临床样本代谢特征分析
明确HS组织中的代谢重编程和乳酸水平变化
对HS和NS组织进行乳酸水平检测、非靶向和靶向代谢组学分析,RT-qPCR和Western blot检测糖酵解、乳酸转运及氧化磷酸化相关基因表达。
Lactate derived from macrophages drives skin dermal fibroblasts phenotypic remodeling via MCT1-primed histone H3 lysine 23 lactylation in hypertrophic scar.
包含体外细胞模型(THP-1、HUVEC、NSF/HSF)、PDMS刚度水凝胶、体内小鼠全层皮肤缺损模型(Mct1敲除、药理学抑制、巨噬细胞清除)以及多组学分析(代谢组、CUT&Tag、RNA-seq),并有明确功能验证和机制验证。
人增生性瘢痕组织及正常皮肤组织 人皮肤成纤维细胞(NSFs/HSFs) THP-1巨噬细胞、HUVEC内皮细胞 C57BL/6小鼠全层皮肤缺损模型(Mct1fl/flCol1a2-cre+)
HS组织与正常皮肤样本来源及数量(10例HS、15例对照) 乳酸刺激浓度(NaLac 10 mM)及处理时间 PDMS水凝胶刚度(2 kPa vs 50 kPa)及细胞处理时间 Mct1敲除小鼠的构建(Mct1f/f与Col1a2-creERT杂交,他莫昔芬诱导)及NaLac给药方案 AZD3965给药剂量及方式(100 mg/kg,口服,每日两次,21天)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
明确HS组织中的代谢重编程和乳酸水平变化
对HS和NS组织进行乳酸水平检测、非靶向和靶向代谢组学分析,RT-qPCR和Western blot检测糖酵解、乳酸转运及氧化磷酸化相关基因表达。
确定HS微环境中乳酸的主要细胞来源
利用PDMS水凝胶模拟不同基质刚度,检测THP-1巨噬细胞、HUVEC和NSF的乳酸分泌和糖酵解能力;通过MACS分选HS和NS组织中的原代细胞进行验证;使用氯膦酸脂质体清除巨噬细胞后检测瘢痕组织乳酸水平。
验证巨噬细胞来源的乳酸通过MCT1促进成纤维细胞表型重塑
用不同刚度基质诱导的THP-1或HUVEC条件培养基刺激NSF,并加入AZD3965(MCT1抑制剂)或oxamate(LDHA抑制剂),检测纤维化标志物表达、细胞增殖和迁移。
揭示乳酸诱导的组蛋白乳酰化修饰及其靶基因
检测HS和NS组织中组蛋白乳酰化水平,通过CUT&Tag和RNA-seq鉴定H3K23la的靶基因,并用ChIP-qPCR验证H3K23la在HEY2和COL11A1启动子区域的富集;通过siRNA敲低HEY2和COL11A1观察对纤维化表型的影响。
阐明HEY2和COL11A1促进纤维化的分子机制
通过数据库预测HEY2的靶基因,ChIP-qPCR验证HEY2结合YAP1启动子,Western blot检测YAP1/SMAD2通路;通过Co-IP和分子建模验证COL11A1与MCT1的相互作用及其对乳酸转运的影响。
验证MCT1在体内瘢痕形成中的作用及治疗潜力
构建成纤维细胞特异性Mct1敲除小鼠,进行全层皮肤缺损模型,给予NaLac处理,观察伤口愈合和瘢痕形成;给予AZD3965或氯膦酸脂质体处理,评估对瘢痕的抑制作用。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | PDMS水凝胶 | Dow Corning Sylgard 527 | 527 SIL DIELECT GEL |
| 细胞因子处理 | 转化生长因子-β | Proteintech | HZ-1011 |
| 药物处理 | AZD3965 | -- | -- |
| 草氨酸盐 | -- | -- | |
| RNA提取 | Trizol | Invitrogen | 15596018 |
| RT-qPCR | PrimeScript RT预混液 | Takara | RR036A |
| TB Green Premix Ex Taq II | Takara | RR820A | |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000015 |
| Western blot | RIPA裂解液 | NCM Biotech | WB3100 |
| 蛋白定量 | Pierce Rapid Gold BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Scientific | A53225 |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 |
| SuperFemto ECL显影液 | Vazyme Biotech | E433 | |
| 乳酸检测 | L-乳酸检测试剂盒 | Abcam | 65331 |
| 免疫共沉淀 | Pierce Classic磁性免疫共沉淀试剂盒 | Thermo Scientific | 88804 |
| 动物实验 | 他莫昔芬 | Sigma-Aldrich | T5648 |
| 玉米油 | Sigma-Aldrich | C8267 | |
| 乳酸钠 | Sigma-Aldrich | L7022 | |
| AZD3965 | -- | -- | |
| 细胞培养 | 中性蛋白酶II | Sigma-Aldrich | D4693 |
| I型胶原酶 | Sigma-Aldrich | SCR103 | |
| DMEM基础培养基 | Gibco | 11885500 | |
| 胎牛血清 | Vazyme Biotech | F103 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | 11875500 | |
| 细胞分选 | 全皮肤解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-101-540 |
| PE标记抗人CD68抗体 | BD Biosciences | 556078 | |
| PE标记抗人CD31抗体 | BD Biosciences | 566125 | |
| PE标记抗人波形蛋白抗体 | BD Biosciences | 562337 | |
| 抗R-藻红蛋白磁性颗粒 | BD Biosciences | 557899 | |
| MACS分选柱 | Miltenyi Biotec | 130-021-101 | |
| 细胞培养 | 4-羟基他莫昔芬 | MedChemExpress | HY-16950 |
| 组蛋白提取 | 蛋白酶抑制剂 | -- | -- |
| Western blot | 牛血清白蛋白 | Beyotime | ST506 |
| 免疫组织化学 | DAB显色试剂 | Servicebio | G1212 |
| 细胞通透 | Triton X-100 | Servicebio | G1204 |
| 染色 | 结晶紫染色液 | Beyotime | C0121 |
| H&E染色试剂盒 | Beyotime | C0105 | |
| Masson染色试剂盒 | Servicebio | G1006 | |
| 天狼星红染色试剂盒 | Phygene | PH1099 | |
| 组织包埋 | OCT包埋剂 | Sakura | 4583 |
| CUT&Tag | Hyperactive Universal CUT&Tag试剂盒 | Vazyme Biotech | TD904 |
| H3K23la抗体 | PTM BIO | PTM-1413RM | |
| IgG | Cell Signaling Technology | 2729 | |
| 山羊抗兔二抗 | Cell Signaling Technology | 35401 | |
| NEBNext高保真2X PCR预混液 | New England Biolabs | M0541 | |
| RNA-seq | VAHTS mRNA-seq V8文库制备试剂盒 | Vazyme Biotech | -- |
| ChIP-qPCR | 蛋白G磁珠 | Invitrogen | 10004D |
| 乳酸检测 | L-乳酸检测试剂盒 | Abcam | 65331 |
| 代谢组学 | Vanquish超高效液相色谱系统 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| ACQUITY UPLC HSS T3色谱柱 | Waters | 2.1×100 mm, 1.8 µm | |
| Q Exactive质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| QTRAP6500液相色谱-串联质谱平台 | AB Sciex | -- | |
| Seahorse | Seahorse XFe96分析仪 | Agilent Technologies | -- |
| Seahorse 96孔板 | Agilent Technologies | 103794-100 | |
| Seahorse XF DMEM培养基 | Agilent Technologies | 103680-100 | |
| 分子模拟 | AutoDock Vina | -- | -- |
| Gromacs | -- | -- | |
| 显微镜 | FSX100显微镜 | Olympus | -- |
| 激光共聚焦扫描显微镜 | Zeiss | -- | |
| 明场显微镜 | Olympus | CX33 | |
| 成像系统 | ChemiDoc成像系统 | BIO-RAD | -- |
| RT-qPCR | CFX96实时荧光定量PCR仪 | BIO-RAD | -- |
| RNA质量检测 | Qsep400毛细管电泳仪 | -- | -- |
| 细胞培养 | 纤连蛋白 | Sigma-Aldrich | F2006 |
| 动物实验 | 羟丙基甲基纤维素 | Sigma-Aldrich | H7509 |
| 吐温80 | Servicebio | GC204001 | |
| 细胞培养 | THP-1细胞系 | -- | -- |
| HUVEC细胞系 | Procell Life Science & Technology | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | HS和NS组织的来源、数量(HS 10例,NS 15例)、部位(四肢为主)、瘢痕形成时间(3-6个月) 阅读提示:Methods - Human subjects |
| 细胞培养与处理 | NSFs/HSFs的培养条件(DMEM+10%FBS)、乳酸钠浓度(10 mM)、TGF-β浓度(10 ng/ml)、PDMS水凝胶刚度(2 kPa和50 kPa)、AZD3965浓度(100 nM)、Oxamate浓度(10 mM) 阅读提示:Methods - Cell culture and treatment |
| 体外功能实验 | 划痕实验和Transwell实验的细胞数量、处理时间(24小时)、siRNA转染浓度(50 nM) 阅读提示:Methods - Wound scratch assay, Transwell assay, siRNA transfection |
| 组蛋白乳酰化检测 | 组蛋白提取方法(酸提取)、H3K23la抗体(PTM-1413RM)、Western blot检测条件 阅读提示:Methods - Histone extraction, Western blotting |
| CUT&Tag和RNA-seq | 样本量(n=3)、测序平台(Illumina Novaseq 6000)、数据分析参数(GRCh38参考基因组) 阅读提示:Methods - CUT&Tag, RNA-seq |
| 动物模型 | 小鼠品系(C57BL/6)、基因型(Mct1fl/flCol1a2-cre+)、他莫昔芬诱导方案(20 mg/kg腹腔注射连续5天)、全层皮肤缺损模型建立方法、NaLac给药方案(10 mM,100 µL,皮损周围或痂下)、AZD3965给药方案(100 mg/kg,口服,每日两次)、氯膦酸脂质体方案(40 µL,50 µg/ml) 阅读提示:Methods - Animal models |
| 组织学分析 | 组织固定、包埋、切片厚度(5 μm)、染色方法(H&E、Masson、Sirius red) 阅读提示:Methods - H&E, Masson, and Sirius red staining |