生物信息学分析
分析OAS3在ccRCC中的表达、预后意义及与免疫细胞浸润的关系。
利用TIMER3、UALCAN、GEPIA、Human Protein Atlas、Kaplan-Meier plotter和LinkedOmics数据库对OAS3表达、预后和机制进行分析。
Inhibiting OAS3 suppresses the development of clear cell renal cell carcinoma by reducing cell proliferation and altering the tumor immune microenvironment.
包含生物信息学分析、体外细胞功能实验(增殖、迁移、侵袭)、体内异种移植模型及抗PD-1联合治疗,并检测免疫微环境标志物。
786-O细胞 OS-RC-2细胞 C57BL/6小鼠RENCA细胞异种移植模型
OAS3表达水平在ccRCC中的上调及其与患者预后的关联 OAS3上调/下调对786-O和OS-RC-2细胞增殖、迁移、侵袭的影响 OAS3下调与抗PD-1联合对RENCA异种移植瘤生长的抑制作用 肿瘤组织中CD45、CD8、CD163、Granzyme B、PD-1等免疫标志物的表达变化 NF-κB p65磷酸化水平的变化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析OAS3在ccRCC中的表达、预后意义及与免疫细胞浸润的关系。
利用TIMER3、UALCAN、GEPIA、Human Protein Atlas、Kaplan-Meier plotter和LinkedOmics数据库对OAS3表达、预后和机制进行分析。
验证OAS3对ccRCC细胞增殖、迁移和侵袭的影响。
在786-O和OS-RC-2细胞中通过siRNA敲低或质粒过表达OAS3,并通过RT-qPCR和Western blot验证,再通过CCK8、集落形成、EdU染色和Transwell实验检测细胞功能。
评估OAS3下调对肿瘤生长的影响及其与抗PD-1治疗的协同效应。
将RENCA小鼠肾癌细胞皮下注射到C57BL/6小鼠,分组为si-NC、si-OAS3、anti-PD-1、si-OAS3+anti-PD-1,测量肿瘤体积和重量,并通过免疫组化检测Ki67、TUNEL、CD45、CD8、PD-1、CD163、Granzyme B和免疫荧光检测p-p65。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | 26010074 | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| 细胞转染 | si-OAS3#1 | RIBOBIO | -- |
| si-OAS3#2 | RIBOBIO | -- | |
| pc-DNA3.1-OAS3 | Abm | -- | |
| RT-PCR | TRIzol试剂 | Beyotime | R0016 |
| PrimeScript™逆转录试剂盒 | Takara | RR047A | |
| Premix Ex Taq™ II | Takara | RR820A | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Thermo Fisher | J63306 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher | A55860 | |
| 牛血清白蛋白 | Thermo Fisher | AM2616 | |
| OAS3兔多克隆抗体 | ABclonal | A9481 | |
| β-actin抗体 | ABclonal | AC026 | |
| 山羊抗兔IgG H&L (HRP) | Abcam | AB6721 | |
| 增强化学发光试剂盒 | Beyotime | P0018S | |
| CCK8 assay | CCK-8溶液 | Beyotime | C0038 |
| Transwell assay | Transwell小室 (8.0 µm) | Corning | 3422 |
| 基质胶 | Sigma-Aldrich | -- | |
| EdU staining | EdU染色试剂盒 | YEASEN | 40276ES60 |
| DAPI溶液 | YEASEN | 40728ES03 | |
| 动物实验 | 抗PD-1抗体 | Bio X Cell | BE0273 |
| 免疫组化 | CD45抗体 | ABclonal | A23549 |
| Ki-67抗体 | ABclonal | A26755PM | |
| CD163抗体 | ABclonal | A8383 | |
| CD8抗体 | ABclonal | A11856 | |
| 颗粒酶B抗体 | ABclonal | A2557 | |
| PD-1抗体 | Beyotime | AF7695 | |
| 辣根过氧化物酶标记二抗 | Beyotime | A0308 | |
| 免疫荧光 | 抗磷酸化p65抗体 | ABclonal | AP1458 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物信息学分析 | 数据库版本和分析工具;OAS3表达、预后和免疫浸润分析的具体参数 阅读提示:Materials and methods - Bioinformatics analysis |
| 细胞培养 | 细胞系来源和培养条件(培养基成分、温度、CO2浓度) 阅读提示:Materials and methods - Cells and cell culture |
| 细胞转染 | 转染方法(电穿孔)、siRNA和质粒序列、转染效率验证 阅读提示:Materials and methods - Cell transfection |
| 体外功能实验 | CCK8时间点、集落形成时间、EdU孵育时间、Transwell细胞数和时间 阅读提示:Materials and methods - CCK8 assay, Colony formation assay, EdU staining assay, Transwell assay |
| 动物实验 | 小鼠品系、年龄、性别、细胞注射数量、分组、抗PD-1剂量和给药方式、测量时间点 阅读提示:Materials and methods - Animal studies in mice |
| 免疫组化和免疫荧光 | 抗体稀释比例、孵育时间、显色剂 阅读提示:Materials and methods - Immunohistochemistry, Immunofluorescence |