单细胞RNA测序分析LyECs动态变化
鉴定70% PHx后肝组织中淋巴内皮细胞的数量和功能变化。
对POD0、POD1、POD2、POD4组的肝组织进行单细胞RNA测序,分析细胞类型和内皮细胞亚群,重点评估LyECs比例和连接标志物表达。
Intrahepatic Lymphangiogenesis Is Associated with Early Post-Hepatectomy Liver Regeneration, in Part via IL-6/STAT3 Signaling.
研究包括单细胞RNA测序、小鼠70% PHx模型、AAV-VEGF-C干预、体外LyECs实验、中和抗体阻断,并验证功能与机制,属于多层级实验。
小鼠70%部分肝切除模型 人淋巴内皮细胞 单细胞RNA测序数据(GSE151309)
单细胞RNA测序数据来源:GEO数据集GSE151309,包含POD0、POD1、POD2、POD4组,每组样本数未明确说明。 小鼠品系:C57BL/6,6-8周龄,雄性。 AAV-VEGF-C处理:1×10^11病毒基因组/小鼠,通过眶静脉注射,术前一个月给予。 70% PHx模型:麻醉用戊巴比妥(0.3%,30 mg/kg)腹腔注射,结扎左外侧叶和中叶。 抗IL-6抗体处理:2.0 mg/kg,分别于PHx后30分钟和48小时给予。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定70% PHx后肝组织中淋巴内皮细胞的数量和功能变化。
对POD0、POD1、POD2、POD4组的肝组织进行单细胞RNA测序,分析细胞类型和内皮细胞亚群,重点评估LyECs比例和连接标志物表达。
比较不同时间点(Sham、POD3、POD7)肝内淋巴管的数量和面积。
通过免疫荧光共染色LYVE-1和PDPN标记淋巴管,定量门静脉周围区域LVs的数量和面积。
验证过表达VEGF-C是否能刺激肝内淋巴管生成。
在PHx前一个月,通过眶静脉注射AAV-VEGF-C或对照,然后在POD3和POD7检测VEGF-C表达、LVs数量和面积。
探究促进淋巴管生成是否能加速肝再生和修复。
比较AAV-VEGF-C组和对照组的肝重体重比、Ki67阳性细胞数、ALT和AST水平以及HE染色。
探究淋巴管生成是否通过激活IL-6/STAT3通路加速肝再生。
检测VEGF-C刺激后人LyECs的IL-6表达,以及AAV-VEGF-C组肝脏中IL-6 mRNA和p-STAT3蛋白水平。
证实IL-6通路对淋巴管生成加速肝再生的必要性。
在AAV-VEGF-C处理的小鼠中,给予抗IL-6抗体或对照抗体,比较肝重体重比和Ki67阳性细胞数。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 数据预处理 | Seurat | -- | -- |
| Harmony | -- | -- | |
| 动物实验 | 过表达VEGF-C的腺相关病毒(AAV-VEGF-C) | GeneChem | -- |
| 对照腺相关病毒(AAV-Vehicle) | GeneChem | -- | |
| 抗IL-6中和抗体 | BD Biosciences | 554398 | |
| 细胞培养 | 内皮细胞生长培养基 | Procell | CM-H026Y |
| VEGF-C重组蛋白 | MedChemExpress | HY-P74474 | |
| 肝功能检测 | ALT检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Institute of Biotechnology | C009-2-1 |
| AST检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Institute of Biotechnology | C010-2-1 | |
| 免疫荧光 | Tyramide SuperBoost试剂盒 | Invitrogen | B40932 |
| Tyramide SuperBoost试剂盒 | Invitrogen | B40933 | |
| 抗Ki67抗体 | HUABIO | HA721115 | |
| 抗LYVE-1抗体 | Abcam | ab14917 | |
| 抗PDPN抗体 | Invitrogen | 14-5381-81 | |
| DAPI染色液 | Solarbio | S2110 | |
| 显微镜成像 | DMI 3000B倒置显微镜系统 | Leica Microsystems | -- |
| 图像分析 | Image J软件 | National Institutes of Health | -- |
| qRT-PCR | RNA提取试剂 | Accurate Biology | AG21023 |
| Evo M-MLV反转录试剂盒 | Accurate Biology | AG11728 | |
| SYBR Green预混液 | Abclonal Technology | RK21203 | |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液 | meilunbio | MA0151 |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 增强化学发光试剂盒 | Biosharp | -- | |
| VisionWorks成像系统 | Analytik Jena AG | -- | |
| Restore PLUS剥离缓冲液 | Thermo Scientific | 46430 | |
| 抗GAPDH抗体 | ZEN BIO | 380626 | |
| 抗p-STAT3抗体 | ZEN BIO | 381552 | |
| 抗STAT3抗体 | ZEN BIO | 380907 | |
| 统计 | GraphPad Prism 8.0 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞RNA测序分析 | 数据来源GEO编号GSE151309,样本分组(POD0、POD1、POD2、POD4),细胞过滤参数(nFeature RNA <500或<800或>3000,线粒体基因百分比>30%),保留细胞数,Seurat和Harmony版本。 阅读提示:Methods: Data source and preprocessing |
| 动物实验 | 小鼠品系、性别、年龄、饲养条件,AAV-VEGF-C和AAV-Vehicle的剂量和注射途径,PHx术前时间。 阅读提示:Methods: Animals |
| 70%部分肝切除术 | 麻醉方式(戊巴比妥剂量)、手术步骤(结扎叶)、术后护理、死亡率。 阅读提示:Methods: 70% PHx model |
| 淋巴管定量 | 免疫荧光标记(LYVE-1和PDPN)、图像采集标准(≥10张每玻片,100X)、定量软件、LV面积计算方法。 阅读提示:Methods: Immunofluorescence staining and Acquisition and quantification of images; Figure 2 legend |
| AAV-VEGF-C处理 | 病毒剂量(1×10^11 viral genomes/mouse)、注射途径(眶静脉)、时间(术前1个月)。 阅读提示:Methods: Animals; Results: Administration of AAV-VEGF-C stimulates lymphangiogenesis |
| 抗IL-6阻断实验 | 抗体来源(BD Biosciences,Cat. No. 554398)、剂量(2.0 mg/kg)、给药时间(PHx后30分钟和48小时)、对照抗体。 阅读提示:Methods: Animals; Results: Blocking IL-6 reversed lymphangiogenesis-accelerated liver regeneration |