网络药理学分析
预测EGCG与TNBC的共同靶点和相关信号通路。
通过PubChem、SwissTargetPrediction、SEA等预测EGCG靶点,通过GeneCards和OMIM获取TNBC疾病靶点,取交集后构建PPI网络,进行GO和KEGG富集分析。
EGCG promotes apoptosis in BT-549 triple-negative breast cancer cells by targeting STAT3.
实验包括细胞活力、迁移、凋亡检测,以及Western blot、qPCR、分子对接和动力学模拟,但缺乏动物模型和临床样本验证。
BT-549三阴性乳腺癌细胞系
EGCG处理浓度(10-320 μM) 处理时间(48 h、144 h) 细胞系(BT-549,Procell,CL-0041) 凋亡检测方法(Annexin V-FITC/PI流式) 凋亡抑制剂Necrostatin 1和激动剂Bafetinib
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测EGCG与TNBC的共同靶点和相关信号通路。
通过PubChem、SwissTargetPrediction、SEA等预测EGCG靶点,通过GeneCards和OMIM获取TNBC疾病靶点,取交集后构建PPI网络,进行GO和KEGG富集分析。
评估EGCG与STAT3的结合稳定性和相互作用模式。
使用GROMACS 2022和CHARMM36力场进行MD模拟,分析RMSD、RMSF、Rg、SASA和自由能景观。
评估EGCG对BT-549细胞活力的抑制作用。
使用CCK-8法检测不同浓度EGCG处理后的细胞活力,计算IC50。
评估EGCG对BT-549细胞增殖的长期抑制作用。
将细胞以400 cells/well接种于6孔板,用不同浓度EGCG处理,培养144 h后拍照记录克隆形成面积。
评估EGCG对BT-549细胞迁移能力的影响。
使用Transwell和细胞划痕实验检测EGCG对细胞迁移的影响。
评估EGCG对BT-549细胞凋亡的诱导作用。
使用Annexin V-FITC/PI染色和流式细胞术检测凋亡细胞比例。
检测EGCG对STAT3及凋亡相关基因和蛋白表达的影响。
qPCR检测STAT3、Bax、Bcl-2、caspase-3、caspase-8、JAK、IRF9的mRNA水平;Western blot检测STAT3、p-STAT3、caspase-3、cleaved caspase-3等蛋白水平。
评估EGCG对BT-549细胞H2S水平的影响。
使用ELISA法检测不同浓度EGCG处理后细胞H2S浓度,并计算EC50。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| RNA提取和qPCR | FastPure复杂组织/细胞总RNA提取试剂盒 | Vazyme | RC113-01 |
| qPCR | HiScript IV All-in-One Ultra RT SuperMix | Vazyme | R433-01 |
| AceQ通用SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q511-02 | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Thermo Fisher Scientific | 89900 |
| 蛋白酶抑制剂 | Roche | 11836170001 | |
| 磷酸酶抑制剂 | Sigma-Aldrich | P5726 | |
| Western blot | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23227 |
| SDS-PAGE凝胶 | Bio-Rad | 1610173 | |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| 脱脂牛奶 | Bio-Rad | 1706404 | |
| 增强化学发光检测试剂 | Thermo Fisher Scientific | 32106 | |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Keygen | KGA1101 |
| 凋亡相关处理 | Necrostatin 1 | MCE | HY-121954 |
| 巴非替尼 | MCE | HY-50868 | |
| Western blot | STAT3抗体 | ABclonal | A19566 |
| IRF9抗体 | CST | 76684 | |
| caspase-3抗体 | CST | 9662 | |
| cleaved caspase-3抗体 | CST | 9661 | |
| caspase-8抗体 | CST | 4790 | |
| cleaved caspase-8抗体 | CST | 9496 | |
| ERK抗体 | CST | 4695 | |
| p-ERK抗体 | CST | 5726 | |
| JAK抗体 | CST | 3332 | |
| p-JAK抗体 | CST | 3331 | |
| GAPDH抗体 | CST | 2118 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞活力检测(CCK-8) | EGCG浓度(10、20、40 μM)及更高浓度至320 μM;处理时间48 h;细胞密度10,000 cells/well 阅读提示:Methods中CCK-8 assays部分 |
| 细胞克隆形成 | EGCG浓度(50、100、200 μM);处理时间144 h;细胞密度400 cells/well 阅读提示:Methods中Cell cloning部分 |
| 细胞迁移(划痕) | EGCG浓度(50、100、200 μM);处理时间48 h;细胞密度6×10^5 cells/well 阅读提示:Methods中Cell scratch assays部分 |
| 凋亡检测(流式) | EGCG浓度(25、50、100 μM);处理时间未明确;细胞密度1×10^6 cells/well 阅读提示:Methods中Flow cytometry部分 |
| 基因和蛋白表达检测 | EGCG浓度(25、50、100 μM);处理时间未明确;抗体信息见Methods 阅读提示:Methods中qPCR和Western blotting部分 |