血栓来源外泌体的分离与鉴定
验证从心肌梗死患者血栓中分离的外泌体具有典型特征,并作为后续研究的基础。
通过超速离心从血栓组织中提取外泌体,使用Western blot检测CD63和CD9,NTA分析粒径,TEM观察形态。
Exosomal lncRNA FENDRR Orchestrates Immune Remodelling and Ferroptosis in the Comorbidity of Lung Cancer and Type 1 Myocardial Infarction.
包含临床血栓外泌体样本、AC16心肌细胞功能实验、T1MI大鼠模型、多组学分析、免疫微环境及单细胞分析等多个独立证据层级,并包含功能验证和机制验证。
AC16人心肌细胞系 Sprague-Dawley大鼠T1MI模型 LUAD患者肿瘤组织及临床队列 冠状动脉血栓患者样本
血栓来源外泌体分离的超速离心条件(100,000×g,70分钟)及0.22 μm过滤 AC16细胞中si-FENDRR和OE-FENDRR的转染及TE共培养处理 T1MI大鼠模型建立:5% FeCl3诱导LAD血栓形成,ST段抬高确认 FENDRR表达水平(在T1MI血栓外泌体中升高,在LUAD肿瘤中降低)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证从心肌梗死患者血栓中分离的外泌体具有典型特征,并作为后续研究的基础。
通过超速离心从血栓组织中提取外泌体,使用Western blot检测CD63和CD9,NTA分析粒径,TEM观察形态。
筛选T1MI患者血栓外泌体与健康人血清外泌体中差异表达的lncRNA,并验证FENDRR的差异表达。
使用lncRNA微阵列分析差异表达lncRNA,进行GSEA和GO富集分析,并通过RT-qPCR验证FENDRR表达。
评估FENDRR对AC16心肌细胞活力、凋亡、ROS水平及铁死亡相关蛋白表达的影响。
用TE处理AC16细胞,同时构建si-FENDRR和OE-FENDRR模型,通过CCK8、流式细胞术和Western blot检测相关指标。
验证沉默FENDRR是否能减轻T1MI诱导的心肌损伤和纤维化,并影响铁死亡相关分子。
建立FeCl3诱导的T1MI大鼠模型,并给予shFENDRR干预,通过组织染色、免疫组化和qPCR评估损伤和分子变化。
分析FENDRR在多种癌症中的表达及其与LUAD患者预后的关系。
基于TCGA和GEO数据,分析FENDRR表达差异,并进行生存分析和时间依赖性ROC分析。
探索FENDRR表达与免疫细胞浸润及免疫激活特征的关系。
使用CIBERSORT、ssGSEA等算法评估免疫浸润,计算TLS、MeTIL等评分,并进行单细胞分析。
构建基于FENDRR的预后模型,并评估相关基因的诊断和预后价值。
使用Lasso、CoxBoost等算法构建模型,并分析STRING网络和诊断AUC。
比较T1MI组与LUAD+T1MI组患者冠状动脉血栓中免疫相关分子的表达差异。
对血栓样本进行免疫组化染色,检测CD8、CXCL8、PTX3、PD-L1和FOXP3表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 外泌体分离 | CD63抗体 | Wuhan Sanying | 25682-1-AP |
| CD9抗体 | Wuhan Sanying | 20597-1-AP | |
| 外泌体表征 | ZetaView PMX120纳米颗粒追踪分析仪 | Particle Metrix | PMX120 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 细胞活力检测 | CCK8检测试剂盒 | Beyotime | C0037 |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Beyotime | C1062L |
| ROS检测 | DCFH-DA探针 | Beyotime | S0033S |
| Western blot | GPX4抗体 | Wuhan Sanying | 67763-1-Ig |
| NCOA4抗体 | Wuhan Sanying | 83394-4-RR | |
| P62抗体 | Wuhan Sanying | 18420-1-AP | |
| 辣根过氧化物酶标记的山羊抗兔IgG | Wuhan Sanying | SA00001-2 | |
| 组织染色 | 马松三色染色 | Beyotime | G1340 |
| 铁死亡标志物检测 | MDA检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | A003-1-2 |
| SOD检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | A001-3-2 | |
| 铁离子检测 | Fe2+检测试剂盒 | Beyotime | S1066S |
| RT-qPCR | Takara反转录试剂盒 | Takara | RR036A |
| SYBR Green qPCR预混液 | Takara | RR820A | |
| 免疫组化 | CD8抗体 | Wuhan Sanying | 66868-1-Ig |
| CXCL8抗体 | Wuhan Sanying | 27095-1-AP | |
| PTX3抗体 | Wuhan Sanying | 13797-1-AP | |
| PD-L1抗体 | Wuhan Sanying | 28076-1-AP | |
| FOXP3抗体 | Wuhan Sanying | 22228-1-AP | |
| DAB显色剂 | Beyotime | P0202 | |
| 图像采集 | Leica DM2500显微镜 | Leica | DM2500 |
| 图像分析 | ImageJ软件 | -- | 1.54 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 外泌体分离与鉴定 | 超速离心条件(转速、时间)、过滤膜孔径、外泌体标记物(CD63、CD9) 阅读提示:参见Materials and Methods 2.1和Figure 1 |
| 细胞实验 | AC16细胞培养条件、FENDRR siRNA和过表达载体的序列、转染试剂及剂量、TE处理浓度和时间、检测方法(CCK8、流式、Western blot) 阅读提示:参见Materials and Methods 2.4和Figure 3 |
| 动物模型 | 大鼠品系、年龄、体重、FeCl3浓度、诱导时间、建模成功标准(ST段抬高)、干预方式(shFENDRR)及取材时间 阅读提示:参见Materials and Methods 2.5和Figure 4 |
| 临床样本分析 | 血栓样本来源、样本量、免疫组化抗体及浓度、定量分析方法(ImageJ) 阅读提示:参见Materials and Methods 2.9和Figure 11 |
| 生信分析 | 数据来源(TCGA/GEO)、差异表达阈值、生存分析算法、机器学习模型参数 阅读提示:参见Materials and Methods 2.7-2.8和Figures 5-9 |