患者招募与分组
建立包含不同疾病状态和治疗阶段的PC患者队列,以分析肠道微生物组、代谢物与外泌体PD-L1的关联。
招募70例PC患者,分为良性前列腺增生(B)、未用药(N)、激素敏感(S)、去势抵抗(R)和去势抵抗伴阿比特龙治疗(AA)五组,采集血浆和粪便样本。
Gut Associated Metabolites Enhance PD-L1 Blockade Efficacy in Prostate Cancer.
研究包含临床样本多组学分析、体外细胞实验、皮下移植瘤模型及TRAMP原位模型等多层级验证,并明确了代谢物对PD-L1表达和抗PD-L1疗效的影响。
PC患者队列(70例,五组) 人前列腺癌细胞系PC3和DU145 小鼠前列腺癌细胞系RM-1和TRAMP-C1 TRAMP小鼠模型
患者分组:B、N、S、R、AA五组,样本量分别为8、14、28、13、7 代谢物浓度:16(R)-HETE和6-Keto-PGE1均为0.1 μg/mL TRAMP小鼠分组:对照组(n=8)、16(R)-HETE组(n=4)、6-Keto-PGE1组(n=4),至26周龄起给予200 μg IgG或抗PD-L1抗体,每周两次,持续两周 代谢物给药方式:通过饮水给药 检测指标:PD-L1 mRNA和蛋白表达、外泌体PD-L1水平、肿瘤生长曲线、前列腺指数、HE染色
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立包含不同疾病状态和治疗阶段的PC患者队列,以分析肠道微生物组、代谢物与外泌体PD-L1的关联。
招募70例PC患者,分为良性前列腺增生(B)、未用药(N)、激素敏感(S)、去势抵抗(R)和去势抵抗伴阿比特龙治疗(AA)五组,采集血浆和粪便样本。
鉴定与血浆外泌体PD-L1水平相关的肠道代谢物和菌群。
对粪便样本进行16S rRNA基因扩增子测序和非靶向代谢组学分析,结合差异代谢物筛选、KEGG通路富集及相关性分析。
验证16(R)-HETE和6-Keto-PGE1能否直接上调PC细胞中PD-L1的表达。
用0.1 μg/mL的16(R)-HETE或6-Keto-PGE1处理人(PC3、DU145)和小鼠(RM-1、TRAMP-C1)PC细胞系,检测PD-L1 mRNA、蛋白及外泌体水平。
在体内验证代谢物对肿瘤生长和PD-L1表达的影响。
建立RM1皮下移植瘤模型,给予代谢物处理,检测肿瘤组织和血浆外泌体PD-L1表达及肿瘤生长。
评估代谢物对抗PD-L1治疗增强免疫细胞杀伤肿瘤细胞能力的影响。
分离小鼠脾脏T细胞,与RM1和TRAMPC1细胞共培养,在抗PD-L1或IgG存在下加入代谢物处理的外泌体,检测肿瘤细胞存活率。
在更具临床相关性的原位PC模型中验证代谢物联合抗PD-L1治疗的疗效。
将TRAMP小鼠分为对照组(saline)、16(R)-HETE组和6-Keto-PGE1组,通过饮水给予代谢物,26周龄起给予抗PD-L1抗体或IgG,通过HE染色和前列腺指数评估肿瘤负担。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 粪便DNA提取 | 粪便基因组DNA提取试剂盒 | TIANGEN | DP712 |
| DNA质量检测 | NanoDrop 2000紫外可见分光光度计 | Thermo Scientific | -- |
| PCR扩增 | GeneAmp 9700 PCR热循环仪 | ABI | -- |
| PCR产物纯化 | AxyPrep DNA凝胶回收试剂盒 | Axygen Biosciences | 11696505001 |
| DNA定量 | Quantus荧光计 | Promega | E6150 |
| 16S rRNA测序 | MiSeq平台 | Illumina | -- |
| MiSeq试剂盒v3(600循环) | Illumina | MS-102-3003 | |
| GC-MS分析 | 安捷伦8890B气相色谱仪 | Agilent Technologies | -- |
| 安捷伦5977B质谱检测器 | Agilent Technologies | -- | |
| 代谢物提取 | Wonbio-96c高通量组织研磨仪 | 上海万博生物科技有限公司 | -- |
| LC-MS/MS分析 | Q-Exactive Focus质谱仪 | Thermo | -- |
| BEH C18色谱柱 | Thermo | -- | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11965092 |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | 10099-141 | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Thermo Fisher Scientific | 15140122 | |
| 支原体检测试剂盒 | Vazyme | D101 | |
| 外泌体分离 | 0.8微米过滤器 | Millipore | SLAA025 |
| 超滤管 | Millipore | UFC801024 | |
| 外泌体鉴定 | 日立/H-7650透射电子显微镜 | Hitachi High-Technologies Corporation | -- |
| 外泌体表征 | NanoSight LM10系统 | NanoSight Ltd. | -- |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | 89900 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Thermo Fisher Scientific | 78429 | |
| 蛋白定量 | Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23225 |
| Western blot | PVDF膜 | Merck Millipore | IPVH00010 |
| 抗CD9抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-13118 | |
| 抗TSG101抗体 | Abcam | ab125011 | |
| 抗PD-L1抗体 | Abcam | ab213524 | |
| 抗GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 2118 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 4967 | |
| HRP标记二抗(山羊抗兔IgG) | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| HRP标记二抗(山羊抗小鼠IgG) | Cell Signaling Technology | 7076 | |
| 增强化学发光系统 | Thermo | 23277 | |
| ELISA | MicroBCA试剂盒 | Pierce | 23235 |
| PD-L1 ELISA试剂盒 | Abcam | AB214565 | |
| 多功能酶标仪 | PerkinElmer | -- | |
| 动物实验 | TRAMP小鼠 | 上海模式动物中心 | -- |
| 组织学 | 自动组织脱水机 | Leica Biosystems | TP1020 |
| 包埋机 | Leica Biosystems | EG1150 | |
| Axio Observer 3显微镜 | Carl Zeiss AG | -- | |
| T细胞分离 | Pan T细胞分离试剂盒II | Miltenyi Biotec | 130-095-130 |
| ACK裂解缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | A10492-01 | |
| T细胞激活 | 抗CD3抗体 | BioLegend | 100302 |
| 抗CD28抗体 | BioLegend | 102102 | |
| 抗IL-2抗体 | BioLegend | 575402 | |
| T细胞杀伤实验 | 抗PD-L1抗体 | Bio X Cell | BE0101 |
| IgG对照 | Bio X Cell | BE0090 | |
| Transwell | Transwell小室 | Corning | -- |
| 细胞活力测定 | SpectraMax iD5多功能酶标仪 | Molecular Devices | -- |
| 代谢物处理 | 16(R)-羟基二十碳四烯酸 | -- | -- |
| 6-酮-前列腺素E1 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列 | 患者分组(B/N/S/R/AA)、样本量、年龄、BMI、PSA、Gleason评分、用药情况 阅读提示:Materials and Methods 2.1 患者招募,Table 1 |
| 多组学分析 | 16S rRNA测序参数(V3-V4区、引物、PCR条件)、代谢组学提取和LC-MS/MS条件 阅读提示:Materials and Methods 2.3 和 2.4 |
| 细胞实验 | 细胞系(PC3、DU145、RM1、TRAMPC1)、培养条件、代谢物处理浓度(0.1 μg/mL)、处理时间 阅读提示:Materials and Methods 2.6 和 Results 3.2 |
| 皮下移植瘤模型 | RM1细胞接种数量、代谢物给药方式和剂量、肿瘤生长监测时间 阅读提示:Materials and Methods 2.7.6 和 Results 3.3 |
| TRAMP模型 | 小鼠品系、周龄、分组(对照组/16(R)-HETE/6-Keto-PGE1)、代谢物给药方式(饮水)、抗PD-L1抗体剂量(200 μg)和频率(每周两次,两周) 阅读提示:Materials and Methods 2.7.6 和 Results 3.4 |