单细胞转录组分析
构建正常和复发流产样本母胎界面单细胞图谱,并比较CXCL12在SCT/EVT细胞中的表达差异。
使用GEO数据库的GSE214607数据集,经质量控制、聚类分析识别11种细胞类型,比较正常与RM样本中SCT/EVT细胞的CXCL12表达。
Identification of CXCL12 as a key gene of trophoblast and endometrial stromal cell decidualization in pregnancy via scRNA-seq and experimental validation.
包含scRNA-seq数据分析、HTR-8细胞过表达/沉默实验(增殖、迁移、侵袭)和子宫内膜基质细胞蜕膜化实验,多个独立证据层级且包含功能验证。
HTR-8/SVneo人绒毛膜滋养层细胞系 子宫内膜基质细胞(ESCs) 正常和复发流产患者的蜕膜和绒毛样本(scRNA-seq)
CXCL12在SCT/EVT细胞中的表达水平(RM中降低) CXCL12过表达/沉默后HTR-8细胞增殖(MTT)、迁移(划痕实验)、侵袭(Transwell)能力 重组人CXCL12刺激子宫内膜基质细胞后的蜕膜化程度(IGFBP-1表达) CXCR4中和抗体对CXCL12诱导蜕膜化的抑制作用 转染条件(Lipofectamine 3000)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
构建正常和复发流产样本母胎界面单细胞图谱,并比较CXCL12在SCT/EVT细胞中的表达差异。
使用GEO数据库的GSE214607数据集,经质量控制、聚类分析识别11种细胞类型,比较正常与RM样本中SCT/EVT细胞的CXCL12表达。
验证CXCL12对滋养层细胞功能的影响。
使用Lipofectamine 3000将CXCL12质粒和siRNA转染至HTR-8/SVneo细胞,通过Western blot验证过表达和沉默效率。
评估CXCL12对滋养层细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响。
MTT实验检测细胞活力,细胞划痕实验检测迁移,Transwell基质胶侵袭实验检测侵袭。
验证CXCL12对子宫内膜蜕膜化的影响及CXCR4的介导作用。
用重组人CXCL12刺激ESCs,并加入CXCR4中和抗体,通过形态学观察和Western blot检测蜕膜化标志物IGFBP-1。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | HTR-8/SVneo细胞 | Zhongqiao Xinzhou Biotechnology | -- |
| 子宫内膜基质细胞 | Procell | -- | |
| 质粒提取 | 无内毒素质粒提取试剂盒 | Mei5bio | -- |
| 紫外分光光度法 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000 | Invitrogen | -- |
| 细胞活力检测 | MTT实验 | Sangon Biotech | -- |
| 酶标仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Transwell侵袭实验 | Matrigel基质胶 | BD Biosciences | -- |
| 蜕膜化实验 | 8-溴-环磷酸腺苷 | Sigma | -- |
| 甲羟孕酮 | Sigma | -- | |
| 重组人CXCL12 | -- | -- | |
| CXCR4中和抗体 | -- | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Yeason | -- |
| 蛋白酶抑制剂 | Yeason | -- | |
| 磷酸酶抑制剂 | Yeason | -- | |
| BCA试剂盒 | Yeason | -- | |
| PVDF膜 | Merck Millipore | -- | |
| SDF1抗体 | -- | -- | |
| IGFBP1抗体 | -- | -- | |
| β-肌动蛋白抗体 | -- | -- | |
| HRP标记的山羊抗小鼠/兔IgG二抗 | -- | -- | |
| ECL超敏发光试剂盒 | Yeason | -- | |
| 数据分析 | GraphPad Prism 9 | -- | -- |
| Western blot分析 | ImageJ软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| scRNA-seq分析 | 数据集GSE214607,包含5例正常和3例RM患者的蜕膜和绒毛样本;细胞过滤标准(基因数<250或>5000,线粒体污染>25%) 阅读提示:Materials and methods 中 Data collection 和 Analytical process for scRNA-seq data |
| 细胞转染 | HTR-8/SVneo细胞转染时融合度(50%-60%),转染试剂Lipofectamine 3000 阅读提示:Materials and methods 中 Cell transfection |
| 细胞活力、迁移和侵袭实验 | MTT实验检测时间(转染后48小时),划痕实验检测时间(划痕后24小时),Transwell实验细胞数(5×10^4)和Matrigel浓度(200μg/mL) 阅读提示:Materials and methods 中 Cell viability assay, Cell scratch assay, Transwell assay |
| 蜕膜化实验 | 重组人CXCL12浓度(20ng/mL),CXCR4中和抗体浓度(10μM),阳性对照使用8-溴-cAMP(0.05mM)和MPA(1μM),培养时间(4天) 阅读提示:Materials and methods 中 Decidualization of ESCs |
| Western blot | 一抗稀释比(SDF1、IGFBP1 1:1000,β-actin 1:10000),二抗稀释比(1:10000) 阅读提示:Materials and methods 中 Western blot |