生物信息学分析及组织验证
分析HCC中AFP和MICA/B的表达及其与免疫浸润和MMP9的相关性,并验证临床样本中的蛋白表达。
从TCGA和GEO数据库获取HCC RNA-Seq数据,分析差异表达基因,进行KEGG富集、免疫浸润相关性和基因相关性分析;收集30例HCC患者肿瘤及癌旁组织进行IHC检测AFP和MICA/B表达。
Alpha-Fetoprotein Stimulates Cleavage of Membranal MICA/B on Liver Cancer Cell Lead to Escape Immune Surveillance of Natural Killer Cells.
包含TCGA/GEO数据分析和患者组织IHC、体外细胞实验(蛋白印记/流式/ELISA/共培养杀伤)及NOD/SCID动物模型验证,证据层级独立。
HLE细胞系 HuH-7细胞系 NK-92细胞系 NOD/SCID小鼠肝癌模型
AFP过表达和干扰慢病毒转染效率(MOI及荧光验证) MMP9抑制剂GM6001和TAPI-1的浓度及IC50(HLE-AFP分别为20.65和33.14 μg/mL) NK-92细胞与HCC细胞共培养的效靶比(E:T=2:1和4:1)及共培养时间(24小时) NKG2D中和抗体处理NK-92细胞的浓度和时间(30分钟) TCGA和GEO数据筛选差异基因的标准(|LogFC|>1.5,p<0.05)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析HCC中AFP和MICA/B的表达及其与免疫浸润和MMP9的相关性,并验证临床样本中的蛋白表达。
从TCGA和GEO数据库获取HCC RNA-Seq数据,分析差异表达基因,进行KEGG富集、免疫浸润相关性和基因相关性分析;收集30例HCC患者肿瘤及癌旁组织进行IHC检测AFP和MICA/B表达。
在HCC细胞中过表达或干扰AFP,检测总MICA/B和膜MICA/B的表达变化。
使用慢病毒感染HLE和HuH-7细胞构建过表达和干扰AFP的稳定细胞系;通过Western blotting、流式细胞术和免疫荧光检测MICA/B的总表达和膜定位。
验证AFP是否通过上调MMP9促进MICA/B从细胞膜脱落。
采用Western blotting和qRT-PCR检测MMP9表达;通过Western blotting和ELISA检测细胞上清中sMICA/B水平;使用MMP9抑制剂(GM6001和TAPI-1)及siRNA敲低MMP9,通过流式细胞术和ELISA检测膜MICA/B和sMICA/B变化。
验证AFP是否通过激活PI3K/AKT通路上调MMP9表达。
用PI3K抑制剂Ly294002处理HLE-AFP细胞,通过Western blotting检测PI3K、AKT、p-AKT和MMP9的表达变化。
在体内验证AFP对MMP9表达和膜MICA/B含量的调控作用。
将HuH-7-shAFP和HuH-7细胞注射到NOD/SCID小鼠皮下构建肿瘤模型,通过Western blotting和IHC检测肿瘤组织中AFP、MMP9和膜MICA/B的表达。
评估AFP对NK-92细胞杀伤肝癌细胞能力的影响及机制。
将NK-92细胞与HCC细胞共培养,通过LDH释放实验检测细胞毒性;ELISA检测共培养上清中Perforin、Granzyme B和IFN-γ水平;使用NKG2D中和抗体和MMP9抑制剂处理,观察对细胞毒性的影响;通过活细胞成像动态观察杀伤过程。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Viva cell | Cat #C3113-0500 |
| 胎牛血清 | Procell | Cat #164210-50 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | Cat #15140-122 | |
| NK-92专用培养基 | -- | Cat #GDM1001 | |
| 慢病毒转染 | HiTransG A转染增强剂 | -- | -- |
| HiTransG P转染增强剂 | -- | -- | |
| Western blotting | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | Cat #P0009 |
| 无蛋白快速封闭液 | Epizyme | Cat #PS108 | |
| 抗AFP抗体 | Abcam | Cat #ab169552 | |
| 抗MICA/B抗体 | Abcam | Cat #ab224702 | |
| 抗MMP9抗体 | Cell Signalling Technology | Cat #13667 | |
| 抗PI3K抗体 | Abcam | Cat #ab302958 | |
| 抗AKT抗体 | Abcam | Cat #ab8805 | |
| 抗磷酸化AKT抗体 | Cell Signalling Technology | Cat #4060 | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | Cat #10494-1-AP | |
| 抗ATP1A1抗体 | Proteintech | Cat #14418-1-AP | |
| 二抗 | Proteintech | Cat #SA00001-2 | |
| ECL发光液 | -- | -- | |
| 流式细胞术 | 抗MICA/B流式抗体 | Biolegend | Cat #320907 |
| 抗CD3抗体 | Biolegend | Cat #981002 | |
| 抗CD56抗体 | Biolegend | Cat #985906 | |
| 免疫荧光 | 抗MICA/B抗体 | Thermo Fisher Scientific | Cat #PA5-109323 |
| 二抗 | Beyotime | Cat #A0468 | |
| DAPI染色液 | Beyotime | Cat #C1006 | |
| ELISA | 人MICA预包被ELISA试剂盒 | FANKEW | Cat #F111358-B |
| 人MICB预包被ELISA试剂盒 | FANKEW | Cat #F111362-B | |
| 人穿孔素预包被ELISA试剂盒 | FANKEW | Cat #F1149-A | |
| 人颗粒酶B预包被ELISA试剂盒 | FANKEW | Cat #F0430-A | |
| 人IFN-γ预包被ELISA试剂盒 | FANKEW | Cat #F0033-A | |
| qRT-PCR | TaKaRa MiniBEST通用RNA提取试剂盒 | TaKaRa | Cat #9767 |
| PrimeScript逆转录试剂盒 | TaKaRa | Cat #RR047A | |
| PCR试剂盒 | TaKaRa | Cat #RR820A | |
| Roche 480实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| CCK-8实验 | GM6001 | MCE | Cat #HY-15768 |
| TAPI-1 | MCE | Cat #HY-16657 | |
| CCK-8检测试剂 | DOJINDO | Cat #CK04 | |
| 细胞毒性实验 | LDH释放细胞毒性检测试剂盒 | Beyotime | Cat #C0017 |
| NKG2D中和抗体 | Bio-Techne | Cat #MAB139 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物信息学分析 | 数据库版本、样本量、差异基因筛选阈值(|LogFC|>1.5,p<0.05)、相关性分析方法(Spearman) 阅读提示:参见Materials and Methods 2.1节 |
| 组织样本 | 样本来源(30例患者)、癌旁正常组织、组织固定和包埋方法、IHC抗原修复和抗体浓度 阅读提示:参见Materials and Methods 2.2节 |
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基配方(DMEM+10%FBS+1%P/S)、培养条件(37°C,5%CO2)、NK-92专用培养基 阅读提示:参见Materials and Methods 2.3节 |
| 慢病毒转染 | MOI值、病毒滴度、转染时间(16小时)、恢复时间(48小时)、转染效率验证(>80%荧光) 阅读提示:参见Materials and Methods 2.4节 |
| Western blotting | 蛋白提取方法、BCA定量、SDS-PAGE浓度(12%)、一抗浓度(如AFP 1:1000,GAPDH 1:10000)、封闭液和孵育时间 阅读提示:参见Materials and Methods 2.5节 |
| 流式细胞术 | 细胞处理(离心条件)、抗体用量(5μL)、孵育时间(20分钟)和温度(室温暗处) 阅读提示:参见Materials and Methods 2.6节 |
| ELISA | 检测因子(sMICA、sMICB、Perforin、Gzms-B、IFN-γ)、试剂盒品牌和货号 阅读提示:参见Materials and Methods 2.8节 |
| qRT-PCR | RNA提取试剂盒、逆转录试剂盒、PCR条件(95°C 30s,95°C 5s/60°C 20s×40循环)、内参(GAPDH)、引物序列(表1) 阅读提示:参见Materials and Methods 2.9节及Table 1 |
| CCK-8实验 | 细胞种板密度(5000细胞/孔)、抑制剂浓度梯度(0-35μg/mL)、孵育时间(24小时)、检测波长(450nm) 阅读提示:参见Materials and Methods 2.10节 |
| 动物实验 | 小鼠品系(NOD/SCID)、性别(雌性)、年龄(3周)、细胞注射量(5×10^6)、肿瘤取材时间(形成后) 阅读提示:参见Materials and Methods 2.11节 |
| 细胞毒性实验 | E:T比例(2:1和4:1)、共培养时间(24小时)、LDH检测试剂盒、NKG2D中和抗体处理时间(30分钟)、MMP9抑制剂处理时间(48小时) 阅读提示:参见Materials and Methods 2.12节 |