell | 164210 | |
| 青霉素/链霉素 | Procell | PB180120 | |
| 专用培养基 | BD Bio | C5546-500 | |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668027 |
| 细胞增殖检测 | CCK-8工作液 | Vazyme | A311-01 |
| 酶标仪 | Molecular Devices | -- | |
| 细胞侵袭检测 | Transwell 24孔小室 | Corning | 3422 |
| Matrigel基质胶 | Vazyme | GL101-01 | |
| 结晶紫染色液 | Aladdin | C196471 | |
| 光学显微镜 | Olympus | DP27 | |
| qPCR | Trizol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| 第一链cDNA合成试剂盒 | Vazyme | R211-01 | |
| ChamQ SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q311-02 | |
| CFX384触屏PCR仪 | Bio-Rad | -- | |
| 细胞培养 | U2932细胞系 | Procell | CL-0838 |
| SU-DHL-10细胞系 | Procell | CL-0758 | |
| GM12878细胞系 | BD Bio | C5546 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞转录组分析 | 使用的数据集为GSE182434,包含4例DLBCL样本和1例对照;细胞过滤标准、PCA维度、批次效应去除方法、聚类分辨率。 阅读提示:Methods:Data source |
| 拷贝数变异分析 | 对照为正常样本的B细胞;inferCNV分析参数(如cluster_by_groups、analysis_mode、HMM_type等)。 阅读提示:Methods:CNV analysis |
| 实验室验证实验 | 细胞系选择(U2932和SU-DHL-10);XBP1敲低效率验证(siRNA转染48小时);CCK-8实验的细胞密度(2000细胞/孔)和检测时间点(24、48、72小时);Transwell实验的细胞数量(1×10^4)、孔径(8μm)、Matrigel包被、培养时间(48小时)。 阅读提示:Methods:Laboratory validation assays |
| qPCR验证 | 使用的内参基因(GAPDH);qPCR反应条件(95℃ 30秒,40个循环95℃ 10秒、60℃ 30秒);数据采用2−ΔΔct法分析。 阅读提示:Methods:Quantitative assay via qPCR |