建立KIAA1199高/低表达的原位肿瘤模型
评估原发肿瘤中KIAA1199表达对肝转移定植的影响
将KIAA1199过表达或敲低的CT26细胞原位植入BALB/c小鼠盲肠,第7天经脾注射野生型CT26细胞建立肝转移模型,第21天分析肝转移负荷和生存期。
Hepatocytes functionally reprogrammed by KIAA1199-high colorectal cancer cells favour the accumulation of pro-metastatic Egr1+ neutrophils.
包含体外共培养、类器官样三培养、动物模型(原位瘤、肝转移模型)、患者样本及空间转录组等多层级验证,并进行功能验证(过表达/敲低)和机制验证(双荧光素酶、ChIP、蛋白质组)。
CT26结直肠癌细胞系 AML12小鼠肝细胞系 HL-60分化中性粒细胞样细胞 BALB/c小鼠原位结直肠癌肝转移模型
KIAA1199高表达与肝转移风险的相关性(TCGA和临床队列) Egr1+中性粒细胞在肝脏的积聚(流式、免疫组化) SAA2-FPR2信号轴对Egr1+中性粒细胞诱导的必需性(WRW4拮抗剂) PPARγ对SAA2转录的直接抑制(ChIP-qPCR和双荧光素酶报告基因) PI3K-AKT通路在Egr1+中性粒细胞存活和VEGFA分泌中的作用(Wortmannin抑制)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估原发肿瘤中KIAA1199表达对肝转移定植的影响
将KIAA1199过表达或敲低的CT26细胞原位植入BALB/c小鼠盲肠,第7天经脾注射野生型CT26细胞建立肝转移模型,第21天分析肝转移负荷和生存期。
明确KIAA1199高表达诱导的肝转移前微环境中浸润的细胞类型及其特征
在第14天(转移前)通过单细胞RNA测序分析肝脏免疫细胞,鉴定出Egr1+中性粒细胞亚群,并通过流式、免疫组化、Western blot和患者样本验证其存在。
验证肝细胞在KIAA1199高表达条件下是否发生重编程并通过SAA2-FPR2信号诱导Egr1+中性粒细胞
通过单细胞测序鉴定功能重编程肝细胞亚群,配体-受体分析预测SAA2-FPR2相互作用,使用重组SAA2和FPR2拮抗剂WRW4在体外和体内验证该轴的功能。
确定KIAA1199高表达癌细胞通过何种信号(如EV和颗粒蛋白)诱导肝细胞功能重编程和SAA2上调
通过蛋白质组和转录组分析发现KIAA1199促进GRN富集的细胞外囊泡分泌,并通过NTA、Western blot和摄取实验验证肝细胞摄取EVs后发生代谢重编程(PPARγ抑制)。
证明PPARγ是否直接结合Saa2启动子并抑制其转录
通过JASPAR预测PPARγ结合位点,构建Saa2启动子-荧光素酶报告基因(野生型/突变体),进行双荧光素酶报告基因实验和ChIP-qPCR。
验证Egr1+中性粒细胞是否通过延长存活和分泌VEGFA促进血管生成和肝转移
通过过继转移模型(中性粒细胞与CT26细胞共注射)评估Egr1+中性粒细胞对肝转移的影响;通过GSEA和磷酸化蛋白质组学鉴定PI3K-AKT通路,并使用Wortmannin抑制验证。
评估药理学激活PPARγ或抑制FPR2是否能阻断CRLM,并验证其治疗潜力
在双肿瘤模型中给予罗格列酮(PPARγ激动剂)或WRW4(FPR2拮抗剂),评估肝转移负荷和生存期。
验证血清KIAA1199和SAA2作为CRLM风险预测生物标志物的临床价值
收集CRC患者配对肿瘤组织和血清样本,通过ELISA检测KIAA1199和SAA2水平,进行相关性分析和ROC曲线分析,建立列线图预测模型,并在独立队列中验证。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Procell | PM150210 |
| RPMI-1640培养基 | Procell | PM150110 | |
| 胎牛血清 | Procell | 164210 | |
| 青霉素-链霉素 | Procell | PB180120 | |
| 磷酸盐缓冲液 | Procell | PB180327 | |
| EDTA | Procell | PB180620 | |
| 药物处理 | WRW4 | MedChemExpress | HY-P1119 |
| 罗格列酮 | MedChemExpress | HY-14600 | |
| 渥曼青霉素 | MedChemExpress | HY-10197 | |
| 三溴乙醇 | MedChemExpress | HY-B1372 | |
| 重组小鼠SAA2 | Cloud-Clone Corp. | RPB795Mu01 | |
| 重组人SAA2 | Cloud-Clone Corp. | RPB795Hu01 | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Beyotime | ST505 | |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012S |
| 免疫沉淀 | Protein A/G磁珠 | MedChemExpress | HY-K0202 |
| Western blot | SDS-PAGE凝胶 | Epizyme Biotech | PG112 |
| PVDF膜 | Millipore | ISEQ00010 | |
| 流式分析 | 红细胞裂解液 | Beyotime | C3702 |
| 中性粒细胞分离 | MojoSort小鼠中性粒细胞分离试剂盒 | BioLegend | 480058 |
| 细胞增殖 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | C0037 |
| EV分离 | BeyoExo增强型外泌体分离试剂盒 | Beyotime | C3622 |
| EV摄取 | BeyoExo外泌体标记与追踪试剂盒(PKH26) | Beyotime | C3637 |
| ChIP | ChIP试剂盒 | Beyotime | P2078 |
| 转染 | Lipofectamine 2000 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(Procell),培养基(DMEM/RPMI-1640),血清浓度(10%),青霉素-链霉素(1%),培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Methods中'Cell culture and reagents'部分 |
| 原位肿瘤和肝转移模型 | 小鼠品系(BALB/c或C57BL/6),年龄(6周),性别(雌性),细胞数量(原位1×10^6,脾注射5×10^6),脾切除时间(15分钟),分析时间点(第21天或生存期60天) 阅读提示:Methods中'Orthotopic colorectal cancer and liver metastasis mouse models'部分 |
| 药物处理 | WRW4剂量(2 mg/kg/day),罗格列酮剂量(10 μg/kg/day),给药方式(文中未明确说明),给药时间(文中未明确说明) 阅读提示:Results中相应图注和Methods中'Cell culture and reagents'部分 |
| Egr1+中性粒细胞检测 | 流式抗体组合(文中未明确说明),肝组织消化方法(胶原酶IV和DNase I),中性粒细胞分离试剂盒(MojoSort) 阅读提示:Methods中'Isolation of hepatic neutrophils'和'Flow cytometry analysis'部分 |
| SAA2-FPR2轴验证 | 重组SAA2浓度(体内1 μg/kg/day),WRW4浓度(体内2 mg/kg/day),体外rSAA2浓度(20 μg/mL) 阅读提示:Results部分图3和Methods中'Cell culture and reagents' |
| PPARγ抑制SAA2机制 | Saa2启动子构建范围(-2000至+100 bp),突变位点(MT2),ChIP抗体浓度(文中未明确说明) 阅读提示:Results部分图4和Methods中'Luciferase reporter assay and chromatin immunoprecipitation (ChIP) assay' |